Tutorial ABiS 拡散MRI解析支援

拡散MRI研究の裾野を広げていくことを目的に脳MRI解析チュートリアルを開催します。チュートリアルでは十分な解析手法を持たない国内各地の研究者を対象に、実際に脳MRI解析を体験してもらいながら実践的な脳MRI解析手法を実演、説明を行います。

第4回　ABiS脳画像解析チュートリアル

2018年3月3日（土）～ 4日（日）に、生理学研究所主催、順天堂大学・東京大学・ABiS共催で、「第4回ABiS脳画像解析チュートリアル」を開催致しました。チュートリアルは盛況のうちに終了致しました。多数のご参加ありがとうございました。

研究職・医療職、大学院生、大学教員など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
精神医学、神経科学、神経内科学、放射線医学など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
半分以上の受講者が画像解析の経験が１年未満でした。
半分以上の受講者が今回が初めてまたは２回目の受講でした。
14～96%がちょうど良い難易度と回答しています。
61～98%が満足～やや満足と回答しています。
82～92%がちょうどよい長さと回答しています。

今回のチュートリアルで良かった点をご自由にお書きください。（抜粋）

１時間ごとに休憩がでメリハリがありました
FreeSurferがどのように画像を処理していくのか、helpコマンドで確認できることまで教えていただいたこと
FreeSurferが実際行なっている事や原理などホームページを見たり論文を読んだりしてなかなか理解出来ませんでしたが、このチュートリアルを通じて理解する事が出来ました
FreeSurferで何ができるか、どうやるかがよくわかりました
FreeSurferで解析してみようという取っ掛かりを与えていただけた
FreeSurferのチュートリアルは非常によかったので、ぜひ続けてほしいです
FreeSurferの概要を体系的に理解できたところ
FreeSurferの作業工程、ファイル構造、SUBJECTS_DIRの意義が概観できFreeSurferの理解がやや深まった
FreeSurferの使い方を基礎から講義していただけたこと
FreeSurferの使用経験はなかったが解析の流れを理解することができた
FreeSurferの大まかな機能を網羅してもらえた
FreeSurferの導入から全脳での統計解析やROI解析まで学ぶ事ができてFreeSurferの全体像を見られた気がして良かったです
FreeSurferを用いた一連の解析について広くoverviewしていただけたのが良かった
FreeSurfer初心者でも大きく戸惑うことなく概要を理解することができました
fs-tutorial.md はチュートリアルで作業を誤りなく行う事とスクリプトの理解に有効でした
GitHub環境で資料を配布していただいた点
NODDIについては論文などでなんとなく良さそうな手法という印象を持っていた程度だったので、どのようなものか触れることができた点
NODDIはモデルの成り立ちから教えていただけて、結果が示す大雑把な意味を理解できたこと
NODDIやネットワーク解析など最新の講義をしていただき解析の流れを理解することができて、とてもよかったです
PCの事前準備の方法を丁寧に作っていただきましたのでスムーズに受講することができました
QCと海馬のサブ解析
Recon-allの流れとROI解析を丁寧に説明いただき非常に理解しやすく、早速解析をやってみたいと思いました
オーディエンスにあわせて立ち止まる素晴らしいです
テキストのコピー・ペーストで解析を進めることで実習の流れについて行けなくなるような事態には陥らなかった
グループ解析、ROI解析、多重比較補正など解析の理解に非常に役立ちました
コネクトームの計算方法についての説明が詳しく、わかりやすかった
コネクトームの話では、たくさん画像を提示してくださったのでイメージが湧きやすくて良かったです
コネクトームの話は、興味深かったです
コネクトーム解析のプロセスについて知ることができた
コネクトーム解析も具体的な解析法をお教えいただき勉強になりました
コネクトーム解析を行っているので他施設の方の解析のお話を聞くことができたのは幸運でした
スクリプトを頂けた点
スケジュールが過密にならないよう配慮されていた
スタッフの方には大変な労力と時間をおかけしていることとは思いますが、今後も是非、事前準備とサポートの充実をお願いいたします
スライドが配布してあるので、復習が出来る
スライドも非常に分かりやすかった
その場でいっしょに作業できたので初めてでも出来た気分にしてもらえてモチベーションがアップした
チューターの先生数名が配置され躓いているときにすぐ質問できる体制となっており、わからないまま時間が過ぎることなく理解が促進されました
チュートリアルの内容もさることながら、おみやげ（スクリプト）がいただけることが非常にありがたいです
テキストを事前に配布して頂いたおかげで実習内容の事前把握と予習に役だった
ところどころで便利なシェルスクリプトをつくってくださっておりましたので参考にさせていただきます
トレンドを知ることが出来ました
ハンズオン形式で初学者でも十分についていける内容で実施いただける点
ピットフォールがよく分かりました
わかりやすく、解析をできる気になれた
一から使おうとしている立場に配慮されており、ありがたかったです
一人で立ち止まっていたときに適切なサポートを常に受けられたことが十分な準備につながりました
一通りプログラムを触れたことと
