Tutorial ABiS 拡散MRI解析支援

拡散MRI研究の裾野を広げていくことを目的に脳MRI解析チュートリアルを開催します。チュートリアルでは十分な解析手法を持たない国内各地の研究者を対象に、実際に脳MRI解析を体験してもらいながら実践的な脳MRI解析手法を実演、説明を行います。

第8回　ABiS脳画像解析チュートリアル

2020年12月19日（土）～20日（日）に、生理学研究所主催、順天堂大学・東京大学・ABiS共催で、「第8回ABiS脳画像解析チュートリアル」を開催致しました。チュートリアルは盛況のうちに終了致しました。多数のご参加ありがとうございました。

大学院生、研究職・医療職、大学教員など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
精神医学、神経内科学、神経科学など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
過半数の受講者が脳画像解析は未経験または経験３年未満でした。
30～82%がちょうど良い難易度と回答しています。
69～95%が満足～やや満足と回答しています。
74～93%がちょうどよい長さと回答しています。
受講後アンケートでは98%がこれからの研究にとても役立つ、または役立つと回答しています。

今回のチュートリアルで良かった点をご自由にお書きください。（抜粋）

3Dslicerなどは用いたこともなく、大変勉強になりました。
3Dslicerは使い方が操作が複雑だと思いましたが、解説が大変わかりやすかったです。
FeeeSurferを用いた解析を勉強になりました。
FreeSurferでいろいろできることに気付かされたことがよかったです。
FreeSurferについてまとまって聞くことが出来て勉強になりました。
FreeSurferに関して大変勉強になりました。
FreeSurferに関する多岐にわたる内容で非常に勉強になりました。多数のtipsや他のソフトウェアでの利用に関することなど、痒いところに手が届く内容で、自分で解析をしてみたいと思わせる素晴らしい内容でした。
FreeSurferの使い方を体系的に学ぶことができて良かったです。独学では難しかったと思います。チートシートがあったおかげで、その場で理解できなくても、講義についていけました。今後、復習していきたいと思います。
FreeSurferの実際的な使い方が分かった点が良かったです
FreeSurferはもちろんですが他のソフトとの連携まで教えていただき感動でした
FreeSurferは画像解析ソフトの中でも敷居が高い印象があり、また計算時間が長い割に今までaseg.mgzのroiしか使ったことななかったので、今回の講義で色々と応用が広がったように思います。
FreeSurferをほぼ初めて使いました。エキスパートである先生方が分かりやすく重要な点を示してくださっているのが良かった。
Freesurferを走らすことは簡単なのですが、処理ミスに対しての訂正の仕方や、その後の解析までの流れがよくわかりました。
FSでのDTIの処理、FSと他のソフトとの連携の講義は特に興味深く拝聴しました。
FSで知らない機能もあり、大変勉強になりました。
FSの縦断解析について学べたことが大変良かったです。
Lin4neuroのおかげて解析の環境構築がとても楽で感動しました。
OnlineはOnsiteよりも、PCの性能が高く、画面も大きいため、やりやすかったです。
orientationの一括変換は衝撃を受けました（PETとfMRIを持用いたマルチモーダル研究だと複数のソフトを使うのでorientationで過去に苦労した経験がありました）。
SPMの結果をFreesurferに載せるには感動しました。
SPMを使ったVBMは一通りやってみた経験がありましたが，Freesuferは初めてでした。
SPM以外の解析方法を知ることができ、勉強になりました
Web開催で遠くからでも参加できるのがよかったです。こうなると直接質問しにくい感じになることもあると思うのですが、チャットも含めてとても質問しやすい雰囲気があってよかったと思います。
Zoomでいつもより参加者を多く受け入れてもらえたのがよかった。
Zoomでの開催であり、田舎の在住なので逆にありがたかったです。
Zoom開催がありがたかったです。
Zoom開催だった点。移動がなく自宅でこれだけの内容が受講できるのは非常に嬉しいです。
Zoom開催で，普段使用しているパソコンの環境で落ち着いて受講できた点がよかったです．ありがとうございました．
Zoom開催であったこと。
ありがとうございました。"
いつももくもくと解析をし、疑問にぶつかると煮えてしまっていました。皆さんも思考錯誤しながらご研究しているんだな、と共感できたことが最も嬉しかったです。
ウェブ開催でしたが，非常にスムーズで，設定のケアなどもきめ細かくしていただき大変よかったです．
ウェブ開催でスムーズに受講できたことがよかったです。
おそらく解析を進めていく上で多くの人が気になる部分であろう内容について集中的に取り上げていただいた点。
オンライン。聞きやすい、見やすい、快適。安くつく。今後もこの形態を望みます。
オンラインでこんなに満足できると思いませんでした。
オンラインでの開催だったので、参加しやすかった、
オンラインで開催するのがなかなか大変だと思いますが、先生からやさしい対応をしていただいてありがとうございます。
オンラインで再確認と新たなテーマ（他ソフトとの統合）の内容があったこと。
オンラインで参加できたことがよかったです。
オンラインの良さが感じました。
オンライン開催でチャット機能を通じての質問に対してチューターの先生方や講師の先生方がすべて回答していただき、感動しました。
オンライン開催で良かったです。
オンライン開催のため、デスクトップPCで快適に操作できた
オンライン形式で多くの参加者が参加することができたことは大変有意義だと思いました。
