脳MRI解析チュートリアル | ABiS 拡散MRI解析支援拠点

MRI研究の裾野を広げていくことを目的に脳MRI解析チュートリアルを開催します。チュートリアルでは十分な解析手法を持たない国内各地の研究者を対象に、実際に脳MRI解析を体験してもらいながら実践的な脳MRI解析手法を実演、説明を行います。

2024年3月ABiS脳画像解析チュートリアル

2024年3月9日（土）～10日（日）、完全オンラインで「2024年3月ABiS脳画像解析チュートリアル」を開催致しました。
チュートリアルは盛況のうちに終了致しました。多数のご参加ありがとうございました。
研究職・医療職、大学院生、大学教員など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
精神医学、放射線医学、神経内科学、脳神経外科学など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
54%の受講者が脳画像解析は未経験または経験３年未満でした。
54～83%がちょうど良い難易度と回答しています。
85～92%が満足～やや満足と回答しています。
72～89%がちょうどよい長さと回答しています。
受講後アンケートでは98%がこれからの研究にとても役立つ、または役立つと回答しています。

今回のチュートリアルで良かった点をご自由にお書きください。（抜粋）

1日目はFieldmapデータの扱いやICAの解析方法について少し理解が深まり勉強になりました。
2日目はイベント関連fMRIの実験を計画しているため、解析手法について資料の最後に載せてくださっていたのも助かりました。
3か月にわたり統計の基礎知識やDICOMファイルの基礎から、解析まで教えていただけたので、初学者の私には去年より盛りだくさんでわかりやすい内容でした。
3回に分けていただき復習や準備、予定時間の確保などが出来、大変に助かりました
6日になったことで時間配分もゆとりが出て、不完全燃焼なところがほとんどなかったと思います。
6日間で網羅的に解析技術を学ぶことが出来ました。質問応答もPumbleでスムーズでよかったです。
6日間になり、全体的に時間に余裕が出来たため、一つ一つの作業の意味についての理解が深まった。
CONN、SPMと多機能なツールの入門という事でご教授頂けて非常に勉強になりました。
CONNがBIDS形式に対応したことを知らなかったので、データの読み込みがとても簡単になっていてびっくりしました。
CONNとSPMの基本的な使い方の流れをハンズオンで体験できたこと。
CONNの詳細な解説がためになりました。よくもCONN toolboxを作ったと思い感心します。
CONNの様々な機能を知ることができてよかった。
CONNもSPM12も使用したことのあるソフトだったため、活用方法を改めて確認でき、なんとなくで捜査していた部分の理解が深まりました。
CONNやSPMの根本を丁寧に解説いただき、理解が深まりました。
fMRIなどの機能画像の取り扱いに，以前から興味がありました．今回の講義を復習して，これからの研究にいかしていきたいと思います．
FreeSurferとの連携は初めて知りました。
preprocessingの一つ一つの処理で意図していることについて丁寧に解説頂けたのが非常に勉強になりました。
Pubmbleで質問やその解答をずっと見られるようになったのは良かったです。
Pumbleでサポートしてくださる体制も大変ありがたかったです。
Pumbleは使ったことが無かったが使いやすくて良かった
restingの原理からpreprocessing、group analysisまで丁寧に説明していただきました。
SPMについて丁寧に詳しく教えていただいた点