一番勉強になったのはquality checkの部分です
何をおいても最も特筆すべきは、事前準備に対するサポートの充実度
解析がもしかしたらできるかもと思わせてくれたこと
解説スライドがとても分かりやすかったこと
拡散MRIについて、特に重要な部分にフォーカスを当ててお話を聞けたのがよかった
拡散MRIについて最新の情報を知ることができました
拡散MRIのモデルやその限界の話は勉強になりました
拡散MRIの概要や研究手法について全くの無知からは脱却することができました
拡散MRIの実際と最新の知見をアップデートできてよかったと思いました．
拡散MRIの知識は全くなかったので、レベルの高さに圧倒されました
拡散MRI研究の最近のトピックが取り上げられていたので非常に興味深く話しを聞かせていただきました
関連する論文を紹介くださった点
基本から教えていただけたので非常にわかりやすかったです
基本的な用語、コマンドの意味、dataの見方についての解説があった
期待していたQC、トラブルシューティングを習得できたこと
貴重な画像研究の統計の講義を受講できたこと
休憩時間が十分にあったのはよかったです
具体的でstep by step
決して本では手に入らないFreeSurferの解析の実際を惜しげもなく教えていただけた
講義、資料もとてもわかりやすくとても勉強になりました
講師の先生方がとても親切
国内で本家のチュートリアルと遜色のない内容を学ぶことができて良かったです
今回のチュートリアルにあたって講義資料を含め、相当な準備をしていただき本当にありがとうございます
最近の話題の状況を知ることができました
最後まで時間通りに進行していただいたこともよかったです
最初にrecon-allの概要について説明されてから、FreeViewやトラブルシューティングなど細かい点について説明された流れがわかりやすかったです
最新のお話を伺えました
最新の研究について知ることができた
最新の情報を教えてもらえてよかった
最新の知見が得られたところがとても有意義でした
最新の内容が聞けて良かった
最先端の内容で大変刺激になりました
最先端の内容にふれることができた
使い方のバリエーションをそれぞれの講師の観点から教えていただいたこと
使ったことがなかったので、ハンズオンの実習は大変勉強になりました
資料が非常に丁寧で実践的なスクリプトも配布されたところ
資料を事前に準備して頂き、予習出来た点
事前にPDFファイルを配布いただけたため事前準備が十分にできました
事前資料のおかげで、チュートリアル当日の学習効果が高まりました
事前配布textが充実していたこともあり、ある程度予習できた
事前連絡が綿密であった
自分でも事前に予習することができたのもよかったです
実際にdataを処理しながらの説明で初学者でも理解できる内容
実際に解析サれている方からでないと聞けない内容でしたので大変参考になりました
実際に手を動かせて行えた
実際に先生方がされて躓いた事を教えて下さるので何に気をつけなければいけないかとわかりやすかったです
手順が非常に細かく説明されていて、わかりやすかったです
初めてでもわかりやすく一通りの解析を体験できたこと
初めて触るソフトでしたが資料が丁寧でとてもわかりやすかったです
根本先生のチュートリアルは資料も丁寧で素晴らしすぎます
根本先生の講義はわかりやすく大変感謝申し上げます
根本先生の配布してくださったrecon-allのスクリプトの便利さには感動しました。誠に有難うございます
根本先生や山下先生がどのような環境でどのように画像解析を進められているかが垣間見えて勉強になりました
根本先生や山下先生が当日テキストにないことも補足的に解説してくださっていてわかりやすかったです
川口先生の統計の講義に関しては難しい内容でしたが非常に大事なことがまとまっていたので次回も受講したいと思いました
神谷先生と鎌形先生の講義は現在の拡散MRIの研究動向の概観する事が出来ました。この様な講義の今後の継続を期待します
神谷先生には最先端の解析手法をご教授頂き、dMRIの今後の発展の可能性に関しても実感することができました
神谷先生の講義では、拡散MRIの現状を知ることができたのが良かったです
鎌形先生にはコネクト－ムの概略を丁寧にご説明頂き（講義の前半部分）大変理解が深まりました
鎌形先生のコネクトームについては手法を詳細に紹介頂いたので、解析についてのイメージを持つことができました
鎌形先生の拡散MRIのコネクトーム解析が大変実践的で素晴らしかったです
全く新しい知識が入りよかったです
大変わかりやすくブラックボックスだったFSの中身を知ることができました
丁寧な講義のおかげでFreeSurferでの解析の流れを理解することができて、とてもよかったです
途中で躓いて会場の中で１人で疎外感を感じることなく２日間過ごすことができました
当日のチューターのサポートもありがとうございました
統計の説明が前回よりやや詳しめだったこと
独学が難しいFreeSurferを学習できた
独学困難なFreeSurferを分かりやすい解説で学習できました
難しい内容をできるだけ優しく講義しようという意志が感じられました
難しくて理解できない部分も多かったのですが拡散MRI解析の理論について少しでも勉強になったと思います
配布してくださった資料、事前準備の支援がとても親切でありがたかったです
非常に詳細なスライドや練習用のデータをご準備いただいた
非常に勉強になった
勉強になった
綿密な事前準備体制のおかげで当日のトラブルが少なかったところ
様々なスクリプトを提示してくださっていたので大変勉強になりました
理論と作業のバランスがよかった
労力を省けるようなやり方も教えて頂き実際的で良かったです