オンライン形式の開催がとても良かった。
グループ解析の講義が分かりやすかったです。縦断解析もまだ研究として行っていませんが、今後今回の講義を参考に行っていきたいと思います。
ケーススタディーや統計解析の例などを使いながらの説明で大変分かりやすかったです。
コマンドの内容までしっかりと説明してくださったこと。
コマンド入力でプログラムを走らせるのはほぼ初めての経験でしたが，スッテプごとにコマンドの意味を丁寧に説明していただいたので，コマンドの意味の理解も進み，コマンド入力に抵抗が少なくなりました。
コメント(チャット)が講義の途中で取り扱われたことがとても良かった。
コメント欄で相談内容を共有しながらやれたのがよかったです。
サポートいただいてなんとかついていけれた。初心者だったが概要がわかってよかった。
じっくり確認しながら取り組むことができました
ズーム開催だったので、自宅で負担なく勉強することができました。
スクリプトの説明が多くわかりやすかった。
スクリプトもかなり実用的で勉強になりました。
スクリプト等を共有していただき，チュートリアルのあとも自分で復習することができるのはありがたいです。
ずっと知りたかったFreeSurferの使い方について学べた点が今回の大きな収穫だった。
すばらしいチュートリアルをありがとうございました。
スライドが見やすくわかりやすかったです。
ターミナルでの一括処理と3D slicer実習がよかったです
チートシートがあり、スムーズにコピペできたことで解析がスムーズでした。
チートシートが便利
チートシートによって一連の解析の流れが把握できること、スライド資料によって説明が加わっていること。
チートシートのコピペでトラブルが減りました。以前の受講でタイプミスエラーがあったこと、今回Mac Book Proにバーチャル環境を準備したところ、キーボードの設定が異なっていたためタイプするのが難しい状況だったため、とても助かりました。
チートシートの存在はありがたかったですし、スクリプトの意味を講義資料に記載してくださっていたので、理解しやすかったです。
チートシートはうれしいですね。
チャット
チャットでやりとりは記載が残っているので、作業に夢中で聞き逃してしまったところも振り返れたりするのが、よかったです。
チャットなどで気軽に質問や発言で来たところが良かった。
チャットの質問をこまめに拾ってくださったのでどんな質問でも気楽に投げかけられた点が良かったです。
チャットを介して質問することで、受講者の方の質問とそれに対する回答を聞けたことも勉強になりました。
チャット形式でその場で質問に答えていただけたこと、講義内容が資料に詳細に記載されていたことが良かったと思います。
とにかく解説が丁寧で、質問への回答も充実していて良かったです。
どの講師の方のレクチャーも大変わかりやすかったです。
どの先生方の説明も分かりやすかったです。
なぜそうするのかをきちんと説明してから実習というスタイルがとても良いと思います．
ネット開催であったことで移動せずに参加できることはとてもよかった。
ふとした疑問もチャットにて対応していただき、ああ1人ではないんだ！と感動しました。
フリーサーファーのグループ解析、縦断解析とまさにこれから取り組む解析をとりあげてくれてよかった。
プログラムが思った通りに動く爽快感があった点。
マスク作成やFreeSurferでのDTI解析はまさにほしかった情報でしたので、今後の研究に非常に役に立つと思いました。
マニュアルだけでなくビデオがあるととても復習しやすいと思います。
みなさん難しい内容を分かり易くお話ししていただき、大変有意義な講義だったと思います。
もともとてんかん外科の硬膜下電極留置後、電極位置をfreesurferで皮むきした３DBrainの上に配置するために用いていました。flsmaths, FLIRTなどほとんど意味もわからずコピーアンドペーストしていた内容について理解のとっかかりができ、大変勉強になりました。
ユーザーが手を動かして進めて行くスタイルは非常に良いと思いました。
わかりやくて、普段気にしてない部分ももう一度認識し直しました。
以前から知りたかった、FSとSPMの連携やDTI解析を学ぶことができた。
一通りFreeSurferを使った解析を学べたのがよかったです。
画像が美しかったので是非ともマスターしたいです。
基礎から実践まで幅広く知ることができた。
基本的なことから応用的なことまで網羅されていること。
凝縮した時間で学習ができたこと。
個人的にはWeb開催がいいです。
後日録画を拝見できると伺いまいたが、復習できること。
交通の便を考える必要がなく、また質問もしやすく、講師の先生型との距離はむしろ近くなった気がします。
講義がとても分かりやすく、質問にも丁寧に答えて下さったのが有難かったです。
講義の配布資料自体が充実したわかりやすいものであり、かつ、講義がそれに沿って丁寧に説明する形で進行され、理解がしやすかった。データ準備の工夫により、適宜工程をスキップし、実際にコードを実行する時間、量の配分が適切なものになっていたように感じた。
講師の先生方、チューターの先生方の事前準備が素晴らしいと感じました。また講師の先生が忙しい中にチューターの先生方がチャットで助けるのも素晴らしかったです。
講習会受講前はFreesuferでは，何行もコードを書かなければいけないのではないかと思っていましたが，コマンドが意外とシンプルなものが多いことに驚きました。
今回Lin4Neuroで事前に準備していただいたデータを使わせていただいたので大変スムーズに解析を進めることができましたが，実際に自分のデータで解析するとなるとディレクトリーの構成などが原因でエラーを頻発させてしまいそうでその点は少し心配です。
今回の講習会の録画を残していただいているというのはオンラインで実施するメリットの一つだと思います。
今回は申し込んだ人が全員参加できたとのことで素晴らしいと思います。"
