脳MRI解析チュートリアル | ABiS 拡散MRI解析支援拠点

MRI研究の裾野を広げていくことを目的に脳MRI解析チュートリアルを開催します。チュートリアルでは十分な解析手法を持たない国内各地の研究者を対象に、実際に脳MRI解析を体験してもらいながら実践的な脳MRI解析手法を実演、説明を行います。

2026年1月ABiS脳画像解析チュートリアル

2026年1月24日（土）～25日（日）、完全オンラインで「2026年1月ABiS脳画像解析チュートリアル」を開催致しました。
チュートリアルは盛況のうちに終了致しました。多数のご参加ありがとうございました。
研究職・医療職、大学教員、大学院生など様々なバックグラウンドの方が受講していました。（回答者数：75）
放射線医学、精神医学、脳神経外科学など様々なバックグラウンドの方が受講していました。（回答者数：75）
54%の受講者が脳画像解析は未経験または経験３年未満でした。（回答者数：75）
55～80%がちょうど良い難易度と回答しています。（回答者数：75）
90～94%が満足～やや満足と回答しています。（回答者数：75）
77～98%がちょうどよい長さと回答しています。（回答者数：75）
受講後アンケートでは100%がこれからの研究にとても役立つ、または役立つと回答しています。（回答者数：75）

今回のチュートリアルで良かった点をご自由にお書きください。（抜粋）

「他のソフトとの連携」では、異なるアプリケーションの提供するtoolsを組み合わせて行う実際の解析の過程で生じる、ちょっとした、しかし、思いのほか時間が費やされる事柄についての解決法、know howについて、細かいところまでご解説下さり大変有益でした。加えて、ご紹介下さった多くのshell scriptsも非常に参考になりました。
Basicな部分からAdvancedな応用編までTextに収められている点。実際のチュートリアル中に取り扱わなくても、どの様な時に役に立つ情報かなどもお教えいただき、復習や実践の際に大変助けになると思います。
DWI解析の前処理についてとても勉強になりました。自分でもやってみようという意欲が湧きました。
Freeserferの新しい機能について紹介して頂けたこと。
Freesurferの基本的な部分だけでなく、トラブルシューティングなど応用的な部分について学ぶことが出来たのがよかったです。
FreeSurferの最新情報を共有いただいた
Freesurferの入門として、大変勉強になりました。multi Modalityでの解析に今後利用してみようと思います。
FreeSurfer他のソフトとの連携でご教示いただいた方法について、大変参考になりました。ありがとうございました。
FSL XTRACT: シングルシェルDWI解析が組み込まれた点　知りたかったので大変参考になった
GUI、CUIのメリットデメリットを提示頂きながら方法をお教えいただいた点。まだまだGUIがやり易いですが、コマンド説明がわかりやすく、CUIへの抵抗が大分減っています。
QCのポイント（画像のどこをみればよいか）もご提示いただいて、理解が深まりました。
TBSSのことが今回とてもよくわかりました。
TBSSの解析方法がよく理解できた。
voxel値の設定について、具体的な改善案を得ることができました。稔多いチュートリアルをありがとうございます。
XTRACTの説明
いずれの講義も大変丁寧にご教示いただき、勉強になりました。
きめ細やかな事前準備backupは大変助かりました。
それぞれのソフトが取り扱う座標系が異なるということを知ることができて有意義でした。
テキストがわかりやすい
テキストが年々充実してきているほか、前年度の質問なども書いてくださっているので、これまで自分で参加者からの質問をすくい上げてノートに記録していた部分が不要になりました！
ほぼ知識のない状態での参加でしたが、拡散MRIの概略の理解が得られました。
レクチャーの方法やテキストの作り方など、わかりやすいように配慮をしていただけていたことがよかったです。
過去の受講者の質問やつまずきやすい点もまとめられていて講義以外の場面でも役立つ情報がたくさん盛り込まれていた点。
画像解析を始めようとしている自分にとって、とっつきやすくしていただいた
解析の具体的手順とトラブルシューティングが大変参考になった。
解析結果を図表にまとめる方法も勉強になりました。
各プラットフォームに起因する不具合についても丁寧に対応頂いた点。
拡散MRI (1)-(3)でのチュートリアルformatは、丁寧でとても分かりやすく、解析時間待ちの時間の使い方なども含め、周到にご準備され大変洗練されたご説明と感じました。
拡散強調画像の解析の方法が複数あり、研究の目的に応じた解析、撮像方法などがあることを、総論の中でふれていただいたこともとても良かったです。
基本的な箇所を、丁寧にかつ詳しく教えていただいた。
休憩を細目に入れて頂き助かりました。
個人的には3_6のFreesurferと他のソフトとの連携、4_1DWIの前処理がとてもためになりました
講義と発展的な内容を含んだ充実した資料を提供いただいて、とても勉強になりました。
今どのようなことをしているのか、コマンドを一つ一つ丁寧に解説していただいた点。
山下先生の講義の中で、ケミカルシフトや磁化率アーチファクト、様々な病変の実例を見せて解説して下さっていた点が個人的には非常に勉強になりました。
山下先生の説明で原理に触れながら話してくださった点。
資料がとても充実していてよかった。
実際に普段から研究されている先生方がどうやってFreeSurferを使っているかを見ることが出来て大変有意義でした。
初めての参加でしたが、テキストが大変すばらしかったです。
新しい情報を入れてくださって、毎回参加しているので大変学びが多いです。
数年来希望しておりました XTRACTを解説いただき、とても感謝しています。
前回と同じ項目でもアップデートされており、繰り返し受講しても新たな学びがありました。
前回同様、分かりやすく問題なく準備できました。ありがとうございます。
全ての回で通底していますが、コードがコピペできるため、全くの初心者で予備知識が不足している状態でも形だけ作業を追えることは大変ありがたいです。
丁寧な解説で貴重な機会でした。
土曜日のチュートリアルに参加してなかった人用に丁寧に説明して下さったことが助かりました
当方 XTRACT については本邦でいち早く臨床応用している自負があります。それでも今日新たに知ったこと、たくさんあります。例えば42本全てを描出する訳でないオプション、気がついていませんでした。
内田さんの画面上でペンを使用して説明してくださった点
難しい内容であったが、やることが順序だって丁寧に説明されており、わかりやすかったです。
非常にわかりやすく，学びやすい設定をしていただきありがとうございます．今後の研究に役立てられる情報ばかりで非常に満足いたしました．
必要な情報がまとまっていました
複数回参加させて頂きアップデートされた内容がありがたいです
毎年少しずつアップデートされている点
未経験でも、わかりやすい構成でした。
臨床画像の解析余地・活用法を教えていただいたこと

