脳MRI解析チュートリアル | ABiS 拡散MRI解析支援拠点

MRI研究の裾野を広げていくことを目的に脳MRI解析チュートリアルを開催します。チュートリアルでは十分な解析手法を持たない国内各地の研究者を対象に、実際に脳MRI解析を体験してもらいながら実践的な脳MRI解析手法を実演、説明を行います。

2025年1月ABiS脳画像解析チュートリアル

2025年1月25日（土）～26日（日）、完全オンラインで「2025年1月ABiS脳画像解析チュートリアル」を開催致しました。
チュートリアルは盛況のうちに終了致しました。多数のご参加ありがとうございました。
研究職・医療職、大学院生、大学教員など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
放射線医学、神経内科学、精神医学、脳神経外科学など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
69%の受講者が脳画像解析は未経験または経験３年未満でした。
45～81%がちょうど良い難易度と回答しています。
77～90%が満足～やや満足と回答しています。
82～96%がちょうどよい長さと回答しています。
受講後アンケートでは98%がこれからの研究にとても役立つ、または役立つと回答しています。

今回のチュートリアルで良かった点をご自由にお書きください。（抜粋）

GLMのコントラスト-1が、脳画像解析に「特有」であるところ（黄色と青色の脳地図を別々に図示することが多い）に気がついたこと。
Linuxのコマンドの使い方を丁寧に教えていただき、理解できました。
macOSかつ初心者だったので、パソコンのセットアップがとても大変でした。問い合わせをいたしましたところ、びっくりするくらい丁寧に教えてくださいまして、無事にチュートリアルに参加することができました。ありがとうございました。
MRIcroGLの細かい説明や背景にある統計学について分かりやすく説明していただき、論文執筆の際に悩む点などを理解することができました。
PC画面を確認しながら受講できたのでよかった
Pubmbleで質問がしやすい点もよかったです。
Pumbleで気軽に質問をすることができたこと
Pumbleで疑問点について丁寧に教えて頂き、大変助かりました。
Pumbleで先生方に個別に細かいtrouble shootingに対応していただけるため、少々つまづいてもなんとかご講義についていけて嬉しかったです。
scripts are clear and easy to follow, server runs well
UNIXコマンドの気がついていなかったオプションをたくさん知れたこと。
かなり前に包括脳チュートリアルに参加させていただき、脳画像解析に触れていましたが、解析から数年間離れていました。非常に難しい内容のはずですが、根本先生を始めすべての先生方が非常に丁寧に嚙み砕いて教えていただき、理解が進みました。
このチュートリアルを無料で実施している意義を強く感じました。楽しく学習できました。ありがとうございました。
コマンドの基礎を学べたこと、画像の前処理について復習できたこと
コマンドの操作のほぼ初心者でしたが、1から解説していただき、とてもわかりやすかったです。
コマンドラインで操作しているところを、実際にGUIを使って示してくれて分かりやすかった点が分かりやすかったです。
コマンドラインの練習ができて大変勉強になりました。また統計の講義も脳画像解析に直接役立つ内容でとても身になりました。
コマンドラインや画像ソフトを触りながら学べたので、これからは自信を持ってソフトを使える
コマンドライン未経験でしたが、ついていくことができるように作っていただいていて助かりました
コマンド入力について入門がすごく自分のためになりました。今回学んだことを応用して自分の活動に常下られるように取り組みます。
コマンド入力の基礎が理解できた点が非常に勉強になりました。
これから脳画像解析をするにあたり、何を理解すべきかがよくわかりました。
これまでスクリプトは共同研究者に書いてもらっていましたが、その内容も少しずつ理解できそうでした。とてもよかったです。
シェルスクリプトについて非常にわかりやすく説明いただき、実際にどのような場面で使用するのか想像しながら練習できました。
しばらくの期間画像解析から離れていたので最も基本的なところから再度確認できました。
