脳MRI解析チュートリアル | ABiS 拡散MRI解析支援拠点

MRI研究の裾野を広げていくことを目的に脳MRI解析チュートリアルを開催します。チュートリアルでは十分な解析手法を持たない国内各地の研究者を対象に、実際に脳MRI解析を体験してもらいながら実践的な脳MRI解析手法を実演、説明を行います。

2024年1月ABiS脳画像解析チュートリアル

2024年1月20日（土）～21日（日）、完全オンラインで「2024年1月ABiS脳画像解析チュートリアル」を開催致しました。
チュートリアルは盛況のうちに終了致しました。多数のご参加ありがとうございました。
研究職・医療職、大学院生、大学教員など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
放射線医学、神経内科学、精神医学、脳神経外科学など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
60%の受講者が脳画像解析は未経験または経験３年未満でした。
48～82%がちょうど良い難易度と回答しています。
80～94%が満足～やや満足と回答しています。
64～94%がちょうどよい長さと回答しています。
受講後アンケートでは98%がこれからの研究にとても役立つ、または役立つと回答しています。

今回のチュートリアルで良かった点をご自由にお書きください。（抜粋）

「全く知らない」状態から「もしかしたらできるかも。もう少し勉強してみよう」と思えるのは自分の中では大きい進歩でした。
1日目のDICOMの基礎的な解説や計画行列の意味など知ることできたこと、2日目もはじめてのシェルスクリプトという言葉を知ったのですが、丁寧に教えて頂きとても楽しかったです。
2日で行っていた内容が分散され、それぞれの内容の時間が増えたこと。
2日目、コマンドラインの基礎から大変勉強になりました。
ChatGPTなどの活用方法についても先進的で今後の学習に有用な情報だった。
ChatGPTの使い方についての解説が特に勉強になりました。
ChatGPTやCaludeにシェルスクリプトの解釈を尋ねたり、作成を依頼したり、という作業がとても便利そうだ！と感じました。
DICOMの説明やシェルスクリプトの説明が詳しくされてよかったです。
L4Nの基本的な操作やコマンドラインの基礎から、シェルスクリプト作成法まで大変勉強になりました。
Lin4Neuroを用いるということで，講師の先生方と同じ環境で作業をできたため，エラーなどに遭遇することがまずありませんでした．これが本当に助かり，勉強が推進されました．
MacOSの環境でチュートリアルに参加できてよかった。
Pumbleでリアルアイムで質問でき、かつチューターの先生が回答をくれるので非常にありがたかったです。
Pumbleで質問させて頂いたり、他の方の質問を見ることができるのも非常にためになりました。
Pumbleというアプリケーションを使用してくださり、ありがとうございます。
Pumbleとの併用システムが極めて有用でした
Pumbleにてリアルタイムで質問した際に迅速に返答を頂き感謝しています。授業でわからなかった内容も、後日また動画にしてくださるとのことだったので再度復習したいと思います。
Pumbleも大変ありがたいです。先生方が細やかにここでもいろいろご教授下さいますので、他の受講者の方々と先生方とのやりとりからも学べることが沢山あります。
Pythonの選択的使用についてもとても勉強になりました。ありがとうございました。
Slackが消えてしまったのが残念ですが、よりpower upした内容がPumbleに残ったので良かったです。
Slackのように履歴が消えないで残ってくれるとのこと、自身のデータ解析の際に参考にでき大変助かります。
SPMでみていたものの意味についても理解を深めることができ、実際の解析での検討方法も説明いただけたのがとても良かったです。
Zoom開催で参加しやすかったところ。
いつもながらよく練られた内容で大変勉強になりました。
いつも大変勉強になります。チュートリアルとスライド資料、zoomで少し忙しいですがメモを取りながら進められてとても勉強になります。
いつも有難うございます。Pambleが無料無期限で使用でき，後から振り返られるのが非常に有難いです。
お忙しい中講師の先生方やチューターの先生方に感謝の気持ちでいっぱいです、次回もよろしくお願い致します。
コマンド、シェルスクリプトについて詳細に教えていただけて大変勉強になりました。自分でもシェルスクリプトを書いてみたいと思いました。
コマンドについてたくさんご教示いただいたので、改めて復習したいと思います。
コマンドになれていなくついていくのが難しかったが、あとで自分で入れていけば理解できた、コマンドの毛嫌いがすこし改善された。
コマンドや統計の講義がとても有用でした．
コマンドラインからパイプライン、レビューの仕方などについて触れていただき大変勉強になりました。
コマンドラインの基本的な講義を受けられるのが初めてですのでとても嬉しかったです。
コマンドラインの基本的な知識を学ぶことができ、実務上にすぐに役立てることができると感じた。
コマンドラインは今まで学ぶ機会がなかったので、とても勉強になりました。
コマンド操作初心者の自分でもついていけるような基本的な内容から説明していただけて、大変ありがたかったです。
コマンド入力は自分でできるだけしつつも、スピードを上げて講義についていかなければならないときにチートテキストに頼るなど、臨機応変に利用するで、置いていかれずに講義を聞くことが出来ました。ありがとうございました。
これまで独学でNeuroimagingを勉強してきました。このように体系的な勉強ができてとてもありがたいです。