次回のチュートリアルに向けて改善できる点がありましたらご自由にお書き下さい。（抜粋）

ABiSの意義を考えると出来ない側に合わせて難易度を下がるのは適当では無いと考えます。よって、改善すべき点では無いと思います。
FREEVIEW, MRview, FSLEYESの使い方をもう少し深く時間をとってほしい、知らないことが多そうで
GUIのfsleyesで、”MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz”などいくつか別のフォルダにあるデータをひらくことがありましたが、できれば資料にpathを記載していただけると良かったかもしれません。
もし全くの初学者には事前学習用のテキストなどあると、チュートリアル本体では、もう少し突っ込んだ話もできるかもしれないと思いました。
レベル感が全くの初心者を対象としているわけではなく、知識としてはある程度前提がある上で受けると理解が深まるような授業でした。一方で、ある程度初学者もカバーするような内容でした。
休憩時間がもう少し確保されているとありがたいです。
今回のチュートリアルの継続を強く希望いたします．希望としては，論文掲載時の図の作成方法や表記の仕方，結果の解釈等をお願いできればと存じます．
昨年からアップデートされた点を明示してほしい
私はまだ自分の研究でFreeSurferを使ったことは無いのですが、やはり未経験者には難易度が高く理解できない、ついていけない点が多かったです。
時間的に余裕があればと思いますが、現状の内容とスケジュールではやむを得ないと思います。
自身の予備知識不足でついていけない場合の復習の手段があると助かります。
自分の勉強不足であり、様々な経験値の参加者の方がいるので現実的には困難かと思いますが、全くの初心者向けにそれぞれの作業について、現在何をしているのか、どんな場面で必要になる作業なのか、それがわかると何が達成されるのか、平易に解説があると個人的に助かるかと思いました。
十分ご準備頂いたと思います。
上田先生のパートをもっとじっくり聞きたかったので，時間を確保してほしかった
内容が充実しており、特にありません。
非臨床データを解析する際に変更すべき設定箇所等を言及していただけると、より直接的に自分の研究に役立てられると思いました。
本当に感謝しかないですが、強いてあげるとすると、やはり9時から15時くらいで集中力が切れてしまい、三日間になっても良い良いな気もしました。とても内容が充実してます。
毎回、盛りだくさんでとても要求することはないです
内容が充実しており、特にありません。
特にありません
特にありません。
特にありません。講義が難しいと感じたのは私の知識不足によるところであると痛感しましたので、コツコツと復習しながら理解してまいりたいと思います。
特にないです。
特になし
ないです。
なし