スクリプトに関して、普段の業務で使用していることもあり理解が深まりよかったです。
スクリプトの部分で、各項目の最後に使用例を紹介してくださったため、自分の研究のどのような場合に活用できそうかイメージしやすく思いました。
すべて
すべての内容の説明が丁寧でわかりやすかったです。
スライドがとても見易く、先生方の説明もとてもわかり易く、またこれまでの講習のアンケートで記載した学びたい内容についても取り上げてくださり、本当に楽しくあっという間に２日間の講習を受けることができました。
チートシートを利用してスムーズにコピペできました。
チャットで質問できる気楽な環境がありがたかったです。
チューターのヘルプが非常に助かりました
チューターの先生方がご丁寧で迅速な対応をしていただけた。
チューターの方がかなり迅速に、問題の解決策を教えてくれるので良かった。
チューターの方のフォローが迅速で素晴らしかったです。
テキストがわかりやすかった。
どのテーマも、目からうろこばかりです。独学で、出来る範囲ではないです。
どの講義もとても丁寧で分かりやすく、特にテキストに練習問題も入れてくださっていたので復習の際に自分で手を動かして学べて良かったです。
はじめは線形回帰モデルの数理解析の話がむずかしかったのですが、聞き直して各段に理解が深まったのがよかったです。
パンブルで講義中に質問でき、すぐに解消できるのも良かったです。
フォローの手厚さ
プログラミングの基本を学ぶ機会はほとんどないため、コマンドラインの説明を懇切丁寧にしていただいたのは大変感謝いたします。
プログラミングの素養は全くないのですが、研究でMNIのデータを使用したり、研究室のLINAX端末を使用したり、MATLABを使用した経験はあったので、初日に提示いただいた画像類も、本日のコマンド類も「見たことある」というところから入ることができました。
ほかの受講者がわからない点で重要な部分があれば、講師の先生が全体に共有してくれたところ。
わからないなりにも研究室で教えてもらった通りの作業をしていたというレベルだったのですが、各項目の意味をひとつひとつ丁寧に解説してくださり、あぁ、そういうことだったのかと思う箇所がたくさんありました。
わからない点をチューターの先生が適宜教えてくれたところ。
わからなかったり、遅れそうになった時もありましたが、Win版の次にMac版の解説があったので、大体似たような手順ということもあり、その時間に追いつくことができました。
わかりやすかった
わかりやすく一つ一つのプロセスを教えてもらえてよかった。
一から丁寧に解説していただけるので、毎年受講することで自分の理解度が少しずつ高まっていることが実感でき、嬉しいです。
一般線形モデルの理解は、素晴らしい内容でした。分かりやすく、理路整然とした説明でした。これを繰り返すことが、一般線形モデルの理解に、一番の近道と思います。
下準備を受講前にしてからzoomのリンクを教えていただけるしくみも大変良かったです。
下地先生の自分でコマンドを入力してくださいと言ってくださったのがとても良かったです。そして何回か同じ事（文面）をリピートしていただいたので聞き落としがなく講義についていけました。
下地先生パート：コピペではなく手打ちする機会をいただけたことでよい練習になりました。実践に活かしたいと思います。
仮想環境を提供していただいたことで、教えていただいたことを同じように作業することができ、とてもわかりやくかったです。
何日も遠隔地に出向いて受けるのではなく、オンラインで自宅・職場から受けられるのも大きな魅力です。
夏から米国留学予定で、それなのに全然脳画像解析の経験をつめていなかったので、触れる機会をいただけてとてもありがたかったです。
画像解析の経験は長いですが、きちんと系統立てて勉強したことがなくかなり我流でやってきました。コマンドなどは放射線技師に学ぶ機会が多かったです。今回やっと非常に丁寧な講義で画像解析の基礎の全体像がみえたように思います。
解析作業の細かいstepsをきめ細やかに教えていただけるだけでなく、各操作がなぜ必要なのかや、解析で実際何を計算しているのかまで解説してくださいますので、本当に感激します。
解析手法の具体的な準びや手順に興味を持っているが、より深く、実践的な勉強ができとても貴重か機会でした。本当に講師の皆様のご尽力に感謝いたします。
解説が行き届いている