こんなに丁寧に説明してくれる研修会の存在を知り、自分でも実践して来年以降も受講し少しずつレベルアップしていきたいと思いました。
ご親切な回答を、しかもリアルタイムに下さる先生方に感謝申し上げます。
シェルスクリプトが大変勉強になりました。ミスがなく、効率的に進められるようトライしてみたいと思います。
シェルスクリプトについて，実際に手を動かしながら習得できるように工夫してくださっていて，インプットとアウトプットを織り交ぜながら理解することができました。
シェルスクリプトについて、基礎から手を動かしながら学べて非常に勉強になりました。
シェルスクリプトについて基礎を丁寧に講義・演習していただけた
シェルスクリプトに関して基本的なところから時間を割いて下さり、とても勉強になりました。
シェルスクリプトに関する細かいコツまで知れたこと。
シェルスクリプトに初めて触れました。初学者であるため、直ぐに翌日から使うことは難しいでしょうが、本日の内容をしっかり吟味・復習して、今後の研究活動に役立てたいと思います。
シェルスクリプトの奥深さにトライする気持ちがわきました。たくさんの情報をまとめていただき感謝致します。
シェルスクリプトの基礎から応用まで学べて、大変有意義でした。少しずつ、コマンドを書いてみようと思います。
シェルスクリプトを脳画像解析で使う方法とその利点を知ることができた点です。
シェルスクリプト開発の視点からのお話までお聞きできたことが私には画期的でした。
シェルスクリプト入門がとても優しくてコマンドについての理解がかなり深まりました。
スモールステップで、とてもわかりやすかったです。
ソフトの背景で行われている数式の理解を深めることができた。
それぞれの質問に対するスタッフの方のきめ細かな対応とその内容がとても勉強になりました
ターミナルの苦手意識がすこし和らいだ
チートシートがあって、適宜使えてよかった。
チートシートがありコピペしやすかったです。macの設定の対応があり助かりました。
チートシートやPumbleも非常に便利でした。
チートファイルが非常に使いやすかったです。
チューターさんからの手厚いサポート：初心者質問でもお答えいただきたいこと以上のことを教えてくださって、本当に助かりました。現地開催よりも多くの方が気軽に質問できたのではないかと感じました。
チューターの先生方のコメントも含めて大変勉強になりました。
チューターの方の対応が手厚い
チューターの方々、先生方に個人的な問題に対してさまざまな事柄をご教授いただけた点。
テキストがより見やすくなったように感じました。
テキストが丁寧で復習ができそうです。
テキストが非常にわかりやすく、丁寧に教えていただき大変勉強になりました。次回も期待しております。
とても分かりやすい講義ありがとうございました。シェルスクリプトの書き方をしっかりとっていただき、自分でも書いていこうと思える講義でした。
とにかく、とてもわかりやすいものでした。ほんとうにありがとうございました。
ハンズオンと授業のバランス。
ほぼ未経験でしたので、知らないことばかりで大変勉強になりました。講義内容・資料を振り返り自分のものにできたらと思います。
リアルタイムで質問点を気軽に相談できて満足でした。
わかりやすく説明していただけて良かったです。
一般線形モデルや統計解説についての理解が深まりました。
下地先生のコマンド編はたくさんのコマンドに圧倒されましたが、一つ一つはわかりやすく整理されていて、手を動かすことで初心者の方も使ってみたいと思えたかと思います。
下地先生のシェルスクリプトの講義がとても勉強になりました。
下地先生の解説は盛りだくさんかつペースが速いので、自分で手を動かしたほうが良いというお言葉はその通りだと思うのですが、チートシートがなかったらついていけてなかったと思いました。チートシートありがとうございました。そして限られた時間でたくさんのことを教えて下さり感謝申し上げます。
下地先生の語り口が非常にわかりやすかった。
下地先生の講義では、初心者にも分かるように丁寧に説明していただき、シェルスクリプトを学ぶことで得られるメリットについて理解することができました。情報量が多く途中から作業をこなすだけになってしまっため、しっかり復習しようと思います。
画像データの取り扱い方の知識のブラッシュアップをすることができた。
画像解析に必要な基本的な操作について学ぶことができ、大変勉強になりました。
画像解析に必要な統計やコマンド操作に関して基礎から教えて頂けたのは初めての機会で大変勉強になりました。
解析ソフトなどはまだ使用したことが無く、知識がほぼゼロの状態で受講いたしましたが、流れに沿った内容と解説、手厚いチューターさん方、分かりやすいテキストのおかげで安心して受けることができました。
回答が共有されることで自身にとっても参考になることはもちろん、参加者の方と一緒に勉強している感覚も強くありました
基礎から一通り、概要をつかむことができた。
基礎から行ってもらえて良かったです．
基礎の基礎から教えて頂けたこと
基礎的なコマンドの操作方法を具体的に教えて戴きまして有難かったです
基礎的な知識から実際の研究に応用するまでを網羅的に含んでおり、非常に勉強になりました。
基礎的な内容からやっていただけたのでよかったです。
基本的な操作から教えて頂きとても勉強になりました。シェルの操作が今後どういきるのか自分でも予習したいと思います。
休日開催であったことは助かりました。
具体的な使用場面を交えて教えていただいたので、理解が深まった
具体的な操作がたくさんできてよかったです
具体的な内容を実践しながら学べたのですごく分かりやすかったです
繰り返し聞かせていただくと、難しい中にも、皆様の哲学が伝わってきて、それが理解を深めることにつながります。