次回のチュートリアルに向けて改善できる点がありましたらご自由にお書き下さい。（抜粋）

１日目の午後はPDFに書いてあるとおりに作業するだけで少しですが退屈さを感じました．
１日目は当日移動のため１時間繰り下げていただけたら都合が良かったです
１部、２部などとして、興味のある部分のみ聞ける形ならより良かった
FreeSurferで行われたハンズオンの時間を拡散MRでも設けて欲しい
FreeSurferの使い方はよくわかりましたので、実際の解析結果の解釈などの例があれば見せていただきたいです
NODDIについては自分の知識不足もあり、よく理解できませんでした
QDECのバグのところが残念でしたがスクリプトを用意していただいたので問題ありませんでした
コネクトームの解析方法を提示していただいたが、内容の複雑さに比べて講義時間が短いと思いました
コマンドを打ち込むところが進行がちょっと早く感じた
シェルでのコマンドは事前資料などで受講生が予習してくる方がスムーズに行くように思いました
スクリーンも複数あればよりよい
チュートリアルで使用したコマンドの使用法や自分が必要としているコマンドが存在するかどうかを探す方法を教えていただきたかった
チュートリアルは丁寧なサポートがあったので、ついていくことはできましたが、もう少しゆっくり余裕をもってやってもいいかもしれない
バグが多いとされるQDEC以外の手法のチュートリアルもあると尚ありがたい
もう少しコアな部分、reconallで行われている各ステップについて具体的に教えていただけますと幸いです
もう少しゆっくりとしたペースで実施いただけると嬉しい
もう少し時間を増やしていただけたらと思いました
もう少し予習の期間をいただけるとありがたかったです
画像解析に必要な統計の基礎から応用まで、みたいなものがあればうれしいです
会場が少し狭い
会場でwifiが使えるようにしてほしい
会場の狭さが気になりました
拡散MRIに関しても講義形式でなくチュートリアルであるとより理解が深まるかと思いました
鎌形先生の拡散MRIの新しいポテンシャル：コネクトーム応用の講義が大変に実践的
鎌形先生の講義の後半部分に関しては、全体量を減らしてでも、講義ではなくtutorial形式の方が受講者の理解が深まるのではないか
後ろの席からだとスライドの下が見づらかった
講義だった部分もチュートリアル形式のものを希望
講義の部分が４つありましたが、この部分も何らかの形で出席者参加型（チュートリアル形式）にして組み立てて頂いた方がよい
講義はいずれも先端的で魅力的な内容で大変勉強になりました
講義内容を動画でアップロード
今回の拡散MRIの話の最初にもう少し基本的な話があった方がいいのではと感じました
作業の実際がほとんどコピペだったことでミスを減らして時間を有効に使うという点では良かったが、実際に作業しているという実感には欠けたような気がします
山下先生の講義が少し早く、ついていくのがやっとでした
時間を長くしていただきたいです
実際のスクリプトの意味について自主勉強が必要と感じた
十分満足な内容ですが、是非来年も行なって頂きたいです
場所がやや遠かった
先生方の経験をまとめた形でquality checkに関するguidelineのようなものがあると初学者が自身でデータ処理を行いやすいと感じました
中級者向けであり、まだ拡散強調画像にふれたことがないため少し難しかった
中々すぐに取り掛かることは難しい内容で，中級というより上級編であった印象でした．
聴いた人が自らで拡散MRIのコネクトーム解析を始められるようなないようで講演してくださっていた
統計について可能であれば、根本先生の講義とよりリンクして、具体的なデータを用いて説明頂けると嬉しい
統計に関しては、別枠などでまとめて基礎から応用まで通してもらう方がありがたいかもしれません
統計の講義は必ずしもなくてもよいので、その分チュートリアル部分をもう少し時間を取れたら、もっと良い
統計解析の部分をもう少し詳しく聞きたかった
同じテーブルの人とのアイスブレイク的な時間があると交流も深まってよいかなと思いました
来年同じFreesurferのチュートリアルがあるのであれば、今回の講座を踏まえて少し応用の部分を増やしていただけるとありがたい