改めてコマンドの使い方やDICOMヘッダーの見方、統計について学べて大変勉強になりました。
各講師の先生方、チューターの先生方に丁寧に教えて頂けた
環境がしっかり整えられていて、動作の再現性が担保されている点が良かったです。
企画自体がすごくいいです！
基礎から行ってくれるところ。
基礎から講義していただけて、疑問点にはチャットで回答いただけるのがよかったです。
基礎から丁寧に教えていただいたので良く理解できました。
基礎的なことから実習形式で進められたこと。pumbleで他の受講者の質問とその回答を共有できること。
基本操作についてしっかり学ぶことができました。これまでやってきたことの復習になった点、新たに知ることができた点など学びが大変多く、非常に良い機会となりました。
基本的な統計の考え方について理解が深まりました。
疑問点にすぐに回答が得られる点
久しぶりにコマンドを打ちました。何となく分かったような気になっていた点を改めて勉強でき、有意義でした。
休憩時間を設けてもらえたのは助かります。
去年に引き続きのせいか、スクリプトの理解が進んでようやくついていけるようになりました。
系統だって丁寧に教えて頂けましたので、我流の学習でうまく繋がらなかった事柄が繋がり、理解を深めることが出来ました。
講義と資料がとてもわかりやすくて大変勉強になりました。ありがとうございました。
講師の先生が楽しそうに話をされていてよかったです。
講師の先生とチューターの先生が連携して参加者のトラブルシューティングに当たってくださっていたのも、とてもよいと思います。
講師の方々の機材・回線トラブルで遅滞することもなく、非常に満足度の高い講義でした。ありがとうございました。
今回2回目でしたが，前回よりもわかりやすくなっていたのと，最近の動向も踏まえ教えていただけたのがよかった
今後の実際の画像解析についてのチュートリアルもとても楽しみです。
根本先生パート：BIDSにはまだ馴染みがないので、初歩的なところから丁寧に教えていただいたのがありがたかったです。
最小2乗法と偏微分〜pInvの関係に気がついたこと。
最新の情報というより、実践的なパートに多くの時間をさいていただいたことは有用だと思いました。
最新の脳画像解析の上方、例えばBIDSフォーマットやTFCEなどについて触れていただけた点です。
作業の効率化、自動化という観点はまったくなかったですが、それの重要性がよくわかりました。
昨年から脳画像解析を始めたのですが、手探り状態で行っておりとても苦労していました。今回のチュートリアルで、ターミナルでの入力から1から教えていただけるのはとてもありがたかったです。特にファイル名のソートやデータの扱い方などは自分でやっていた時に、全然うまくできなかった点なので、とても勉強になりました。
昨年に初めて受講して，今回が2回目です．この1年間，昨年の講義の復習も時折していたため，より理解できました．毎年受講することが重要なのだと思います．
昨年のブラッシュアップがよかったです
昨年度より画像解析を少しずつ行っております。昨年度受講の際には全くついていけませんでしたが、今回はスクリプトについて少しずつ理解できてきました。
参加させていただき有り難うございました。
参加するたびにコマンドの意味がわかってきて参加してよかったと思った
事前準備用の資料や、講義中のテキストもとても分かりやすく、無料で受けられるのが本当に信じられないくらいです。
時間配分がちょうど良く、1日ありましたが集中して受講することができました！
時間配分が適切化されていること。
自分で操作したことがない項目はすぐには理解できなかったので復習が必要ですが、わかりやすいテキストも提供いただき、先生方のご尽力に心から感謝申し上げます。
実際に手を動かした方が理解が深まるということがよくわかりました。
実際に手を動かしながら行えたので勉強になった。
実際に入力することでとても身に付き勉強になりました
実践部分の特にbashの部分では、基本的にほぼすべての部分で同じことを２回繰り返す工夫がされていたと思います。単純についていけていない人のためもあると思いましたが、ついていけている人の確認のうえでも非常に有用でした。
手順を追って説明していただいたこと
受講者の視点に合わせて講義を進めてくださった点。
初学者である私としては受講前は不安を感じていたのですが、講義内容の充実度に感動しました。
初学者でも割とついていける内容でした.