研究を始めるに当たり、必要なことが整理できました。
講義では扱われない初歩的な部分の理解をチャットで質問、すぐにご回答いただけたことで、講義内容についていくことができました。
講義の日数を増やして時間を十分に取っていただき、詳細な内容についてご教授いただけたことがとても良かったです。
講師・チューターの先生方、お忙しい中これだけ充実したセミナーを開いて頂き本当にありがとうございます。
講師・チューターの先生方の丁寧な講義・対応頂き、本当にありがとうございました。２月の講義にむけてがんばりたいと思います。
講師の先生がたが、とても熱心で分かりやすい講義・演習をしてくださって理解がすすみました。いろいろな新しいツールに触れることもできて、研究の幅が広がりそうです。
今後、どのように研究を進めていったら自分の研究がゴールに近づくのか、研究をすることに前向きになりました。
今年は17時終了で少し講義時間が短くなっていましたが、満足度は非常に高かったです！ありがとうございました。
困ったらすぐにチューターがコメントをしてくれる点が非常に良かったです。
根本先生のご講義では初心者に必須の内容が必要十分に網羅されていたのに、どれもわかりやすくて破綻がないのがすごいと思います。
最初にシェルスクリプトの基本的な演習が多めにあったのがよかったです。
最初に丁寧な演習があったおかげでシェルスクリプトへの理解が進みました。
作業でも、Lin4Neuroで画面がスムーズに動かせない、ダブルクリックがうまく作動しない、など本当に初歩的な設定でトラブルがあったのですが、それをすぐに対応いただけたことで、作業もついていくことができました。こうした作業の設定問題が解決されなかったら、途中で作業に置いて行かれて、講義の内容にもついていけなくなったと思います。先生方ありがとうございました。
昨年度のアンケートで記載した内容についての講義（クラスター解析）を準備していただき本当に感謝しています。
参加させていただきまして，本当にありがとうございます．とても感謝しております．
使ったことはありながらも理由が分かっていなかったものが良く分かった。
私は医師ではなく、脳科学分野に対する知見もないが、楽しく受講することができた。仮想環境が整っていたり、サポート体制が充実していたりと、初心者でも気軽に学ぶことができた。
資料と講義が丁寧にであり、後から復習しやすい。
事前資料があったため、シェルスクリプトをあらかじめ回して臨むことができた。ステップごとに示されており、理解しやすかった。
自主学習できる教材：講義時間の中で伝えられることはどうしても限られてしまうと思いますが、練習のためにstep-by-stepでできる資料をご用意いただいていることはとても貴重だと思います。
自分で入力して動作を確認できたので理解しながら進められました．
自分としてはこれ以上ないくらい素晴らしいと思います、後輩の指導にも参考にさせて頂きたいと思います。
自由に質問できすぐに丁寧に質問に答えていただける点が安心感があった。
質疑応答をしながら進めていただいたので、置いてけぼりにならずに学習できました。
質問しやすい環境を作っていただきありがとうございました。
質問項目を増やしていただいたことで質問しやすくなったと感じました。
実際にソフトを使用した時にとても役に立つと思いました。ありがとうございました。
実際に手を動かしながら、できるのが実践的でとても良かった
実際に手を動かすことで、理解が深まりました。
初めてのため、コマンドの基礎を中心に目から鱗で大変勉強になりました。
初めて参加させていただきましたが、非常に勉強になりました。継続して参加させていただければ幸いです。
初回2日間だけで、画像解析の基礎的な知識や分析手法、処理方法までなんとなくでも掴めたのはとても有意義でした。
初学者ですが非常にわかりやすく理解が深まりました。ありがとうございました。
初心者ですが、今後の自分の研究に活かせる内容でした。
初心者でもわかりやすく、ついていけました。
初心者でもわかるように丁寧に教えていただき助かりました。
初心者なので、基礎的なところから説明いただき、普段している”作業”の意味が深まりました。
初心者にも分かりやすく，丁寧な説明．チューターのサポート．
初歩的な質問ばかりで申し訳なかったですが、本当に丁寧に対応していただきありがとうございました。
情報量多くて大変でしたが、逆にそれが良かったです。後で復習するきっかけになります。
生成AIを使用した具体的な方法を知れてよかった。
先生方の講義はとても分かりやすく、非常に有意義な一日となりました。今後の、4回についても受講予定ですので楽しみにしています。
川口先生のご講義は個人的に今回最も勉強になりました。統計の初歩はなんとか一通りやっていても自分でたどり着くのは難しい部分（でもぜひ知りたい部分）をやっていただいてよかったです。時間が短めだったのも集中力が続くのでよかったです。
線形モデルの話や統計など根本の理解が弱いと感じていたので、そこに時間をとっておしえていただいて大変勉強になりました。
前回よりシェルスクリプト解説が丁寧になされていて、その後の理解に役立つと思いました
全て素晴らしかったです。
素晴らしいシステムを採用していただけたことに感謝致します。
他の受講者の質問とそのやりとりをみれて勉強することができた点。
多数のチューターの先生方のサポートの迅速さに驚きました。
担当された先生方の準備が素晴らしく、とても熱意が伝わりました。
虫食い状にシェルスクリプトの知識がある状態でしたので、とても系統だった説明をしていただき、理解が進みました。
丁寧にフォローしていただけてすぐに解決できました。
途中でつまずいたときに小さなことでもすぐに対応いただけたので大変助かりました。