SPMの解析結果の解釈の仕方の説明が大変丁寧でありがたかったです。ありがとうございます
SPMも標準化の手順がやっと理解できた。
あまり理解していないところを深めることができ案した。
これまでと違い、時間設定にゆとりがありよかったと感じました。
サンプルデータの用意があったのも助かりました。
すぐに疑問に思ったことをチューターさん達が回答してくださるのでとても良かったです。
タスクfMRII等で、解析手順だけでなく結果の解釈方法や妥当な提示方法も教えていただけたことが参考になりました
タスクfMRIの流れについて丁寧に説明してもらったので、分かりやすかったです。
チューターの皆さんのフォローがすごく良かった
テキストがどんどん完成されて見やすくなっています。有料でも手に入らないようなクオリティなのでこのためだけでも受講を勧めたいです。
テキストが改訂され，初心者にもわかりやすいように解説が詳しくなったように感じました。より復習しやすくなったと思います。
テキストに詳細な手順が記載されているので、繰り返し復習したいと思います。
トラブルが少なく、受講しやすかったです。
ひとつのテーマに一日の時間が割り当てられ、詳細な点まで十分な説明を受けることができた。とても理解が深まりました。ありがとうございました。
リアルタイムで疑問点を解決できて大変助かりました。
わかりやすくて、知識が深まりました。復習がんばります。
安静時のfMRIの解析を学ぶことは少ないのでこれから復習したい。
各々の手法を６日間にわたって解説していただいたこと
基礎から教えていただき大変勉強になりました。
基本的な理論から実際の解析の流れまで丁寧にご教示いただき、大変勉強になりました。
元々CONNを使った解析をしていましたが、独学ではわからなかった部分が多分に盛り込まれており、非常に有意義な研修会でした。
現在spmを使用しているが、connについても勉強でき、応用できそうなので良かったです。
講義の内容は難しいものだったが、一つ一つ丁寧に教えていただいたことで、理解が深まったと思う。
講義を受けながら自分で手を動かすこともでき、理解しやすかった。
講義動画などあげていただけるようならさらに復習しやすいので可能であればよろしくお願いします
今後やってみたい研究課題があったので，今回の講義を復習することで取り組める気がします．
始めてCONNを使用して解析が出来たのが良かったです。
資料・講義共にとても充実していました。
資料がとてもわかりやすく、大変勉強になりました。ありがとうございました。
資料がわかりやすく、ハンズオンも丁寧で大変勉強になりました。
資料が充実していたこと
書籍や文献では理解しきれなかった部分についても、講義や実習、さらに丁寧な質疑応答を通じて、納得感を持って理解を深めることができました。本当にありがとうございました。
説明と実践があるので、勉強になりました。
先生方のご指導ありがとうございました。
先生方の細かいスライドが大変助かりました。
全体的な解析手法の基礎が網羅でき、とても勉強になりました。
多機能すぎて全然覚えることができなかったので、繰り返し勉強させていただきます。
大変丁寧にご教示いただけて感謝いております。講義内容はもちろんのこと、質疑応答に感動しました。
内容は私にとって難しかったですが、資料がとても分かりやすく、個人でも再現できるように書かれていて、大変うれしいです。
入門者にも分かりやすく、丁寧に説明してくださり、有り難かったです。
八幡先生の講義ではCONNの統計解析について理解を深めることが出来ました。
福永先生の講義では、SPMの基礎理論について、結果の見方について一層の理解が得られました。
毎回ですが、詳しいテキストとPumbleで質問等の履歴が残っていて参考になる点
毎回新しい知識、技術、tipsなどをご教示頂き、いつも新しい「学び」があります。