初学者でも抵抗なく勉強できる内容と難易度で良かったです。
初学者に向けて丁寧に説明いただき、非常にありがたかったです。
初心者がつまづくところも丁寧に説明していただけたので、スムーズについていけた
初心者だったが、作業部分はついていけたのは、導入での説明と最初はゆっくり進めてくださったからだと思います。
初心者での参加でしたが、スライドにも詳しい説明が書かれていてすごくわかりやすかったです。
初心者にもわかりやすく、講義・ハンズオンできる素晴らしいチュートリアルでした。
初心者の気持ちになってくれるところ。
初心者もついてこられるように丁寧に説明してくださりありがたかったです。
初心者を置いてけぼりにしないところ。
初心者参加です。下地先生のとにかくコマンドを打つことになれろ、筋肉を使えとの言葉に励まされました。何度も間違えたりしましたがひとつでも多くコマンドを覚えたいという気持ちになりました。ありがとうございます。
初歩的な質問に対しても、速やかに、大変丁寧にわかりやすくご回答いただけ、小さなつまずきを乗り越えて進めることができました。
上級者の方にも有益な内容を初心者でもわかるように、丁寧に説明していただいた点が本当に有り難かったです。
情報を知るだけなら、論文や書籍などで事足りることもありますが、実践はそうではありません。特にbashを使っての解析や研究自体の効率化につながる部分を扱っていただけたのは役に立ちました。
数学、統計はとても苦手意識がありますが、先生方の解説のおかげさまで、難しくても興味を持つことができます。
先生方の説明の仕方が大変わかりやすかったです。内容も基礎から応用まで含まれており，実践的な内容だったと思います。
川口先生の統計の話が間にあるのは、ずっと作業が続くと疲れてしまうこともあり、ちょうどよかったと思います。
川口先生パート：特にTFCEや並べ替え検定については他で教わる機会がなかったので、とても勉強になりました。
全員の先生の説明が非常に丁寧で、資料もわかりやすかったです。
他受講者の質問の中で重要な点があれば全体共有してくださったこと。
大学に戻り研究を続けていかなければいけない立場となり、研究室の先輩からいただいたスクリプトで必要な操作だけを行う段階から一つ抜け出さなければいけないと思っていたところだったので、この2日間の講義のおかげで、自分が作業していた内容の意味付け、解釈ができた箇所が多々あり、非常に有益でした。
大事と思われる基礎に力点を置いて，効率よく学べたと感じました．
単にコピペだけでは受動的になりすぎてしまった気がしましたが、2日目の講義ではコピペではなく、手でターミナルを打つことによって理解が深まったと思います。
知識が改めてアップデートされる。
聴くたびに理解が深くなり，自分での解析時に意味を考えて行うことができています。
適宜チューターの先生が質問に答えてくれたこと。
統計でクラスター解析から一連が疑問点含め説明いただけて良かったです。
統計についての内容がとても丁寧に教えていただけて、今まで理解できていなかった多重比較について理解できました。
統計の背景を基礎から教えていただいた点
統計分野について基礎から講義していただいてとても勉強になりました
内容がとても豊富で，大変濃い学習になりました
脳画像以外にも役立たず方法を学べたことがよかった
脳画像解析ではMRIcroGLやMango等を使用し、少しだけおこなったことはありましたが、今回のようにターミナルを使用し行なうことは初めてでした。今後脳画像解析を行っていく上で、ここまでの知識を蓄える必要があるという、ある種目標、指標を知ることができ、非常に有意義な講義となりました。ありがとうございました。
脳解析に必要な内容を重点的にわかり易く教えて頂き、感謝しております。
背景となる考え方を多く語っていただいたこと
比較的ゆっくりと丁寧に説明していただけた。
非常に丁寧に教えていただき、大変勉強になりました。
非常に丁寧に教えていただきありがとうございました。
普段からも脳画像解析をやっていたので，疑問に思うことがたくさんでてきたので，次回以降の講義が楽しみです．
複数回参加していますが、毎回何かしらのアップデートがある点が素晴らしいと思います。
本当にありがとうございました。