チュートリアルでとりあげられなかった内容で今後とりあげて欲しい内容はありますか？（抜粋）

Blueprintにかんして
DTIstudioやHCP　connectomeを理解するための基礎知識授業
DTIで分析した後の白質走行の3次元的な可視化方法などが知りたかったです。
dti結合性解析
FSL の ICA, MELODIC
GPUの使用についてご説明頂けるとありがたいです。
lead DBSをメニューに入れていただければとは思っています
Tracula
スクリプト生成のtipsのようなもの
トラクトグラフィを取り上げていただいてありがとうございました。もう少し概念や評価指標等一般的な内容からご説明いただけるとより分かりやすかったように思います。
解析に使われてる撮像方法のパラメータの解説が今回は少しありましたが、その辺りもう少し聞きたいです。撮像時間とかも。
具体的には思いつきませんが、新しい内容を知りたいので取り上げていただけるとありがたいです。
現行の内容を今まで通りブラッシュアップしていただければありがたいです
全く未経験向けの超初心者講義が1日でもあると良いかと思いましたが、
参加している先生方のレベルにはけっこう幅があると感じました。
全く未経験レベルから今回の授業に満足される方のレベルでは大きな開きがあると思われ、両者の中間、間を埋められる様な方法が何かあれば良いなと思います。FreeSurferの使い方を書いた書籍もあまり無いですし。未経験向けの予習スライドなどでも良いかもしれません。
線形および非線形の画像レジストレーションを行う際のソフトウエアによる違い、特徴、使い分けについて
統計解析や補正方法（FDRなど）の考え方について、実践的な解説があるとありがたいです。
脳幹、中脳、橋、延髄などの解析方法について
脳卒中や脳腫瘍で病変がある際の病変マスクを作成した上でのTBSSの解析方法を知りたい。
皮質厚をFreeSurferで測る場合とCAT12で測る場合とではどのくらいの精度差があるのかが知りたいです。
様々な解析ソフトや、解析に必要な概念があると思いますが、それぞれの概念マップ、立ち位置について整理した地図のようなものがあると嬉しく思いました。
特にありません
特になし
ありません