今回講習会に参加させていただきありがとうございました。
根本先生のスクリプトを公開いただき、実際のデータセットへの適用が素早くできそうですし、linux関連の自動化のためのノウハウを知ることができたことは大変貴重でした。
根本先生の講義のテンポがとてもよくて引き込まれました。
根本先生の事前準備と当日説明がわかりやすかった。
根本先生は、効率化のための方法などを惜しげもなくシェアしてくださり、とてもありがたいと感じました。"
細かいところまで教えていただき感謝いたします。
細かく指導していただけてよかったです
参加しやすかった。分かりやすかった。
資料，説明，チャットでのサポートがどれも丁寧で，とても分かりやすかったです。
資料がわかりやすく準備がスムーズに進められよかったです。
資料が充実していて良かったです。
事前にマシンのセットアップが余裕を持ってできたところ、後日ビデオをみられたらぜひ復習したいです。
事前に資料を配布して頂いているために予習に取り組みやすい点が大変有難かったです。また、サポート体制の手厚さにも感謝するばかりです。
事前に予習資料を配布いただけたこと，たくさんの資料やスクリプトをご共有いただけたこと
次回の講習会も楽しみにしております。よろしくお願いいたします。
自宅で講義を受けられたこと
質問しやすい雰囲気を作っていただき、お聞きしたいことも聞くことができました。
実際に講師の先生方と同じように手を動かして解析できる様子がとてもよかったです。
実際に講師の操作画面をみながら受講できた
実際に手を動かせたので、この先活用しやすいと感じた。
実際の具体的な点（1行のみの場合はエラーが起こるので改行が必要等）、どこにも書いてないような点まで丁寧に大変親切に教えていただけたこと
実地に行かずにこれだけの充実した内容を受講できたのは良かったです。
受講者同士の質問も共有できたことと、文字として残ることがすごく良かったです。
初参加でしたが、気軽に質問でき即座にご回答いただけるのはとても良かったです。
初参加でしたが、事前準備から当日の講義・質疑応答まで、非常に丁寧で分かりやすく勉強になりました。
初心者でしたが、テキストやチートシートがあり、またターミナルを一緒に操作することで、脳画像解析を体感できて、とてもうれしかったです。
初心者でもついていきやすいように説明を追加して頂いた点など大変ありがたかったです。
初心者でも参加可能であった点。丁寧に教えていただいた点。
初歩から中級まで内容が充実していた
初歩的な内容から便利なスクリプトも用意されていてとてもよかった。
詳細を提示していただいたこと。
上田先生の講義で1つ１つのオプションの意味などテキストに書いてあることを丁寧に説明いただいてわかりやすかったです。
精神医学系では脳画像解析にFreesuferを使うことが多い印象でしたので，以前から一度勉強してみたいと思っていました。
折に触れてfreesurfer6と7のバージョンの違いも言及していただけたのがよかったです。
先生がどのように解析されているのかを自分のパソコンでも見れたので、途中でつまずいてもスムーズに対応できました。
全くの初心者でしたが、適宜初心者向けへの解説を入れていただいたため、比較的理解出来ました
全体を通じて、操作の説明がテキストにも丁寧に記載してあってついていきやすかったです。
全容がつかめたこと。
大変貴重なマニュアルをいただきましたので，まずは，ディレクトリの構成などを真似して自身のデータで解析をしてみたいと思います。
大変勉強になりました
大変勉強になりました。今後ともHPなど参考させていただくことがあるかと思いますが、どうぞよろしくお願い申し上げます。"
第一線で日々画像研究に携わっている先生方から直接講義を受け、質問できて、実践的な知識を得られた点が大変良かったと思います。
丁寧に説明されていた。
特にほかの先生方がQCをどのようにやっておられるのか見られたのが良かったのと、根本先生のスクリプティングがとても面白かったです。後でじっくり読ませて頂きます。
特に最後のFSLとの連携やスクリプト講座がためになりました。
独学でFreeSurferを勉強してきたものの、いまいちイメージがつかみにくい部分がありました。今回の講義を聞いてそういった点がいくつも解決され、先生方には感謝を申し上げたいです。
独学でのFreesurferの解析につまづいておりましたが，解決法を伺えて大変参考になりました．
内容は今までの現地開催と遜色なかったです。
内容は非常に詳細です。
脳波の周波数解析などに関してこのような素晴らしいセミナーがなく、上の先生からの口伝え、テキストを見ながら見様見真似でしており、このようなセミナーで包括的に勉強できる環境がある先生方が大変うらやましく感じました。
勉強になりました
毎回プラスαの情報を頂けて、ものすごく勉強になりました。
毎年このチュートリアルを続けていただきたいです。
無料でこれだけ充実した講義が受けられることに感動しました。
様々な受講者の方々と講師の先生方との議論がインタラクティブに成された点。
用意されたテキストやデータ類が非常に扱いやすく助かりました。

次回のチュートリアルに向けて改善できる点がありましたらご自由にお書き下さい。（抜粋）

3Dslicerのような作業メインの時は再確認する時間が欲しかったです
DTI、縦断、横断解析は未経験でついていけませんでした。
GUIの部分（QCの当たりなど）は直感的に分かりやすかったので、もう少し飛ばしても（その分他に時間を割いても）大丈夫だったかもしれません。
L4N上での3Dslicerの動きが鈍くなることがしばしばありました。
Macでのコピペの方法の説明を聞き逃してしまい，スクリプトをコピペでなく手打ちですることになって遅れがちになってしまいました．
Scriptの背景で走っていることの概要をお話いただけるとありがたいです。
Zoomでやったためというのもあるでしょうが時間配分が少し気になりました。
ありません