毎回ですが、説明がわかりやすく　手を動かしながらの実習なので理解しやすいと思います。
1/25の講義は基礎的な内容であったかと思いますが、復習になりとても理解が深まりました。
1/26の講義は知識が乏しく、やや理解が難しかったので、改めて復習したいと思います。
1コマの時間が短く集中して聞くことが出来ました。
1時間ほどで講義が区切られているので、集中しやすかった。
1日目の参加は、Lin4Neuroが起動できないトラブルのため参加できず残念でしたが、２日目より急遽Mac Apple siliconのセットアップを行い参加させていただきました。いずれも、セットアップ方法を丁寧にマニュアル化してくださり感謝いたします。初学者として、まだ脳画像の解析にどのように活かせるかの理解は不十分でしたが、いずれも手を動かしながら学ぶ受講スタイルで大変勉強となりました。
2回目の参加でようやくスピードについていけるようになった
2日目のみ、参加させていただきました。コマンドラインの仕組みを知ることが出来て、本当に勉強になりました。一般のサイトを読んでも理解できなかった内容も、下地先生の丁寧な講義のお陰でよく理解できました。

次回のチュートリアルに向けて改善できる点がありましたらご自由にお書き下さい。（抜粋）

CLIにどうしても慣れていないので、何が起こっているのかイメージが付きにくかった。同時並行でGUIの方に起こっている変化を示してもらえるとありがたかった。
FSLのGUIを含めた基本的な1st level ~ 2nd level analysisの流れを知りたい
macOSでエラーが起きても講義は進んでいくのでついていけない,追いつけなくなった点
mac環境にて参加しましたが、macを使用している参加者は一度つまづくとどうして走らないのか、コマンド入力作業に苦慮します。今回と同じようにチューターの先生方のサポートがあると大変助かります。
math calculation part could be slower
PDF化する方法を教えていただきましたが、下地先生や川口先生のパートのように根本先生のパートもボタン一つでダウンロードできるとより便利だったかもしれないです。
クラスター解析など、論文を読む上でどんな解析か理解するには良いかと思ったが、自分の実験でどれが最適な手法かどう考えたらいいのかわからなかった。
ございません。
コマンドラインの実習テンポが速過ぎて半分くらいは理解できないままでした。もう少しだけでいいのでゆっくり進めていただけたら助かります。
これからも続けてください
これほどのチュートリアルをこれまで知らずに過ごしてきたことが残念です。復習しながら、ぜひ来年も参加したいです。
シェルスクリプト入門では、事前に推薦する日本語教科書を教えてほしかった。
すぐに動画を公開いただけるとうれしいです
ターミナルに入力することなく、講師の方が説明しているだけの時は、その画面を全画面にして説明してくださるとさらに見やすくなると思います。
ターミナル実行でエラーが生じた際に解決するまでの間に講義が進行することで焦りを感じてしまいました。
ついていくので精一杯でしたので、少しゆっくりしていただけたらうれしいです。
とくにありません．
とくにありません。
ないです。満足です。
なし
パソコン操作に慣れていない私にとっては一つ一つがとても難しく講義に遅れてしまいました。
もっと詳しく時間をかけて知りたいなと思う反面、集中力や疲労も限界に達していて、バランスが難しいと感じました。
下地先生の講義は１から教えていただきとてもわかりやすかったですが、1/25の根本先生の講義でも内容が重なる部分が少しでてきていたので、2日続けて参加する場合は、最初の方はもう少し早くても理解が追いつけるかなと思いました。
下地先生の講義内容に関しては、時間が足りないように思えました。休日でもあり、限られた時間なので仕方ありませんが、もう少し長い尺があればよいかもしれないと思いました。
仮想マシンという概念がよくわからず、事前環境設定の「SSDに入れるべき項目」と、「Windows側にインストールすべき項目」があっているか不安だったので、手順のところで言及いただけるとありがたいです。