統計がとくにわかりやすかった。
統計と交互になっていたところが冗長にならずよかったです。
統計についても、自分では統計方法などの教科書的な内容を画像解析での適用に対応させて理解することが難しかったので、今回初めて画像解析に即した内容で解説していただけたことがとてもためになりました。
統計について理解することができ、大変勉強になりました。
統計につきまして、臨床での統計と画像解析での統計とを関連付けて説明いただき、とてもしっくり来ました。
統計の解説が時間的にも余裕を持って教えて頂けたので理解が進みました。
統計の基礎から応用的なところまでを網羅的に教えていただけた
統計解析をいくつか取り上げていただいたので勉強になりました。
内容が充実していたこと、サポート体制が万全であったこと
難しいところも多かったですが、基礎からわかりやすく教えてくださり、大変勉強になりました。
年毎に内容が充実していて素晴らしいと思います。
脳科学分野への見聞を深めたり、有用なコマンドをたくさん知ったりすることができた。次回もまた受けてみたい。
脳画像解析でどのようなことをされているのか、全体的なイメージが少しつかめたように思います。環境構築や手厚いチャットでのサポートのおかげと思いました。
脳画像解析はほぼ未経験なのでツールの使い方は非常に勉強になりました。
脳画像操作、統計、シェルスクリプトの基本が学べた。
脳解析初心者であり放射線技師なので、普段検査において使っているソフトが何を使って計算しているのか、どんなことをしているのかや、またMRI画像においては、脳解析にどのように使われているのかも分かり、より脳解析に興味が湧きました。
普段SPMでボタン操作をなんとなく行っているので、一般線形モデルや多重比較補正など、知識が不足していたので勉強になりました。
普段はコマンドを使用しないソフトで解析していたので、今回始めて、しかも大変丁寧にお教えいただけたので、抵抗が減り、もう一歩踏み込んで研究をしていきたいと思えました。
普段解析している中で深く考えたことがなかった点、例えは、クラスター解析、GLMなどの理解が深まりました。
普段利用しているのがSPMやCONNなどのほとんどシェルスクリプトを使用しない解析なので、手を動かしながら学ぶことができたのは大変勉強になりました。
部分参加ができるようになったこと。
平日は夜でも参加が難しく、休日開催にしていただいたことが大変参加しやすかったです
本当に初学者の私でも、なんとなくのイメージが持てるようになった点
本当に勉強になっております．2月の講義もよろしくお願い申し上げます．
毎年自分の学びのレベルが上がっていくことを実感させていただける素晴らしい講義でした
利用例を交えて教えていただきましたので少し難しかったですが理解しやすかったです。

次回のチュートリアルに向けて改善できる点がありましたらご自由にお書き下さい。（抜粋）

Chat GPTにシェルスクリプトの相談をされる際の様子なども提示していただきましたが、Python Scriptを実際に作成されるときの試行錯誤なども教えていただけると勉強になります。
MRIの手法の種類・分析するための変数を話されているのか、解析ソフト名なのか、ファイル形式の名前やファイルの中身のデータ自体のことなのか、それともコマンド関連のことなのかなど、頭の中でパッとは理解することが叶わなかった、というのは実感としてありました。
PDFの資料の在処がわかりにくかったです。
Pumbleの初心者チャンネルの質問が高度で少し質問をしづらかったかな、、と思います。
TBSSで群間比較だけでなく相関解析の方法も是非おしえてください
updateが直前で少々焦りました
オンサイト版の復活もしくは交流会の開催を望みます！
かなり情報が多くて後半はかなりのスピードになるのでゆっくり進めて欲しいと思いました。
ここ数年毎年参加させていただいているので少しずつ新しい内容が入るとうれしいです。
コマンドに関しては受講者のレベルが非常に多様なのでどこに合わせるか難しいところだと思います。思い切って中級者以上は切り捨てて、覚えるコマンドの数はしぼって初心者向けに全体像がわかるようなものにしてもよいかもしれないと思いました。
コマンドの部分が早くてついていけませんでした
コマンドの部分はもう少し時間を割いていただけたらもっと良かったと思います。
コマンドを一日で網羅するのはむずかしいですが、いままでコピペだけしていたが、すこし理解できるようになってきた。課題形式ですこしずつやってもらうのがいいかもしれないがその場合、もっと日数がかかってしまうため悩ましいとこです。
シェルスクリプトがやや早かった。
シェルスクリプトが初日にあると良いのかもしれないと思いました。
シェルスクリプトに関しては作業を予習した上で当日は説明を聞くことに注力したい気持ちもありました。
シェルスクリプトの説明をもう少し丁寧にお聞きしたかったです。
シェルスクリプトの応用では、ステップ毎のご解説がためになりました。最初にこのテキストから何を取り出すかを言っていただくと、良いと思いました。最後まできて、「そういうことか」となるので、最初の目標があると良いと思います。
シェルスクリプトの講義時間はもう少しゆっくりできればと思いました。
シェルスクリプトの最初の説明が少し長く感じました。
シェルスクリプト経験が浅い方のために，もう少し入力時間を取った方が良いかもしれません．
シェルスクリプト入力に少しつまづいた時にどんどん進んでいったので着いていくのが大変でした。
たくさん色々とインストールさせていただけましたが、それぞれの役割を一つずつ簡単にどこかに書いておいていただけると嬉しいです。