次回のチュートリアルに向けて改善できる点がありましたらご自由にお書き下さい。（抜粋）

rs-fMRIは解析方法が沢山あり、実験形態によって何が適切かはバラバラなのは承知なのですが、この実験形態の時はこの解析方法がオススメ、などがありましたらスライドに入れてくださると見返しもしやすいかと思いました。一覧ようなものがあるとなお嬉しいです。
CONNで1日にしていただいても良いくらい、特に後半部分について理解が出来ませんでした。
SPMで標準化のところのポンチ画像があると理解しやすいかもしれない。歪みマトリックスだけ計算(estimate)であとで処理に加えるところなど。
タスクfMRIで当初お知らせ頂いたスケジュールだと結果の見方が長めにとられていたので、細かくその点を知ることが出来るとうれしいと思いました。
データの追加ダウンロードがあることを最初のメールの時点で予告しておいていただくといいかな、と言うくらいでしょうか。
テキストのフォーマットを統一していただきたいです。
どうしてもfMRIは駆け足になってしまいますね。（特に2nd level）
とても詳細で濃い内容の講義ありがとうございました。私自身がまだ内容を消化しきれていないので、復習して技術をしっかり身につけたいと思います。
もう少しタイムテーブル通りに進むと助かります。
ゆっくりと解説してくださってるおかげでついていけるので、大変ありがたいのですが、最後時間がなくなり講義が駆け足になって端折られてしまうのがとても残念です。
課題デザインでの「刺激タイミング」についてのご説明で、ER designやjitter intervalの利点など詳しくお話頂けましたが、スライドにそれらの内容について記載が少なく、スライドを見ても理解できるようにして頂けると嬉しいと思いました。
各講義の最後で良いので、こういう場合はこの手順を実行する、みたいにな風にまとめの時間を設けてほしいと思いました。
結果の見方と報告の方法について、もっと詳しく知りたいです。時間がないところで、仕方ないところでしょうが。
講義前に予め，データ処理の仕方のプロトコルをお渡しいただき，データ処理した状態で講義に望むのもよいかと思いました．
講師の方と一緒に作業ができることを魅力的に感じたが、処理時間が長すぎて講義が滞ってしまった場面があったため、少し残念に思った。
今回の講義で配布されたデータは，処理に時間がかかるものが多かったと思います．
事前準備でデータの読み込み時にエラーとなりなかなか進まないことが多く事前準備にかなり手間取りました。
時間が押してもいいので最後まで講義をお聞きしたいです。
時間のかかる解析操作はできるだけ自分ですすめておくとついていけるかなと反省しました。時間のかかる操作がわかると嬉しいです。
次年度も３回（以上に）に分けて開催していただけると助かります
自身のパソコンのスペックが悪くて講義の間に解析が終わらなかかったため、毎回実習に遅れてしまいました。
実際の研究でよくある引っ掛かるポイントやトラブルシューティング的な話を聞けると嬉しいと思いました。
十分練られたチュートリアルだと感じました。
序盤に時間がかかりすぎた結果、後半が駆け足になってしまいついていくのが難しくなりがちだったように思います。内容もかなり濃密に思えましたので、時間配分も含めてご検討いただければ幸いです。
説明が丁寧なために、実習の時間が短くなってしまったところ。
先生方の実際の論文等で、使用例を説明していただけたら
第一回～三回の間隔をあけて予習、事前準備の時間、動画を見返す復習の時間をしっかりとっていただけたら嬉しいなと感じました。
非臨床データを使用した場合、チュートリアル内容との相違点等あれば言及していただきたいです
完成度が高すぎで、改善点が思いつきません。
大変充実しており、特にありません。
これ以上、改善点ないくらい良いチュートリアルだと思います。
とくにございません。
なし
思いつきません。
特にありません。
特になし