仮想マシンのTerminal画面が開いていて、HomeやBrainフォルダに到達する方法がわからなかったので、事前準備の段階ではtextbookにたどり着くことができませんでした。可能であればこれについても解説があるとよいと思いました。
画像解析もそうですが、プログラミング系はほとんど未経験で言語がわからず調べながら行ないました。事前学習よりも初学者なので、受講前におすすめの勉強動画や書籍などありましたら教えていただきたいです。
解析を回す上で、必須、応用などのタグをつけていただけると、良いかもと思いました。
解析方法が少し難しかったので、もう少しかみ砕いて説明していただけると嬉しいです
拡散画像解析においては、TBSSに加えてGBSSも取り上げて頂けると嬉しいです。
完成度が高すぎで、いま改善点が浮かびません。
貴重な講習会ありがとうございました。
休憩時間がもう少しあると、自分の中で講義の整理ができるのでありがたいです。
具体的にこのコマンドはこう使うというのが解説されていてありがたかったので、それがより多いとさらにいいと思います。
講義のZoomアドレスがPumbleのGeneral channel に掲載されているということが、直前までわからず、あせりました。
今やっているこの方法が、解析のどの部分につながるか、が事前にわかるとうれしいです。
参加者の予備知識を確認しつつ進めた方がよいのではないでしょうか。脳部位の名称や解析ソフトなど、それらの存在を知っている前提で進められたのが少しつらかったです。
思いつく改善点がありません。しっかり復習したいと思います。
私がまだ不慣れなことが要因ですが、ついていくのに精いっぱいでした。もう少し少しゆっくりしてくだされば大変助かります。
事前にPumbleで宿題は出してくださっていましたが、受講してようやくその重要性が理解できました。受講してから再受講したいと強く思うようになりました。それがいくらか軽減できるような受講の前処理のようなものがあるとよいのかと思いました。
事前学習と重複を避けて、合計の時間を短くして頂けると、受講しやすいと思いました。
時間的制約の面で可能であればですが、今回のチュートリアルでいうシェルスクリプトの実習のように、実習を行う際には、同じことを２回繰り返していただけるととりこぼしが少なく、また知識の定着の面でもありがたいと思います。
自分の力のなさを痛感しました。チュートリアル講義に参加可能なレベルまで追いつくようステップ講義があればいいなと思ってます。基礎の基礎です。ステップ講義を突破した者だけがチュートリアル講義の参加権がもらえるような...そんな仕組みがあればと思います。
自分は統計の部分について、もう少し詳しく聞きたかった（自分にとっては難しく、理解に時間が必要だった）ため、もう少し時間があるとよかったです。
質問する時間も講義が進みますので諦めたい気持ちになりました。自分が今何をやっているのかが分からない状況になるのです。
主なコマンドリストファイルがあると助かります。
手厚いサポートがあり、特に改善してもらいたい点はありません。
集中力が切れるため、休憩は短くしないでほしい
宿題とかあると習熟度が増すかもと思いました。
初学者かつ未経験である私にとっては「今、何をしていて、これができるとどのようにうれしいのか」という確認は多過ぎるくらいでも助かるなと感じました。
初心者向けの基礎的な内容をもう少しゆっくり勉強できる環境などもお教え願えませんでしょうか。
初歩的な部分で質問を繰り返してしまい、先生方にご迷惑をおかけしました。エラーが生じても一旦スルーして良い箇所（例えば今回ご準備いただいていたrescureのような）があれば、今後の講義では教えていただきたいです。
先生のマシンとはスペックが異なるため，計算中に先に話がどんどん進んでしまった
他のtutorialと比較して、講師の皆さまがすべてを丁寧に教えていただくため、初参加の同僚はだいぶお腹いっぱいのようでした。
統計の講義はもう少し具体例が中心だとありがたかったです。
統計の内容が難しくなかなか理解が及ばなかったので、活用例等挙げて具体的に説明いただけたらより分かりやすくなったかもしれないと思いました。