オリジナルスクリプトにとんでしまって、流れがわかりにくかった
オンラインの場合、長時間に及ぶと単純に目が疲れてきてしまうので、後半少し休憩時間を5分ほど伸ばしていただけると、うれしいです。
コピペの連続になってしまいがでしたので、山下先生のご講義のように数分間時間を取っていただき、自分たちで考えてスクリプトを入力するような時間があったらなお良いと思いました。あるいはそういう別の会があったらぜひ参加したいと思いました。
できるだけ時間内に
テンポが早いのでついていけない場合も多く、動画共有などで事後学習したいと思います
マウスのクリックや動きやkeyのアサインがvertual voxではmacと異なり少しとまどった。事前に練習や環境整備が必要と感じました。特にマウスによる画像を回したりスライスを変更したりする場合でした。
またzoomがよいです。移動もなくて楽です。
もう少しレベルを下げたセミナーも是非ご検討ください。
わたしが遅れてしまったのは，前夜までは問題なく起動していたVirtual Boxが当日なぜか開かなくなってしまっていたためです．その復旧方法を調べながらの受講でしたので，片手間で説明を聞くことになってしまいました．
一度部屋を退出してしまうと、過去のzoomのチャットログが見えなくなってしまうので、出欠確認やお知らせなどはどこか共有ページなど常に見えるところにあると、より楽なのかなと思いました。
画像解析は初心者です。受講中はついていくことに必死でしたが，振り返ってみると，FSLやSPMなど他のソフトウェアとの比較やそれぞれの特徴などが気になりました。
解析初心者にとっては、予習するときにテキストを見てもわからない部分が多くあったので、もし解析に関する初心者向けの予習情報があったら事前に教えていただけると、講義がよりスムーズに受けられるかもしれないと思いました。
解剖学的な内容も含め細かい背景知識まで学べると良かったかもしれません
快適に受講できました。
現地開催の場合は，チューターの先生方に，初歩的な質問も気軽にでき，とても親切に教えて頂くことができました．Webでも，もう少し気軽に質問できる環境だと嬉しいです．
講義主体のものもありましたが、内容を薄くしててでも実戦形式のほうが理解が深まるので良いと思います。
講習会の際に話題にあがっていましたが、この会のユーザー同士が困ったことを共有できるような環境があれば非常に良いと思いました。
今指定しているこのファイルは、どの処理によって生成されたものなのか、自分で調達したデータなのか・FreeSurferが提供しているものなのか、複数人の統合データなのか・個々人のデータなのか、などがわからないところが多々ありました。
根本先生に最初に見せていただいた2日間の全体像のスライドなどを、他の先生たちの講義の中でも共有いただくと、参加者自身が今何をやっているかがより明確になって理解が深まる気がしました。
根本先生の解析未経験者向けの説明が大変そうでした。
根本先生や上田先生には、テキストを1ページずつ順番に沿って進めていただき、またターミナルとチートシートとテキストが一つの画面を同時に見れるようにしていただいたので、とてもわかりやすかったです。他の先生も統一してそのようにしていただけると、講義についていきやすくて、より理解が深まると思いました。
最後に１〜２ページくらいのまとめ資料のようなお土産があればいいと思います．キーとなるスクリプトやファイル名，レファレンスやURLなどが書いてあって，のちのちレファレンスとして使えるようなものです．
撮影条件やピットフォールをもっと知りたい
参加希望をする全ての人が参加できるようにしてもらいたいです。
参加者が手を動かす作業のときは，時間の制約上難しいかもしれませんが，時々でも不具合が生じていないかを確認して進めていただけたら，わたしのように遅れがちな参加者にはありがたいです．
参加者レベル毎に少し内容を分離して開催してもらうと様々に良いと思います。
資料が多いので、dropboxにまとめて入れていただき、そこから閲覧する方法だと利用しやすいかと思います。
事前に時間を要する課題を用意してもらい、あらかじめ本格的に課題を実行してから取り組めてもいいのかなと思いました。
次回も受講したいです。
自分自身の予備知識が無いと痛感したので更なる研鑽が必要。
疾患例(神経疾患等)での解析時の留意点などをもう少し知りたいです．
質問の方かにもslackなどで、雑談できるようなスペースがあるといいなと思いました。
実際にプログラムを走らせる時間が無く、起こり得るエラーや時間がかかる体験ができませんでした。Webであれば初日と２日目の間に作業時間を取りやすいのかなと思いました。
実際に自分で扱ったことのない初心者には、今やっていることの意義が理解しずらかったので、初心者向けの講習も別で開催して頂けると嬉しいです。
実際の論文事例なども紹介頂けると助かります
手持ちのデータにどのように適用するのかという点まで教えていただけるととても助かります。
受講にあたっての必要事項の明示
受講者にbash script/sed/awkなどのスクリプトを書いてもらったり、解析時の効率的なディレクトリ管理（ひな形）、効率的なQCの方法、FS以外のソフトウェアの関数を組み合わせて解析するときのピットフォールのような、解析経験者向けの内容でも面白いように思いました
拾い上げた質問とそれへの解答のまとめがあると嬉しいです
十分に満足する内容でした。
初学者向けとそうでない方向けへの内容を分けても良いように思いました。
初心者、中級者、上級者などを別々に対象とした講習会があるとよいと思います。
初心者としては，目次だけではなくて毎回のテーマやどんな人に役立つかなどの概要（シラバス？）もあると，自分にあった内容なのか判断できて嬉しいです。
初心者の私にとっては難しかったです。
初心者の先生がチャット質問しづらいのでしたら、slackですと、#初心者とかチャンネル作れて良いかもしれません。