今回のチュートリアルでとりあげられなかった内容で今後とりあげて欲しい内容はありますか？（抜粋）

１ヶ月前ぐらいに自分の研究で問題点やわからない事があった事について事前アンケートをとって、その疑問に対する回答をして頂けるコーナー
fmri_prepなど、今後解析の共通プラットホームになりそうなもの
fMRIやDTIの結果をfreesurferの画像上に重ねる方法
FreeSurfer、FSL、 MRtrix3の全てを組み合わせた応用実習編
FreeSurferの出力されたファイルについて、今回扱っていないようなもので有用なもの
Freesurferの発展的な内容
FreeSurferやSPM等で画像解析を行い論文化する時の注意点
FSLとMRtrixの違い
FSLの全コースを、2日間に亘ってのレクチャー
FSとVBMで結果がどのように異なるのか、それぞれの得意・不得意な点
g-ratioについての詳しい解説
HCP pipline上で行われているfreesurferの中身
Linux言語やMatlabのスクリプトの作り方
Longitudinal analysis
longitudinal data解析、FLAIR、T2強調像を利用したpial surfaceの正確性向上の実際
Longitudinal Processing
Matlabも用いた解析
MRtrix3だけでなく、他のソフトでの解析についても講義していただきたい
MRtrix3のチュートリアルなど
NODDIの具体的な処理方法についてハンズオン
probabilistic tractographyの初心者向けハンズオン
Pythonをある程度使える必要がありますが、Nilearnなどについて学べる機会があるとありがたい
QDECのコマンドライン
QDECのスクリプト版：mri_glmfit のレクチャーを楽しみにしています
QDECの解析方法をもう少し詳しく
QDECの内容をコマンドで扱えるのを楽しみにしています
SPM、FreeSufer、FSL、BrainVoyagerなど、それぞれの長所と短所を含めて比較検討
task MRIのバリエーション
TBSSによる拡散MRIのROI解析とFA値の抜出方法
もう少しfreesurferの応用を深くやってみて欲しかった
グラフの理論を用いた実際の解析など
グラフ理論に基づくネットワーク解析
グラフ理論に基づくネットワーク解析の詳細
グループ解析をもう少し詳しく時間をかけていただければ幸いです
コネクトーム解析について、もう少し実際の手順を詳しく
コネクトーム解析の実際
コマンドラインを使った解析や縦断解析について
チュートリアル形式でMRtrixの進行
どのような研究でFreeSurferが有用的に利用できるのかSPMが利用できるのか
トラブルシューティングを極力少なくするためにはどうするのがよいかなど先生方のご経験を踏まえたTips
トラブルシューティングを実際にする際のTips
ネットワーク解析の統計学
マルチシェルの拡散MRIの解析方法
モンテカルロ法、検出力の設定（0.8とする根拠、設定する際の基準などはあるのか）
過去の論文・研究でどのような手法が用いられいるのかとその妥当性について
画像解析用のワークステーションの構成について
画像研究でのn数の決め方など、研究デザインについても聞いてみたいです
解析の実際の研究・論文での使い方、注意点についての解説
拡散MRIに関しては理解が追いついていないので、可能であればこれまでの流れなど初歩的なところ
確率場理論をさらに詳細に
鎌形先生のMRtrix3.0・FSL・Freesuefer 併用のデータ処理を実習形式で
鎌形先生の拡散MRIのコネクトーム解析のハンズオン
機械学習
機械学習を用いた画像解析
形態画像だけでなく、拡散MRIなどの他のmodalityについて
現在の脳画像解析の手法を俯瞰できるプログラム
効果量の種類と計算式（パラメトリックおよびノンパラメトリック）
実際のデータや論文を紹介して、SPMなどとの精度比較、結果の違い
実際の統計デザインやマトリックス作成、および論文投稿の際に注意する点
修正の精度を上げるための講義
縦断解析の方法
多発性硬化症、脳梗塞等の病変マッピング（MNI座標上にどこに病変があるか）の作成方法
多変量解析
大きな梗塞やラクナ梗塞を有するデータをどのように扱うかを知りたい
統計の所ももう少し詳しく
統計解析についてもチュートリアルがあると尚よかった
同じような内容でも繰り返ししていただけると知識が浸透するのでいいと思います
脳梗塞や白質病変がある場合にFreeSurferで解析するにあたっての注意点、対処法
非ヒト霊長類の場合のお話もお聞きしたいです
臨床的に応用するための個人に適応した画像解析
有料で統計に重点をおいた企画があっても良いかもしれません
様々な実例を踏まえた統計学の講義があると大変助かります