チュートリアルの冒頭に、どんな講義をどんなスケジュールでなぜそれらの講義を行うのか、脳画像解析における各講義の位置づけはどのようなものなのかを概説頂けると、脳画像解析の全体像をぼんやりでも想定しながら受講できるのでうれしいです。
テキストを読んでコピー・ペースト作業でできるものは事前に1回やってみてから、講義を受ければより理解が進んだように思います
できなかった点などを整理する時間が欲しいので5-10分の中休憩をも少し確保して欲しい。
とくにありません。
とくにございません。
とても満足度の高い、ためになる講義をありがとうございます。
もう少しゆっくり聞きたい部分もありました。
もう少し時間が欲しいです
扱う内容が多岐にわたるため、一日の後半は疲労感があった。
音声のクオリティにばらつきを感じました。マイクは口元に近い方がタイプのノイズが低減されていいと思います。
下地先生は各コマンドを実際にどのような場面で使用するかを、サラッとお話しされていたので、そこは詳しく知りたい箇所ではあったので資料にも記載していただけるとありがたいです。
課題があると、自分で主体的に手を動かすので、習熟度があがるかもしれません。
基礎から活用できる実践的な内容まで次回もアップデートお願い致します。
基本的な記号の意味を聞き逃してしまうことがあるので、各コマンド文の構成の説明の際に細かいところも軽く触れてくださるとありがたいです（{}や|の意味など）。
駆け足になってしまってから手と頭がついていけなかったのでゆっくり復習していきたいです。
研究の実例提示があると勉強になります
講義も演習も内容がとてもしっかりできているので、講師の先生方の負担を減らすためにも、チューターの先生に質問している間に講義が進んでしまうのを防ぐためにも、部分的にオンデマンド形式を取り入れても良いのかなと思いました。
講義中の練習作業が前処理・解析フローの中のどの段階なのか・どの段階に役立つのかがピンと来ない場面があり、少し作業が辛く感じた部分も正直なところありました。
講師の先生もどの場面で使うのかということは折に触れていただいておりましたが、お話しいただいている内容の固有名詞が頭の中に記憶できておらず、理解が及びませんでした。
今後ともよろしくお願い申し上げます
今日の時点では特にありません。
最後かけ足になったのが少し残念です。
私自身は2日連続でまとまった時間をとることがなかなか難しく、オンデマンドで少しずつすすめていけると助かります。講義録画を公開していただけるとおっしゃっておられましたが、ほんとにたすかります。
事前に読んでおくべきテキストなどをご紹介いただければと思いました。
時間がかなりtightになっていたかと思います．講義の回数を少し増やして，時間に余裕をもたせていただいた方が，初学者にはもう少し理解が促進できるのではないかと考えた次第です．
時間の管理（質疑応答込みで17時半ならそう書いておいて欲しかったです。）
時間の関係なのは重々承知しておりますが、シェルスクリプト入力の後半が駆け足過ぎて、ほとんどついていくことができませんでした。重要なところかなとも思いましたので、もうすこしお時間をいただければとてもありがたかったです。
時間節約のために、要点だけを伝え、チートシートを使えばよいと思いました。
次回シェルスクリプトを使う中級編があれば、コマンドの意味などを一言でもおさらいで言っていただけると、初心者のわたしもついていきやすく、嬉しいです。
自分自身の知識不足が大きいので、改善点はありません。先生方がどんな質問にも丁寧に回答くださって感謝しています。
実際にコマンドを実行するのを見せて頂いてるときに、応用的なところを「見ててくださいね」といってくださるのは、やさしさであることはわかってはいても、受講者からするとなんとなく消化不良感が残ってしまいます。中上級者であれば今回くらいで良いと思いますが、初級者ではその割合がもう少し少なくなると良いのかもしれません。
手を動かすシェルスクリプトの講義が駆け足で、結局ほぼすべてコピペを繰り返すだけという感じになっていて少し残念でした。
手入力の時間がもう少し多いと嬉しいです．
初心者のため、次回も今回のように解説等して頂けるととってもうれしいです。
情報量の多さに追いつけませんでした・・
川口先生の音声が割れ気味で聞き取りずらかったこと、下地先生のシェルスクリプト演習でのネットワーク遅延が気になりました。
素晴らしい内容でした。特にありません。
途中で少し早いところがあったのでついていけなかったです。
土日合間に仕事をしながらしか参加が難しい状態なので休憩時間などはしっかりとっていただけたらありがたいなと思います、
統計が難しすぎて理解が及ばなかったです．
統計に関しては、もう少し時間をかけてゆっくり細かく説明していただければありがたいです。
内容が難しくついて行けない部分もあった。実際に自分のデータで操作をするにはまだ理解が不十分であると感じた。
脳画像解析での具体的なパイプラインの使用をもう少し知りたかった。
毎年、内容が更新され、アンケートの希望も受けてくださり、とても内容が濃く、チュートリアルの内容にとても満足しております。
未経験のため専門用語の意味が分からず、理解が深まらないことがあり、後で調べていました。その場で専門用語の解説を少しで良いので入れていただけるとありがたいです。
問題なしです。
なし
特にありません。
特にありません。
特にありません。大変満足です。
特にございません。
特になし
特に思い浮かばないです。

今回のチュートリアルでとりあげられなかった内容で今後とりあげて欲しい内容はありますか？（抜粋）

タスクfMRI、安静時fMRIの講義を楽しみにしております。特にタスクfMRIは今度初めて自身で研究を行うこととなったため、デザインの組み方など具体的に教えていただけたら大変幸いです（ブロックデザインと事象関連デザインそれぞれについて）。