今回のチュートリアルでとりあげられなかった内容で今後とりあげて欲しい内容はありますか？（抜粋）

簡単で良いので、MR装置メーカーや装置の性能に関する解説を希望します。
2 sample t-testも取り上げていただきたいです
CONNのgPPIをぜひ取り上げてほしいです。私自身もですが、医療機関で運動麻痺などに関わっている人が運動課題fMRIを撮像し、局所的な活動だけでなくネットワーク解析までできればというニーズはあるのではないかと思いました。よろしくお願いします。
DCMとかgPPIなども機会があれば取り上げてもらえるとありがたい。
FSLに関して
HCP(human connectome project)やfMRIprepなどを用いたrfMRIやtfMRIの解析方法について知りたいです
HCPやトラクトグラフィを取り上げていただけると嬉しいです。趣旨から外れてしまうかもしれないですが、解析結果の可視化や統計解析に関連する情報（RやPython?）もあったら嬉しいです。
ICAやグラフ理論の解析について、もう少し詳しくお聞きしたいです。
Matlabの脳画像解析に必要なコードの演習
rs-fMRI解析において、共変量が多数あるときの解析について、コントラストの組み方など例を交えながらご教示いただければ幸甚に存じます。
SPMで*.mファイルを編集して大量の設定項目を一括設定する方法
SPMの結果を他のAtlasで表示する方法を知りたいです。
Workbenchの使用方法、ミエリンマップの作成方法
グラフ理論やALFF等，今回紹介だけに留まった解析方法について詳細な説明を聞いてみたい気持ちもあります。
タスクfMRIの課題作成方法
トラクトグラフィー、Matlabでの解析
ビギナー過ぎて、お腹いっぱいです。貴重なお話ばかりでした。
課題デザインのところで、「タスクと画像処理の相互作用」に関しまして、もっと詳しく知りたいです。
過去の有名な論文のプロトコルなどから必要な情報を読み取り、SPMでコントラストを作成してみる等の応用実習問題があるといいなと思いました。
機械学習や深層学習について
機械学習を使った分析方法について
現時点では特に思いつかないです。
今回ご教授頂いた内容をもっと深堀した内容が知りたいです。
今後研究に取り組んで，また新たに疑問に思ったことを，来年また参加したときに取り上げていただきたいと思います．そのために，これから研究頑張ります．
子どもの脳画像解析で注意する点
実際の解析で生じたtrouble shootingなども教えて頂ければ参考になります。どうかよろしくお願いいたします。
実際の論文で用いられてきた手法とFigure/Tableの解説、MRI研究とよく組み合わせられる他の研究手法・昨今の解析手法のTrendなど歴史的な面も含めて教えていただきたいです。
初心者にとって十分な内容で大変勉強になりました。本当にありがとうございました。
脳血流シンチグラフィー、PETの解析法
毎回の講義で様々な内容を新たに取り入れてくださり感謝しております。まずは自身が受けた講義の内容を復習し理解を深めたいと思います。
毎回細部に新しいことを加えて頂き勉強になっております。
様々な解析方法がありますが、それらの長所・短所をまとめた講義を聞きたい。
特にありません。
特になし