初心者過ぎて、解析中に直ぐにエラーが出てしまい、対処している間に研修が先に進んでしまいついて行けなくなる部分が多かったので、できるならば初心者専門の質問受付のチューターさんがいれば質問をし易いなと思いました。
初心者向け、中級者向けなどを実施してほしい。
初心者編、中級者編に分けて、1年に2回程度の開催にしてほしいです。初心者編は若手の先生方で講演するなど負担を減らしていただければと思います。かなり深い世界なので、線引きが必要かと感じました。
初日午後から突然難易度が上がった印象です。初心者にはなかなか難しかったと思います。
初歩的な質問は周りの方の目もあり、やはりしにくいです。
盛りだくさんの内容でとても充実していましたが、1講義ごとの休憩時間をもう少し長めに（10分~15分ほど）いただけると幸いです。
前回人数制限で受講できなかったので全員受講させていただけたのは本当に嬉しいです。
操作を少し遅くするといいですね。
対面可能になってもオンライン枠は残してもらえると良いように思いました。
中級以上の参加者の方とチューターの方とのやり取りで、理解が難しいところがありました。そのあたりをかみ砕いて解説いただけると良かったです。
超初心者と中級以上の方は分けて実施していただけると、お互いによいのではと思います。
長時間のオンライン企画であるため、途中退出、再入室の可否や、出席確認、アンケートのタイミング等が事前案内に含まれていると、より安心して受講できるのではと思いました。実際の受講状況を捉えるという目的があるのであれば、現在のやりかたで適切であるとは思います。
追いつけなかったことが多くありました。基礎的な内容を改めて勉強してきます。
途中でおっしゃるとおり，簡単な質問などは少ししにくかったかもしれません．
土曜に講習を受講できないことが多いのでそこが残念です。
土曜日の勤務がどうしても休めず参加できなかったことが大変心残りです。
特にありません。
特にありません。日程などを考えると密度の濃い内容でしたので。
特にございません。
特に思い付きません
特に思い浮かびません。
特に初日は、それぞれの要素についてはどの関数をどういうふうに使えばよいかが理解できましたが、その要素の全体的な位置づけが不明瞭だったのが初学者には辛かったです。
内容が充実しており、個々の講義については適切な時間であると思いましたが、全体としてはやや長時間に感じました。
難易度は先のアンケートに回答した通りちょうどよかったのですが，（質問がしづらかったということもあって）時々ついていけないことがございました．
非常にわかりやすいです。
臨床的に撮像されたMRIデータの解析法、VLSM、DTI、VBM、fMRI、EEG、PET、SPECTの解析方法実践などのようなチュートリアルも開催してほしい。

今回のチュートリアルでとりあげられなかった内容で今後とりあげて欲しい内容はありますか？（抜粋）

２日目に根本先生がされていたような、解析の流れにそったチュートリアルを、時間をかけてしていただけるとありがたいです。
3D slicerによるレジストレーションやROIの自動抽出
CONNのグラフ理論、ICA,PCAについて
CONNのバージョンがあがったので、改めてCONNの中での解析手法について学びたいです。グラフ理論も搭載されていますが、その解析精度はほかのソフトを用いる場合と比べてどうなのか、など、ご経験のある先生方からの実践的なご意見を伺ってみたいです。
DTIのもう少し突っ込んだ解析の仕方について
DTIを用いた2群間比較、相関解析
DWI（や機能画像）におけるTOPUP、Fieldmapについて。TOPUPには、独立して撮像したb0画像のペアを用いたほうがよいのか、DWIシーケンスの中のb0画像を抜き出して統合して用いるべきなのか、など。
Event relatedの場合の解析の詳細，PPI解析などについても踏み込んで勉強したいです。"
Field mapの効果的な使い方
FLIRT、FNIRTまではなんとなくでやっているのですが、その先の統計解析やマスクをかけてその領域内で行う解析など、やり方を知りたいです。
fMRI（task, resting共に）
fMRIの話ですが、FreesurferでReconstructionしたSurface上で解析する方法があると思います (相当にAdvancedと理解しておりますが、、)興味あるのですが中々挑戦できておらず、チュートリアルがあれば心強いです。
FreeSurferで計測したデータに対してRやpythonを使った解析
FreeSurferと他のソフトウェアとの比較、メリット、デメリットを教えていただけるとありがたいです。
FreeSurferのmanual editingをするかどうか、多数例の時に効率よくQCをするやり方があれば取り上げていただきたいです。
FreeSurferの縦断解析に関して、さらに詳しく説明していただきたかったです。
fslmathsが非常に使い勝手が良く、FSLで全ての解析を完結できればいいなと思っていますが、中々使えていませんので・・・。
fslmathを詳しく知りたくなりました
FSLに関して初歩からお願いしたいです
fslの概要から使い方
FSLの基本的な内容
FSLをみっちりやる会があれば、是非参加したいです。
FSLを用いてFDGPETやSPECTとMRIを重ね合わせたときの解析の仕方を取り上げていただきたいです。
FSでの混合モデルの実践など
FSのDTI解析として、TRACULAを扱いたいので、取り上げていただけるとありがたいです。
FS空間、MNI空間やLASなどが素人的には難しかったです。そのあたりのこともお聞きしたいです。
HCP atlasやBrainnetomeAtlasなどいろいろなatlas間の特徴や使い分けなど知りたい。
HCP-pipelineのチュートリアルがあるとありがたいです。
HCPパイプライン等の今後スタンダードになりそうなパイプラインについて知りたいです。