ChatGPTなどで、現状from scratchからどこまでシェルスクリプトを書かせることができるのか、ご経験があればぜひ知りたい
ChatGPTなどのLLMsをどのように活用するのがよいかについて、もう少しお教え頂ければと思います。
FreeSurfer TRACULA, FSL XTRACT
FSLでの基本動作など，次回の講義で伺いたいです．どうぞよろしくお願い申し上げます．
FSLやその他のソフトのオーバービュー
HCP pipelineなどを用いた前処理方法。大脳だけでなく小脳も綺麗に抽出できる方法を教えていただきたいです。
HCP workbench の使用法
HCPデータ入門。最低限知っておくべきこと。
公開・大規模データの取り扱いの留意点。自前のデータとの共通点、相違点。
大規模データと関連するが、神経画像研究のための並列計算処理入門（Son of Grid Engineみたいな）。
MRIの撮像原理に関すること。MATLABのコマンド(基本的な内容)に関すること。
Pythonに特化した基礎講座（スクリプティング、ループ、条件式の作り方）があるとありがたいです。
機械学習の基礎にも興味があります。一次解析が終わった段階で、例えばROIごとにBOLD信号を取り出して、統合失調症と健常を予測するモデルを立て、バリデーションまでやる、といった基本的な機械学習の流れをPythonで学びたいです。
SPECTなどのサブトラクション（治療前後）、CTPなどのサブトラクション（治療前後）、左右とのサブトラクション（同一検査での）画像の生成が可能かどうか知りたいです。
SPMの使い方、小児での解析、得られた解析データから実際論文化するときの注意点などあれば。
SPMの操作方法や前処理（標準化）を教えていただきたいです。
VBMのCAT12なんかも興味あります！
Virtual Box内と自分の環境のデータをやりとりする際の具体的な方法について。
VOIの基本的な理解について教えて頂けたら幸いです。ボリューム上等とはどのようなもので構成されているのか改めて勉強する必要を感じました。
WindowsPCにVirtualboxを導入し、その中でソフトをインストールする方法を教えていただきたいです。テキスト情報だけでも助かるので、ご教授いただければ幸いです。
実際にシェルスクリプトを書くとなったときにどんなツールを使えばいいのかわかるとちょっとハードルが下がるかもしれません。（Wordを使おうとしてはまったりとか・・・）
げっ歯類等非臨床の解析
コマンドの応用で、我々がよく扱う実臨床（匿名化されているもの）のエクセルデータなどを利用して、応用を行うなどすると、教えていただいたことを日常でも使おうという気持ちになるかもと思いました。
コマンドを細かく教えていただき、初心者の私にとってとても助かりましたが、できれば最初に全体像を見せていただきたいです。
xmlとかfslとかよくわからないので、コマンドの後半あたりでついていけなかったです。
シェルスクリプトを実際に使用する練習もう少しあればよいと思った。
タッチタイピングのコツについてをご教授いただきたいです。
テンソル画像をVincentを経由してDICOM出力すると、医療用の解析装置で読み込めないことがあり、headerの問題で解決できないことがありました。匿名化の手順についても注意があることを教えていただきましたが、研究用のMRIを出力管理する上で、最も安全かつ効率的な運用等についても、もう少し知りたいです。
とくにありません。
トラクトグラフィーを使った解析方法もご教授いただけるとありがたいです
なし
なし
一般線形モデル作成時の多重共線性とその回避の方法
引き続き来月以降の内容も楽しみにしております。
ネットで検索してシェルスクリプトを探し、応用するという方法も紹介されていました。これらの作業、例えばネット上の既存のシェルスクリプトを探して、解釈をCaludeに尋ね、微修正して自身のシェルスクリプトとして使う、といった実践的な一連の流れも講義の中で体験できたら、より身に着きそうだと思いました。
画像をソートすることが非常に役にたつと感じたため、先生方が他施設研究で行われているような、ランダムな名前をつけるところからファイルに格納してソートするところを実習でできるとより嬉しいです。
外部にHDDなどのストレージなどを設置したりする実務的な方法なども小ネタとして取り上げていただけると嬉しいです。
基礎知識を補うために有用な文献等の情報提供をしていただけると大変ありがたく存じます。
機械学習
シェルスクリプトをFSLで実際にどのように使用するか、2月の実践で初心者向けにもお教えいただけますと幸いです。
今回の内容で満足です．
臨床画像の撮影シークエンスについて、論文には書かれていないような具体的な内容がご教示いただけたらと思います。
生成系AIによるシェルスクリプトの生成や修正の仕方を教えてください
撮像シークエンスについて。論文には出てこないけど撮像前に決めておかなくてはならないインデックスについて知る機会があるとありがたいです。
軸数や撮像時間との関係による現実的な設定値、位相エンコーディングの設定等、設定上記をつけるべきポイントがあれば学ぶ場があるとありがたいです。
論文のmethodと対応させながら実際に行った解析を見せて頂くようなことはできますでしょうか？
random field theoryについて解説頂くことは可能でしょうか？
受講者の方はすでにある程度知識・経験がある方なのだということがわかりました。可能なら超初心者が研修前に参照できる、勉強できるマテリアル（本の紹介等でも）があるとよいなと思いましたが、研修中にチューターが教えてくれた（Pumbleでの回答）サイト等、勉強しようと思います。
十分素晴らしかったです。