その他、ご意見ありましたら自由にご記入下さい。（抜粋）

「自動化すると良い」など、思想も学べて良かったです
ABiSで教わったことをもとに質の高いアウトプットに繋げていきたいと思います
FreeSurferについて疑問に思っていたことなど大変わかり易く解説いただき、ありがとうございます．
FreeSurfer初心者としてはよく理解できる講義でした
MRtrixを使ったコネクトーム解析について自分でもやってみたいと思った
NODDIに関する利点欠点についてのお話、興味深かったです
ありがとうございました
いつも先端的な話で刺激的で、毎回期待しながら拝聴させていただいています
いつも貴重な情報・技術を習得することができるので、今後とも続けていただけますと非常に嬉しいです
おかげさまで拡散MRIのことがある程度理解できました
お忙しい中良質な講義をしてくださった講師の先生方、どうもありがとうございました
このような機会を今後も継続して戴きたい
これからの臨床的な発展性を非常に感じ、研究意欲の刺激となりました
これだけのチュートリアルを準備・施行するのは並大抵の苦労ではないと思います。本当に皆さまのご尽力に感謝しております。ありがとうございました
さらに理解したいので、ぜひ今後も続けてほしいです
ぜひ今後に活かして頑張りたいと思います
ぜひ今後も続けてほしいです
チュートリアルで、講師の方々の、一言一言に、自分にとっては新たな発見がありました
チュートリアル後の交流会の時間で研究支援に関する打ち合わせをすることができ、とても有意義でした
テキストと脳画像データだけでは学ぶ事が出来ない内容でした
とても分かりやすい講義をありがとうございました
とても勉強になりました
また参加させていただきたいです
もう少し回数を増やして戴けると喜びます
画像解析手法のみだけでなく、統計学的なことまで幅広く教えていただきましてありがとうございます
解析手法が組織という枠組みをこえて拡がって行くには、このような組織だった啓蒙・教育活動と、皆さんの熱意が大変重要であることを痛感しました
結果を正しく検討するために、統計学を深く学ぶべきであると実感しました
献身的な活動本当に恐れ入ります
講師陣の熱意が素晴らしかったです
今後Lin4NeuroをVMwareで動かす方法をご提供いただければハードルが低くなって助かります
今後もabisのtutorialを是非継続開催して欲しいです
懇親会があって、先生方と少しでもコミュニケーションがとれたり、質問できる機会があったことがよかったです
参加するたびに研究意欲が復活いたします．
次回なのですが、普段、画像解析を専門とする先生方と接する機会があまりないもので、交流会等を開いていただけましたら甚幸に存じます
次回の開催も大変、楽しみにしております
次回もぜひ開催してほしいです
自分たちの研究に活かしていきたいと思います
自分で取り組んでみたいと思いました
自由に質問できる雰囲気は、当方のような初学者には、有難いです
実際に講義を受け、質問をすることで理解が深まりました
実際に手を動かして解析している人を呼ぶのは大変よい方針だと思います、
準備が大変だったかと思いますがとても満足できるチュートリアルでした
準備も非常に大変かと思いますが、是非このような講義を続けていただければと思います．
初めてだったのでついていけるか心配だったが、指導が親切でソフトも上手く操作できて楽しかった