infant freesurferについて、実際の症例データはなくても、本家FSとの違いなど簡単に触れていただけると嬉しいです。
Matlabが必要になるので難しいかもしれませんが、Mixed Effect Modelでのやり方も学びたいです。
MNIだけでなく他のアトラスからのマスク作成についても、もう少し詳しく知りたいと思いました。
MRtrix3について
QCでマニュアル修正法ではなく、解析を行う上で、視覚的にどの程度が許容範囲かどうかなど判断するツール（ENIGMA QCなど）があれば教えて欲しいです。
QCとトラブルシューティングは脳画像の見方に習熟していないと難しい面もあると思います。講義の中で「これなら完璧にOK」「これくらいはギリギリOK」という実例を示して頂けると、自分で作業する際にある程度の目安ができていいかなと思いました。
rsfMRIの解析、特にconnの解析結果についてはまだ聞きたい点がありますので、開催していただきたいです。
rsfMRIの解析を教えていただければと希望しています。
SPM12でのTask-fMRIのネットワーク解析・縦断解析, rsfMRI, FSLでのDTIの縦断解析について教えていただきたいです。また、縦断変化において臨床指標と相関する部位を抽出する方法を知りたいです。
SPMの体積抽出について
TOPUP（eddy）後の画像をどのようにFreeSurferなどの解析と統合していくとよいのか。
TRACULAについて、簡単にできるのですが、活用方法がわかりません。FSLのトラクトで、seedなどをfreesurfer ROIから行う方法もとりあげていただけると良いと思います。
あまり需要はないかもしれませんが、脳血管の解析を取り上げてほしいです。
お手本にできる論文の紹介があればうれしいです。
ご負担が大きく無理だと思うのですが、未経験者向けに1つの研究プロジェクトを2日かけてグループ解析まで行うという形式の講習会があれば、経験者と切り分けられ、間口が広がると思いました（十数年前に受けた生理研のfMRI講習会がbox carとevent related designの実験データを1st level→2nd levelと解析するような形式でした）。FSだとrecon-allに時間がかかるのでSPMのようにはいかないと思うのですが・・・あと、おそらく未経験者にはやってみないとオリジナルスクリプトの重要性がわかりづらいようにも感じました。
ソフトの使い方のその先にある、統計的な解析手法や結果の解釈、実験デザイン等の考え方についてのチュートリアルがあれば、ぜひ受講したいです。
そろそろVBMをupdateしたチュートリアルをよろしくお願い致します。
ターミナルによる一括処理やファイル名の付け方のコツ"
タスクベースのfMRI実験も行っています。その解析も少し取り上げていただけると嬉しいです。
ただし、明確な判断基準が決まってないため、どこかに問題があるのかまたどこまで修正しないといけないのかこそ、初心者に対する一番重要なものだと思います。今回は主にこの修正方法に注目されていましたが、今後はこの判断基準などを教えていただければ助かります。"
データが小児の場合の解析など、スタンダード以外の手順についても知りたいです。
トラクトとrs-fMRIを使った縦断研究をする予定なので、fs MRIの解析について詳しく知りたいです。
トラブルシューティングに関して、複数例を試してみて一番迷ったのは判断とQCの基準でした。どうやって修正することはマニュアルに沿って練習すれば上手になれると思います。
とりあえずありません。まずは今回の内容を復習したいと思います。
なし。
ハードディスクの活用状況など環境整備の観点からもアドバイスいただきたい
プロジェクトの主旨から外れてしまうように思いますが，機能結合の解析に関心があります．
まだ自分自身わからないことだらけですのですが1月の講義も受講できればと思います。
一症例での解析など
画像解析としては，現状思いつきません。
画像解析に必要な数学の知識
器質以外に、脳活動を取り扱った解析なども取り上げていただきたいです。ROI解析など。
機械学習を用いた画像解析もできたらよろしくお願い致します。
現在脳腫瘍の患者さんを対象に研究をしていますので，もし私以外からの需要もありましたら，脳損傷のある脳画像の解析(MRIやfMRI)についてご教授いただけますと幸いです。例えば右前頭葉腫瘍摘出後の患者を対象に，左前頭葉のボリュームや安静時脳活動を検討することは可能でしょうか。
構造的結合性解析について
今回のチュートリアルについてではなくなってしまいますが、ICA・機会学習ベースのdenoisingについての講義があれば嬉しいです。論文化の際に求められることが多くなったように思いますし、例えばFIXなどは環境構築の段階でつまづくことが多いように思います。
今回のように超初心者にわかりやすく様々なことを教えていただけたらと思います。
根本先生のスクリプト作成について、より深く
混合効果モデルをもう少し掘り下げてほしいと思いました　fMRIやVBM解析でどのような応用がありうるか、とか
最近、ANTSを用いて解析もしております。このような新しいソフトも一部できれば共有していただければと考えております。
思いつきません。
次回予定されているDTIやfMRIもぜひ聞きたいので参加申し込みさせていただきます。
初心者のため基本的な内容をもう少し取り上げていただけると助かります。
初歩から安静時脳機能画像解析を学びたく、次回の開催を心待ちにしております。
小児の解析　形態変化のある疾患脳での解析
小脳の解析　SUITを用いた解析
前処理のQC方法。
他のソフトでの類似したコマンドとの比較一覧があれば便利だと思いました。
他のソフトとの連携について、具体的にどのような状況でこれらが必要かの説明ももう少しあったら良かったです。
特にありません。
特にございません．
特になし
日常の業務でで解析を行う場合のおすすめの解析環境の構築
脳卒中など病変がある方の前処理の方法
臨床寄りの活用方法