その他、ご意見ありましたら自由にご記入下さい（抜粋）

2027年でこの取り組みが終わるかもしれないと最後におっしゃっていましたが、終わらないでほしいです。毎回新たな発見や自分の勘違いに気づかされることも多いですし、何より情報をアップデートしてくださるので、小規模に研究している身としては、この講習会が研究推進の大きな力になってくれていると感じています。
Dockerになっていると遠隔操作の利便性もあるのかなと思いました。
PCが途中でクラッシュし、一度落ちてしまったので、オンデマンド配信での学びなおしをしたいと思います。
ありがとうございました！
ありません
いつも少しずつ内容が加わっていて勉強になります。
このような機会を設けていただきありがとうございます。わからないことがあった際にも迅速に丁寧にご返答くださり、わからないことをお聞きしやすかったです。今後ともよろしくお願いいたします。
コロナ禍を機とした完全オンライン化となってから、ほぼ毎回参加しています。毎回のアップデート、テーマの取捨選択（今回敢えて病変マスクは取り上げられていない等）に労力工夫、熱意を感じます。内田航先生、講師としては今回初めてではないでしょうか。いつも質問やコメントに適切な書き込みをいただいています。誠実そうなお人柄、動画よりつたわってきました。ありがとうございます。
開催の度毎に教材等改善を重ねていただいていて、非常に洗練された講義だと思います。
極めて貴重な機会に感謝します。2026年度も参加し、浅い理解を少しでも深めたいです。
講義領域の拡大は本当に準備で大変だと思いますが、とてもありがたかったです。本当にためになるチュートリアルを開催していただきありがとうございました。
講師の皆様のわかりやすい解説を聞きながらも、やはり途中でオーバーヒートしてしまい集中が切れそうになってしまいましたが、内容がとても面白かったので最後まで頑張れました。次回からはテキストで事前に予習をしてから受講したいと思います。ありがとうございました！
講師の先生方、tutorの先生方のご準備は大変なことであったと推察します。本当にありがとうございました。私自身は個人的には1回数万円の参加費を徴収しても良いのではないかと思っています。
講師の方々やチューターの先生方は準備も当日も大変だと思います。本当にありがとうございます。今後ともよろしくお願いいたします。
講習会開催にあたり先生方が大変なご苦労をされていることが分かります。
今回3回目の参加でしたが、繰り返し参加することで、見えていなかった理解不足に毎回気付かされます。
今回の内容をまた配信していただきたいのですが、仕事をしながら復習する中で3月末までの期限で、学ぶのは難しいので、できれば、動画をいただきたいです。
最初にトラブルが発生した初心者の私にとっては、最初の30分のイントロは大事だと感じました。
受講者としては、無料は申し訳ないと年々感じています。本当にありがとうございます。"
周りに脳画像処理の分析をやっている人がおらず、いつも自習で試行錯誤しながら分析しているので、無料でこのような講習を受けられるのは本当にありがたいです。
充実したチュートリアルを提供していただいて、ありがとうございました。
準備大変と思いますが、毎年楽しみにしています。ずっと続けていただければと思います。
全体として、つまづきやすいところが網羅されており、説明もとてもわかりやすかったです。誠にありがとうございました。
脳画像解析が専門ではないけれど、脳画像を用いた臨床研究を細々と行う私にとって、このチュートリアルへの参加は研究を継続する大きな励みにもなっています。
脳画像解析は独学ではなかなか厳しい部分があり、新たに研究を始めたい方にとっても指導する立場の方にとってもこのチュートリアルは非常に貴重な場で、国内の脳画像研究の発展に大きく貢献していただいてきたのだと感じています。
脳画像解析を勉強する貴重な機会です、受講させていただいて感謝しています。有難う御座いました、3月も楽しみにしています。
復習や実践を行う中で生じる些細な初歩的な疑問にも大変丁寧にご回答いただき、いつも感謝しております。
分野や所属を越えて研究者同士が交流し、実践的な解析ノウハウやデータ共有・標準化の考え方に触れられる環境は、自身の研究の質の向上に直結するとともに、日本全体の生命科学・医学研究の発展にも大きく貢献する取り組みだと思います。
本プログラムに参加して、先端的なバイオイメージング技術や解析手法について体系的に学べる点が非常に有意義だと感じました。
毎回貴重なお話をして頂きありがとうございます。
毎年、充実したテキストを共有してくださいますこと、深く感謝申し上げます。
毎年アップデートされる内容は初心者の私にも大変ためになり、今後も継続して参加させていただきたいと思います。2028年以降もぜひ継続いただきたいと切に願っております。
毎年ありがとうございます。今後も継続されることを願っております。
毎年参加しているものとしては、例年と少し異なる内容も聴講したいです

2025年12月ABiS脳画像解析チュートリアル

2026年1月24日: FreeSurfer
難易度：★★★☆☆〜★★★★☆
主な使用ソフト: FreeSurfer
タイムテーブル
08:30 Zoomオープン
09:00-09:05 開会
09:05-09:30 オリエンテーション根本清貴 (筑波大学)
09:30-10:30 (1) FreeSurferの概要 / recon-all 根本
10:40-11:40 (2) Freeview / ROI解析根本
11:40-12:30 昼休み
12:30-13:20 (3) トラブルシューティング(1) 山下典生 (岩手医科大学)
13:30-14:30 (4) トラブルシューティング(2) 山下
14:40-15:50 (5) グループ解析根本
16:00-17:10 (6) 他のソフトとの連携根本
17:10-17:30 質疑応答
2026年1月25日: 拡散MRI
難易度：★★★☆☆〜★★★★☆
主な使用ソフト: MRtrix, ANTs, FSL
タイムテーブル
08:30 Zoomオープン
09:00-09:05 開会
09:05-09:30 オリエンテーション根本清貴 (筑波大学)
09:30-10:30 (1) DWIの前処理上田亮 (慶應義塾大学病院)
10:40-11:40 (2) TBSS (Non-FA Analysisも含む) 上田
11:50-12:50 (3) XTRACT 上田
12:50-13:40 昼休み
13:40-14:40 (4) TBSS解析後の結果表示内田航（順天堂大学）
14:55-15:55 (5) 最小の p値はどこ? 内田
16:10-17:10 (6) 有意差がある白質路はどこ? 内田
17:10-17:30 質疑応答