統計解析について、脳画像解析の結果の見方をより基礎的なところからご教授いただけますと幸いです。
統計解析の部分はかなり難易度が高いように思いました。permutation testのところはあまり追いつけませんでした。
統計学は比較的得意ですし、多重比較などもよく理解しているのですけど、今回の統計に関する講義は話されている内容がさっぱり頭に入ってきませんでした。
統計関連の講義が理解しきれない，結局どう対応すればよいかが見えないようなことが多い印象でした．
特にありません
特にありません。
特にありません。あえていうと、時間通りの進行でしょうか。
特にないです。
特になし
特に思い当たりません。

チュートリアルでとりあげられなかった内容で今後とりあげて欲しい内容はありますか？（抜粋）

ASL、脳血流シンチグラフィーの解析
could try doing some statistics by ourselves
FSLのGUIを含めた基本的な1st level ~ 2nd level analysisの流れを知りたい
FSLのProbabilistic Tractographyについて
fslやfslstatsのように、fslに特化してセミナーを開催してほしい。
HCP のミエリンマップの作成について
lead DBS取り上げていただけると嬉しいです
Pythonのモジュールが入っていないことのエラーメッセージへの対応。脳画像解析のコマンドそのものは通るのに、実際に作業させる途中でPythonのモジュールが入っていないとのエラーが出ることがあります。
SPM,RやMATLABなど、過去Abisのプロジェクトになっていない頃の講義をもう一度
SPMは25がリリースされたと聞いています。今後そちらの操作についてご教授いただけますと本当に幸いです。
TFCEについて触れられていましたが、発展形としてprobabilistic TFCEなどもあります。これらを使った際の結果の報告の仕方など、詳細部分を扱っていただきたいです。例えば、TFCEを行った後は、クラスターサイズ自体は報告するなと記載している元論文もあります。現実的にはTFCE後のデータでクラスターサイズを報告していた気がします。何が正しいか論文執筆時に役立つ部分を教えていただきたいです。
エラー対応
ございません。
コマンドラインの基礎について、最終的に時間に余裕があったので昨年度削ったところを教えてほしいです。
コマンドラインを学ぶとエクセルが要らなくなるとの話だったが、具体的にどのように活用できるか知りたかった。
そもそもLin4Neuroというのが何かという説明がなかったように思います。このソフトでなければ脳画像解析はできないということでしょうか？（そうではないだろうとは思いますが）
とくにありません．
どのような場合にマスク画像の使用を検討したらよいか実践例を学びたいです。
なし
何が必要なのか分かっていない段階なので、今のところそういう要望はありません。
課題に関連した結合性の解析（CONNを用いて２つの課題における機能的結合を比較するなど）も今後とりあげていただけると嬉しいです。
画像ファイルを管理していく上でBIDSが良いのだろうなと思いますが、今のところでは少し手間に感じてしまいます。今後有用性等の状況に変化がありましたらご教授頂けますと幸いです。
解析方法等、実施に自身のデータに適用していく際に、さらにどのような支援を受講することが可能なのか、費用について、公費か私費も可能かなども、具体的ご教授いただけるとありがたいです。
拡散画像解析においては、TBSSに加えてGBSSも取り上げて頂けると嬉しいです。
確率場理論のあたりをもう少し掘り下げていただくことは可能でしょうか。
機械学習や深層学習について
個人の脳画像を標準脳へ配置する方法など。
構造的なconnectome解析
講師の皆さんが実際に使用している、生成AIのプロンプト集などの紹介があれば非常に興味深いです。
今は考えられません。
今回の内容でとても勉強になりました。
今回の内容で十分です
今回受講中、コマンドライン処理をした結果、画像的にはどうなっているのか興味がありましたが、次回のご講義でお聞きできそうですので楽しみにしています！
思っていた内容を網羅的に説明してくださったので、満足です