臨床的に撮像されたMRIデータの解析法、Voxel-based lesion symptom mapping, diffusion tensor imaging (FA値の解析等)、functional connectivity解析などをすべて初心者向けに実施してほしい。

その他、ご意見ありましたら自由にご記入下さい。（抜粋）

2日間、大変貴重な講義をありがとうございました。
2日間ありがとうございました。
2日間ありがとうございました。
2日間しゃべりっぱなしでお疲れ様です。
2日間密度の濃い内容をありがとうございました。
2日目の日曜日は、公認心理師試験日と重なっていたため参加が叶いませんでしたが、オンライン開催だからこそ柔軟に参加させていただくことができてよかったです。
abis-202012のディレクトリを移動させてから、チートシートに書いていないコマンドをターミナルに打ち込めた時に、自分の成長を感じました。
COVID-19が落ち着いたあとも、オンライン開催をなくさず、会場とオンラインのハイブリッド開催などご検討いただきたいです。
FeeSurferは今までaseg.mgzのROIを使うくらいしか使用できていなかったので、今回の講義は非常にためになりました。
FreeSurferはバージョンによって結果が全く異なるという話だったので，実際に使用するか迷いが生じました。
NIFTIデータを使って、recon all→その後のデータの確認、グループ解析、（横断解析）までの一連の流れをマニュアル化して、頂戴できないでしょうか？
SPMやFreeSurferやFSLなど、違うソフト同士での変換が知れてよかったです。
ありがとうございました
ありがとうございました。
ありがとうございました。引き続き、よろしくお願いします。
いつも多大な労力でご準備頂き感謝しております。
ウェブでの開催でも滞りなく、スムーズに受講できました。
オンラインでの開催と本チュートリアルは相性がいいと思いました。
このような会を開いていただきありがとうございます。
このように貴重な情報を提供していただけるチュートリアルが無料で受講できることは、さまざまな立場の研究者・医療者にとって大変ありがたいです。
この度は，このような貴重な機会を，未経験者にもご提供いただき心より感謝申し上げます．事前の準備のご説明から当日のご説明までご対応が非常に親切でした．
この度は大変貴重な機会をありがとうございました。関係者の皆様の親切さがとても伝わってきました。
スクリプトのライセンスが分かりません。公開するつもりはありませんし、自分なら参考にしながら一からpython等で書くと思いますが、例えば書き換えたり後輩に引き継ぐ等は可能なのでしょうか？
チュートリアル開催前から質問を募っておいて、それに答えるセッションがあってもいいかもしれません。
とても充実した講義に参加させていただき、感謝しています。ありがとうございました。
とても丁寧な講習会で感動いたしました。スタッフの方もありがとうございました。初めてのオンラインでの試みで、ご準備が大変だったかと思います。ありがとうございました。
とても分かりやすく、勉強になるチュートリアルだと思います。今後も継続していただけたらと思います。
とても勉強になりました。大変ありがとうございました。
トラブルシューティングの際にマニュアルで対応するという話でしたが，再現性の観点からすると，解析する人の裁量に委ねられることになると思うので，そもそも科学的な手法として妥当なのか疑問に感じました。スクリプトベースの方法で多少の誤差が生じたとしても，サンプルサイズが確保できるのであれば，そのような些細な誤差は捨象されるはずなので，直感的にはマニュアル操作を加えない方がよいと思いました。
また機会があれば参加させてください
また次回も参加させて頂ければ幸いです！"
遠方なので個人的には今後もZoom開催だとすごく便利です。
学ぶ機会を提供していただき、本当にありがとうございます。"
貴重な学びの機会を与えていただきありがとうございました。
貴重な機会を本当に有難うございました。明日からの研究に活かしていきたいです
貴重な講義をありがとうございました
貴重な場を提供していただき、感謝いたしております。少なからず参加者側の費用負担があってもいいのかなと思いました。
限られた時間の参加でしたがとても勉強になりました。
後日参加者限定で当日の録画を共有していだける旨をおっしゃっていたと思うのですが，そうしていただけますと，受講できなかった講義を受講したり，また受講したが完全にはついていけなかった前半の講義も再受講できますので，非常にありがたいです．
講義を復習できるよう、受講者限定で当日の動画を見れるようにして頂けますと、復習に役立つかと思いました。
講師、チューター、運営の先生方に深謝いたします。
講師の先生方、チューターの方々、運営の方々に深く感謝申し上げます。
講師の先生方が皆丁寧に教えて下さり、とても感謝しています。消化できない部分も多かったですが、これから勉強していきたいと思います。
講師やチュータの先生方は準備で大変なご苦労があったかと思います。ありがとうございました。
講習会にかかわった先生方、本当にありがとうございました。
今回の内容を十分復習して今後の画像研究に活かしていきたいと思います。
今回は大変な状況の中オンラインでチュートリアルを開催していただきありがとうございました。
今回も大変勉強になりました。もっとスクリプトを自分で工夫して書けるようになりたいという思いを強く持ちました。
今後もぜひよろしくお願いいたします。参加させていただきたいと思います。
今後も学びを深めていきたいと思います。よろしくお願いいたします。
根本先生が仰る通り、やや熟練者向けの内容だと感じました。それは自分自身の能力的問題でむしろ学習意欲につながりましたので、今後も受講を続けたいと思います。
根本先生の熱量には、毎回圧倒されます。今回も感動的なご講演をありがとうございました。