その他、ご意見ありましたら自由にご記入下さい。（抜粋）

4年前初めて参加した時には周りに参加している人はいなかったのですが、今年は知り合いで7人参加者がいました。自信を持ってお勧めできるし「感動した」と言ってくれる人が多いです。コミュニケーションの場としても重要だなと思いました。
5日目がどうしても業務が入り受講できませんでした。もし録画を期間限定でも公開していただけましたら大変有り難いです。
6日間お疲れ様でした。4日間参加させていただきました。いつも丁寧な解説ありがとうございます。来年度の開催も楽しみにしておりますので、今後ともよろしくお願い致します。
6日間、本当にありがとうございました。皆様のおかげで貴重な経験をすることができました。教えていただいたことを業務に活かしていきたいと思います。
ICAの解析をわかりやすく丁寧に教えてくださって非常に有用な内容だったと思います。
Pumbleを用いた質問形式が本当にありがたいです．この講義形態が理想型と思いました．
体調が悪く受講できませんでした。ぜひ映像での公開を希望いたします。よろしくお願いいたします。
ありがとうございました。今後、脳画像解析に取り組んで参ります。
いつも大変に勉強になります、本当に有難う御座いました。
いつも途中から実習（作業）についていけなくなるのですが、だんだんと先生と同じスピードで作業をこなせるようになってきました。
先生方のおかげで少しずつ成長できていることが実感でき嬉しいです。また次回も楽しみにしています。ありがとうございました。
オンライン講義はスムーズで、Pumbleでの質疑応答も行いやすく、内容も充実していて毎度助けられています。
このチュートリアルへの参加は今年で3回目になりますが、先生方の手厚い講義・サポートのもと、少しずつ内容への理解が深まってきているのを実感します。
ご自分のご研究の時間が削られてしまうと思うのですが、この分野の研究者育成のためにこのような企画をしてくださり、心より感謝申し上げます。本当にありがとうございました。
ターミナルの使用に慣れていないため、時々戸惑いました。次回からは余裕をもって準備し、予習をして臨みたいと思います。予習資料があると助かります。
チューターの皆様６日間ありがとうございました。大変勉強になりました。
どの講師の先生も、とても分かりやすい資料と講義内容を準備してくださり、とても感謝しております。私も大学教員として教える立場ですので、本当にいろいろと工夫して教えてくださっているのが想像でき、本当に感謝です。研究を継続・発展する上で、なくてはならないチュートリアルだと考えています。来年度もぜひ開催していただければと思います。
また来年も参加させていただくことができましたらありがたいです。
一橋大学にMRIがインストールされたので、学内にfMRIをはじめる方が出てくると思います。MRI実験施設を運営する者として、そういった方々にはこのチュートリアルを薦めるつもりです。
講義の動画はアップロードされますでしょうか。お忙しいところ申し訳ありませんが、復習できればと思いますので、ご検討よろしくお願いいたします。
講師の皆様、チューターの皆様、ありがとうございました。大変かと思いますが、今後も続けていただければと思います。
今回は3/9の午前しか参加できなかったので、いただいた資料をもとに残りも自習させていただきます。
今後、実際に解析を進める中で質問が出てきた場合、どこか質問できるところはありますでしょうか。
根本先生はじめチームの皆様に厚くお礼申し上げます！
自己都合でfMRIの課題作成についての講義が受けられなかったのが残念でした。テキストで復習したいと思います。
自身の一般線形モデルの理解が不十分なために追いつけない部分があると感じました。統計を今一度復習する必要性も認識できました。
前処理+1st level (rest, task)で１日目と 2nd level (rest, task)+統計的な解釈で２日目でも良いのかなと思いました。
大変勉強になりました。ありがとうございました！
大変面白かったです。次回は、勝手ながらより進んだコースも開いていただければ、思います。数日間ご苦労様でした。今後ともどうかよろしくお願いいたします。
丁寧なチュートリアルを提供いただき、関係者のみなさまのご尽力は相当なものと思いますが、大変ありがたいです
非常に勉強になったので、今後も続けていただきたい。
非常に有意義な講義でした。今後も教材を活用して復習、応用させていただきます。ありがとうございました。
文系の研究者にとって、解析はとても難しいですが、先生方が本当にわかりやすく説明してくださるので、自分でも少しずつ成長を感じることができ、本当に嬉しく思います。
毎回のご準備ありがとうございます。Pumbleのおかげで、コミュニティ感が出てとても質問しやすい雰囲気がいいなと思いました。ありがとうございました。
毎回新しい内容が追加されて、さらに充実していくので参加するのが楽しみです。
毎年繰り返し受講することで、少しずつ自分のものにできていると感じます。どうもありがとうございました。
毎年参加したいです、引き続きよろしくお願いいたします。
有料級の貴重なチュートリアルをありがとうございました。資料も講義も充実していて復習しやすくなっているので感動しました。質問も残していただけて感謝の気持ちでいっぱいです。他の方の質問を読んでいても大変勉強になりました。

2024年3月ABiS脳画像解析チュートリアル

【日　時】 2024年3月9日（土）、3月10日（日）
【会　場】完全オンライン（Zoom、Pumble）
【参　加】事前登録制（参加費無料、PC環境が準備できない場合は受講できないことがあります）
【概　要】
2024年3月09日（土）: 安静時脳機能MRIチュートリアル
9:00 開会
9:10-9:30 オリエンテーション
09:30-12:00 第1部 CONNを用いたrsfMRI画像の前処理 (東大・岡田)
09:30-10:30 1-1 導入・前処理
10:40-12:00 1-2 検証・ノイズ除去
12:00-13:00 昼休み
13:00-17:00 第2部 CONNを用いた機能的結合解析 (量子機構・八幡)
13:00-14:00 2-1 Seed-to-Voxel / ROI-to-ROI解析
14:10-15:10 2-2 独立成分分析(ICA)と主成分分析(PCA)
15:20-16:05 2-3 その他の解析手法
16:15-17:00 2-4 Freesurferとの連携他

2023年3月10日（日）: タスク脳機能MRIチュートリアル (生理研･福永)
8:30 Zoom オープン
9:00 開会
09:10-10:00 課題提示の作り方
10:10-11:00 Preprocessing 1
11:10-12:00 Preprocessing 2
12:00-13:00 昼休み
13:00-13:50 First-level analysis
14:00-14:50 Second-level analysis
15:00-16:30 結果の見方
16:30-17:00 質疑