是非来年もやって下さい、若い人を送ります
是非来年度も継続お願い致します
誠に有難うございます
先生方の事前準備が素晴らしいと思う
全体のorganizerの方々、講演者の方々、各tutorの方々、全ての関係者の献身的、利他的な対応に大変感銘を受けました
大変わかりやすいチュートリアルでした。ありがとうございます
大変勉強になりました。ありがとうございました
長時間の講義ありがとうございました．
直接的に拡散MRIの研究には携わらないとしても、自分の研究との関連において有意義な知識を得ることができた
年２回では全て網羅しかねると思います
配布してくださった資料、事前準備の支援、当日のチュートリアルの全てが懇切丁寧で素晴らしく、大変、勉強させていだだきました。誠に有難うございます
非常に勉強になりました
普段拡散MRIは解析していないため、十分な理解には至りませんでしたが、研究の趨勢に関して触れることができたのは、貴重な経験でした
勉強になりました
本当にありがとうございました
滅多にない知見が得られました。ありがとうございました
来年も期待しております

第4回　ABiS脳画像解析チュートリアル

【日　時】2018年3月3日（土）～4日（日）
【会　場】自然科学研究機構生理学研究所1F大会議室
【参　加】事前登録制（参加費無料）※12月3日頃から募集開始予定　※定員制の為、受講できない可能性もございます。
【概　要】
● 2018年3月3日（土）
09:00～09:10 開会
09:10～10:10 第1部(1): FreeSurferの概要/構造画像の前処理 (筑波大・根本)
10:10～10:20　　- 休　憩 -
10:20～11:20 第1部(2): Freeview/recon-allのQC (根本)
11:30～11:30　　- 休　憩 -
11:30～12:30 第1部(3): 多重比較補正 (佐賀大・川口)
12:30～13:30 　- 昼休み -
13:30～14:30 第2部(1): 3D Slicerを用いたFreeSurfer結果のQC (岩手医大・山下)
14:30～14:40　　- 休　憩 -
14:40～15:40 第2部(2): FreeSurferトラブルシューティング(1) (山下)
15:40～15:50　　- 休　憩 -
15:50～16:50 第2部(3): FreeSurferトラブルシューティング(2) (山下)
16:50～17:00　　- 休　憩 -
17:00～18:00 第2部(4): クラスター推測 (川口)
● 2018年3月4日（日）
09:00～10:00 第3部(1): ROI解析 (根本)
10:00～10:10　　- 休　憩 -
10:10～11:10 第3部(2): グループ解析 (根本)
11:10～11:20　　- 休　憩 -
11:20～12:20 第3部(3): FreeSurferでの多重比較補正 (根本)
12:20～13:30 　- 昼休み -
13:30～14:30 第4部(1): 拡散MRIの白質モデル：NODDIって何？からその限界まで（東京大学/順天堂大学・神谷）
14:30～14:40　　- 休　憩 -
14:40～15:40 第4部(2): 拡散MRIの新しいポテンシャル：コネクトーム応用を中心に　(順天堂大学・鎌形)
15:40～15:40 閉会