根本先生を初め講師の先生方のご尽力に感謝いたします。また参加させてください。
妻の機嫌が悪く、最後の質問コーナーまで参加できなかったのが残念です。
参加者に今回の講義の録画を配布くださるとのことでしたが、ぜひよろしくお願いいたします。復習したいと思います。
仕事の都合で一部しか参加できませんでしたが、オンライン開催だからこそ一部のみ参加できたと思っております。
次回1月を楽しみにしています
次回にも参加させていただけるとありがたいです。
次回もぜひ参加させていただきたいです！
自分なりに覚えたいので復習したいと思います。
自分のデータで行いまた質問させてもらいます。
自分の理解不足でわからないながら、大まかな概要に触れられ良かったです
自分は画像研究というよりもEEGソース推定が専門なので、特殊な立場からの回答となっています。自分にとって役に立たない所も他の人には役に立ったのではないかと思います。"
質問できる程度までに腕を磨いて次回も参加したいです。
縦断解析のニーズは非常に高いと思います。第9回でもぜひ取り上げていただければと思います。特にtaskのSPM12についてお願いします。
初心者でありところどころわからないところありましたがまずは今回のスライド、講義を見返してじっくり勉強したいと思います。貴重な講義をありがとうございました。
初心者ですが，実際に作業をしながら学べて，とても勉強になりました。
初心者にはやや難しい内容だったが、全体的にとても丁寧に説明されていたと思う。
初心者の私には、内容が難しく、内容を半分も理解できませんでしたが、これから知識をつけ、皆さんのお話について行けるよう頑張りたいと思います。準備等、ありがとうございました。
少々ついて行くのが難しい講義もありましたが，大変勉強になりました．ありがとうございました．
申し訳ないので有料にしましょう
先生の思考過程も再現してもらって、大変貴重な体験でした。むしろそこの疑似体験が貴重に思いました。script作成など裏で大変な思いをされながら、準備されていたんでなと思います。
先生方が直接教える形ですが，チューター養成チュートリアルというのがもし可能で，たとえば主要拠点には養成されたチューターがいてそれぞれ拠点ごとに研究者を養成できるくらいになれば，もっと広まるかもしれない
多大な労力によるチュートリアル開催について、あらためて感謝いたします。
体系的に独習できる教材がない中、このような機会は大変有難く思っています。
大変お忙しい中準備から本番まで多大な時間をさいて開催してくださり、ありがとうございました。"
大変楽しめました、受講者の方のモチベーションも高くて良かったように思いました。
大変貴重な経験をさせていただきまして、ありがとうございました。
大変勉強になりました。
大変勉強になりました。根本先生をはじめスタッフの方は大変な労力を費やされたと思います。感謝します。
大変勉強になりました。次回も（すでに別の予定が入っていたのですがずらして）参加したいと思います。またよろしくお願いいたします。
超初心者でどうなることかと思っておりましたが、何とか表面的にはなるほどと思えました。
超初心者向け講義もしてほしい
長時間に渡りありがとうございました！
途中つまずいたところで、かなり焦りましたが、手厚くサポートしていただき終了後に完了することができました。ありがとうございました。
特にありません。
特になし
難しい内容をできるだけ分かりやすく説明しようとされているのがとても伝わってきました。先生方の御尽力に心から感謝いたします。
年に1,2回でいいので、初心者向けのレクチャーなどがあればうれしいです。
非常に勉強になりました。引き続きこのような活動を継続していただけたら幸いです。
不勉強で恐縮ですが，毎回内容が異なるのですね。次回もぜひ参加したいと思いました。
勉強になりました。ありがとうございました。
勉強会を開催して下さり、ありがとうございました。
本当にありがとうございました
本当に素晴らしい講義でした。２日間の講義、そのためのご準備、本当にありがとうございました。
本当に素晴らしく感動致しました。
本日はお忙しいなか、準備を含めてお時間とエフォートを割いていただき、大変ありがとうございます。
明日からの研究に直結することを学ぶことができました。
録画を公開して頂けるということですので、また復習させて頂きたいと思います。

【日　時】2020年12月19日（土）～20日（日）
【会　場】完全オンライン
【参　加】事前登録制（参加費無料、定員制のため受講できないことがあります）
【概　要】
●2020年12月19日（土）
08:30 Zoomオープン
09:00-09:10 開会
09:10-10:10 第1部(1): FreeSurferの概要/recon-all (筑波大・根本)
10:20-11:20 第1部(2): Freeview/ROI解析 (根本)
11:30-12:30 -- 昼食 --
12:30-13:30 第2部(1): Freeviewを用いたFreeSuferのトラブルシューティング (岩手医大・山下)
13:40-15:40 第2部(2): 3D Slicerを用いたFreeSuferのQC (山下)
15:50-16:50 第2部(3): 3D Slicerを用いたFreeSuferのトラブルシューティング (山下)
16:50-17:00 質疑応答
●2020年12月20日（日）
08:30 Zoomオープン
09:00-10:00 第3部(1): グループ解析(根本)
10:10-11:10 第3部(2): 縦断解析 (根本)
11:20-12:20 第3部(3): 線形混合モデル (川口)
12:30-13:30 -- 昼食 --
13:30-14:30 第4部(1): DTIでの実装 (慶応大学・上田)
14:40-15:40 第4部(2): FreeSurferの結果を他のソフトで使うための応用 (根本)
15:50-16:00 質疑応答
16:00 閉会