深層学習、機械学習のチュートリアルの機会もあったら良いと思います、教えて戴きたいです。
統計のお話や脳画像解析の根本的流れのお話をもっと詳しく伺いたいです。
統計の講義がもっと実践的なものだと良かったと思いました。実際にソフトウェアで解析しながら、ここではこの検定がされているとか、この統計量はこう解釈すれば良い、とかそういった内容があると大変ありがたいと思いました。
統計の内容に関して、方法や結果の解釈の仕方などさらに広く知りたいと思いました。
統計の話を繰り返しお願いします。奥が深くてついいい加減にしてしまいがちです。行き来することで理解が深まる気がします。
統計関連のお話であまりイメージを掴めなかったので、実際の研究事例とその研究の統計方法が選択された理由との解説があると幸いです。
特にありません
特にありません。
特にございません
特にございません。
特にございません。
特になし
発表済みの論文で，役立つような論文，研究があれば詳しく解説してほしい
毎年内容がさらに改善され盛りだくさんとなり、とても満足しております。自分自身がしっかり内容を復習して研究のために使いこなせるようにしたいと思います。

その他、ご意見ありましたら自由にご記入下さい。（抜粋）

今回2017年以来久しぶりに受講しましたが、アップデートされた内容をもとにぜひ小児脳神経学に寄与できるような質のよい研究につなげたいです。まず画像取得のところからになりますが、放射線科の先生等とディスカッションしながら、様々な角度から検討し、先生方からご支援が頂けますと幸いです。今後ともよろしくお願い申し上げます。
お忙しい中懇切丁寧な教材と講義を準備していただき、またお休みの日に長時間の講義をして下さいまして誠にありがとうございました。内容は本当に楽しくて、受講できたことが嬉しくてたまりません。
午後の下地先生の演習は私にとっては超高速で追いつきませんでしたので、次回までにがんばって復習します。
今回はmacL4Nで参加しましたが、maOSなど他の環境でも一通り今回の講義を辿ってみたいと思います。
2月も宜しくお願い致します。
2日でこれだけコマンドの解説を行っていただける勉強会など、どこにもありません。自分もコマンドは普段触りますが、勉強になりました。
2日間大変勉強になりました。ありがとうございました。
2回目の受講でしたが、前回よりよく理解でき、繰り返し勉強することの大切さを実感しました。来月もよろしくお願いいたします。
2日間大変勉強になりました。次回もよろしくお願いします。
FreeSurferを導入した時に、謎に思っていたスクリプトたちがどんな意味があったのか、少しわかるような気がしました。頑張って復習します。ご指導頂いた先生方、ありがとうございました。
Pumbleのchannelに11～15（統計の相談～有用なリンク集）が追加され、さらに相談しやすい環境が整えられており感動しました！ありがとうございます。来月もよろしくお願いいたします。
WindowsLin4Neuroで設定したが、Mac nativeでもできるので職場、モバイルそれぞれにいれてみようとおもいます。環境整備すら一人ではできなかったのでその点は感謝してます。もうすこし自分で触ってみてなれていこうという　入り口に立てた感じがします。
ありがとうございました。引き続きご指導ご鞭撻のほど、何卒宜しくお願い致します。
いつも懇切丁寧な教材と解説有難うございます。
このようなチュートリアルを受講できること感謝いたします。
非常に勉強になりました。
しっかり復習して1ヶ月後に臨みます。
すごく丁寧に講義演習をしていただいたことに感謝いたします。
そもそも、基礎知識が不足しすぎていることを痛感いたしました。素地となる理論や基礎知識がないにもかかわらずとりあえず手を動かしている現状で、応用もなにもないような状態です。そのせいで内容についていけていない部分もあるかと存じますので、今回いただいた資料を読み直して知識を深め、より実践に近づければよいなと思いました。
チューターの先生方が質問に対して素早く対応してくださり、素晴らしいサポート体制だと感じました。
とても勉強になりました。ありがとうございました。
とても有意義で感謝しています
とても有意義な時間をありがとうございました。
ほぼ毎年参加させていただいています。チュートリアルの運営がどんどん改善されており本当に、スタッフの方々のご尽力に感謝いたします。
わかりやすいご講義ありがとうございました。
何回か参加していますが、毎回ブラッシュアップされて洗練されていくのがすごいと思います。同僚を見ていても今やっている研究はABiSがなければ絶対できなかったと言う人もいます。ぜひ今後も続けてほしいです。
教えていただいた内容を実践していきます。ありがとうございました。
継続していただければ幸いです。
今すぐコマンドラインを使って解析をする予定があるわけではないので、すぐに具体的な疑問があるわけではないのですが、何かあればうかがわせていただけると幸いです。
2日間ありがとうございました。
わたし自身はエンジニアで、お客様が画像研究をされており、業務について知見を深めたいと思い、参加させていただきました。職業柄、ITには抵抗がなく、また画像解析という分野にも興味を持っていたつもりでいたのですが、脳画像解析環境というのは、とても難易度が高い遠い世界のように見えておりました。そのハードルをぐっと下げてくださったこと、たいへん感謝しております。
今回も知識のアップデート、再確認ができました。ありがとうございます。
今年も一発で解析や処理ができることに大変驚き感銘を受けました。
今年度から3回に分けてのチュートリアルということで年間で勉強する機会が増えて大変嬉しいです、今回は大変に勉強になりました、本当に有難う御座いました。
私は、統計について知識がなく、統計の基礎的な知識を学習してからチュートリアルにのぞむことで、統計のチュートリアルの授業がより理解ができたのかと反省しております。
事前準備の時から含め、昨日今日の2日間、とても勉強になりました。昨年初めて受講し、今回は2回めでした。まだまだ知らないこと、改めて知ったことが多かったです。
準備は相当なものだったかと思いますが、本当にありがとうございました。次回も楽しみにしています。よろしくお願いします。
次回もよろしくお願い致します。
自分が超初心者であると実感しています。実際にソフトをインストールし、コマンド入力をしてみたり、まずは手を動かすことが大事なのだと理解できました。何回か受講されている方がいらっしゃるようなので、励みになりました。
最初から最後まで丁寧に教えていただき、感謝しています。またよろしくお願いいたします。
充実した２日間でした。運営ありがとうございました。
準備が大変な中、わがままなお願いになるかとは思いますが、事前の周知の時点でどんな内容を行うかがもう少し具体的にわかると良いかなと思います。
先生方のご準備とご指導、心より感謝しております。ありがとうございました。
素晴らしいチュートリアルをありがとうございます。
体系化されたチュートリアルと丁寧なフォローは多大なご尽力が必要だと思い大変ありがたく思います．
大変重要な講習会を開いていただき、講師の先生を初め、チューターの先生、準備等、ありがとうございました。
大変難しい内容を初心者にもわかりやすく教えてくださって本当にありがとうございました。感動しました！おかげで日本のこの分野が発展していくと感じました。
大変勉強になりました、復習したいと思います。初心者も初心者で、言葉の意味が難しくて、何を示しているのかわからずただコピペしているだけになってしまったところが多く反省です。言葉の意味から確認して臨みたいと思います。
大変勉強になりました。ありがとうございまいした。
大変勉強になりました。ありがとうございました。
大変勉強になりました。ありがとうございました。
大変勉強になりました。次回以降もぜひ参加させて頂きます。
大変勉強になりました。先生方、本当にありがとうございました。来月も楽しみにしております。
大変勉強になりました。複数回受講してようやく理解が追いついている気がします。機会を提供していただき、有難うございました。
大変有意義な研修会をありがとうございました。
統計は難しく感じますが、避けて通れないため勉強するとてもよい機会でした。
特にございません。来月も何卒よろしくお願いいたします。
特になし
二日間、ありがとうございました。
日々暗中模索で初心者のまま年数だけが過ぎていってしまい、今回チュートリアルが受けられたことを大変ありがたく思っております。2月以降の実践チュートリアルにむけて、解析も勧めていきたいと思います。本当にありがとうございました。
判らない点に答えていただいてありがとうございます！勉強になりました．
普段Windows状況下でMATLABを使用しており，Linux環境はあまり触れてこなかったのですが，色々やろうと思うとシェルスクリプトやFSLを使用する必要があると思いました。
チャットAIを用いてやりたいことをやるためのコードを調べることはしてきたのですが，まず何をどうしたらよいかわからずLinuxの壁を感じています。今月の講義の内容を復習した上で，引き続きLinuxでできることを一個ずつ獲得していこうと思います。
本当に勉強になりました。ありがとうございます。
毎回，膨大な準備をしてくださり，大変濃密な学習になっています。引き続きよろしくお願いいたします。
毎年受けさせていただいておりますが。毎回勉強になります。ありがとうございます。
予習ができればさらに理解が深まるかなと思いました。そのため、テキストブックの公開を数日早めていただくか、希望者のみの予習用ワークなどがあるといいかなと思いました。

2024年1月ABiS脳画像解析チュートリアル

【日　時】 2024年1月20日（土）、1月21日（日）
【会　場】完全オンライン（Zoom、Pumble）
【参　加】事前登録制（参加費無料、PC環境が準備できない場合は受講できないことがあります）
【概　要】
2024年1月20日（土）：脳画像解析入門
08:30 Zoomオープン
09:00 開会
09:10-10:10 脳画像ビューワー（根本清貴・筑波大学）
10:20-11:20 DICOM画像（根本清貴・筑波大学）
11:30-12:00 統計の基礎（川口淳・佐賀大学）
12:00-13:00 昼食
13:00-13:30 多重比較が必要な時（川口淳・佐賀大学）
13:40-14:40 DICOM画像からNIFTI画像への変換（根本清貴・筑波大学）
14:50-15:50 BIDS（根本清貴・筑波大学）
16:00-17:00 一般線形モデルの理解（根本清貴・筑波大学）

2024年1月21日（日）：脳画像解析のためのスクリプト入門
08:30 Zoomオープン
09:00 開会
09:10-10:10 脳画像解析のためのシェルスクリプト入門（下地啓五・順天堂大学）
10:20-11:20 脳画像解析のためのテキスト操作：解析結果の加工と出力（下地啓五・順天堂大学）
11:30-12:00 クラスター解析（川口淳・佐賀大学）
12:00-13:00 昼食
13:00-13:30 並べ替え検定（川口淳・佐賀大学）
13:40-14:40 脳画像解析のためのパイプラインを活用したコマンド連携（下地啓五・順天堂大学）
14:50-15:50 脳画像解析のための条件分岐とループによるフロー制御（下地啓五・順天堂大学）
16:00-17:00 オリジナルスクリプト開発：レビューと改善プロセス（下地啓五・順天堂大学）