次回の内容になると思いますが、実際の画像解析です。
実際に電子カルテから画像データを取ってきて、どんな状態のデータセットとしてファイリング（管理）していくことが推奨されるのか、など。
実際の画像データを各種脳画像解析ソフトで解析する手順などを学んでみたいです。
実際の文献の内容・方法などについて解説していただけると，自分の研究での応用によりつながるかと思います。
受講できた範囲では、特に思い当たりません。
初心者が論文を書く時のピットフォールなどを教えていただきたい。
初心者のため，何が不足しているかが判断できません．
前臨床サンプルの処理の仕方(BIDS形式にした方がよいのか、手順に違いがあるのか等)に言及いただけると個人的にはより有意義だったと思います。
全てが網羅された研修と感じています。
統計に関しては、実験を設計する前のサンプルサイズ設計の部分を教えていただけると大変ありがたいです。MRIを使った研究では、似たような研究などを参考にNを決めることが少なくないと思います。これについてどう対処すべきか現実的な部分を扱っていただきたいです。
統計系に関してもう少し初歩のテキストがあると嬉しい
特にありません
特にありません。
特にございません。
特になし
臨床医が、必要なDICOMデータを取得するときのデータの構成やルール、必要な放射線科の先生方との連携の仕方、データセキュリティのルールなどが具体的に知りたいです。
3年ほど前から毎年参加しているのですが，シェルスクリプトとは別にPython入門の講義があった年があったかと思います。文法などまだまだ初心者のため，あらためてPythonについて系統的に学ぶ機会があるととても嬉しいです

その他、ご意見ありましたら自由にご記入下さい（抜粋）

DICOM, NIFTI,BIDSのあたりで実際に手を動かすところは、もう少し時間が欲しかったです。
DICOMをBIDSに変換しようとする際、チュートリアルでは指示に従えば出来るのですが、自分のPCでやろうとすると何をどうすればいいか分からなくなってしまいます。
Lin4Neuroに仮想デスクトップがあるのは知っていますが、物理的に二つの画面に出力できるようになったらいいなと思います。
ありがとうございました。
ありがとうございました。rs-fMRIを楽しみにしてます。
ありがとうございます。すばらしかったです。
いずれの講義も大変わかりやすく、またGUIでの説明も加わり行っている操作のイメージが掴みやすかったです。
いつもありがとうございます。
いつもありがとうございます。次もよろしくお願いします。
オンデマンド配信があると大変ありがたいです。
お休みの日に先生方の貴重なお時間をいただきましたことにも厚く御礼申し上げます。
お忙しい中、非常に充実した講義をして頂き感謝申し上げます。
お忙しい中非常に詳しいご講義と資料をご準備くださりありがとうございました。
かなりの量の資料をご提供いただき、わかりやすい講義をしていただき、どうもありがとうございました。
このような機会をいただき、本当に感謝申し上げます。本当にありがとうございました。
このような内容を学ぶことは他の研修会ではないので、非常にありがたいです。
このような有意義な活動を毎年受けられることに感動しております。
これほどの充実した内容を無料でご提供くださること、先生方のご尽力に重ねてお礼申し上げます。
ずいぶん以前からこのチュートリアルは開催されていたようですが、恥ずかしながら今年まで存じませんでした。私は直接ABiSに研究の相談をしたので、チュートリアルについて教えていただいたのですが、もっと以前から参加しておけばよかったと思います。
チューターの先生方の誠意と熱意が伝わってきます。毎年ありがとうございます。
チューターの先生方もフォローしていただきありがとうございます。他の参加者の方々との質疑応答の様子も大変勉強になります。
チュートリアル受講の機会を提供ください本当にありがとうございました
とても貴重な内容をわかり易く、私を含め多くの方に講義いただき本当に感謝しております。
とても勉強になりました。来月もどうぞよろしくお願いします。
とても有意義な講義で非常に勉強になりました。
パイプラインや条件分岐をやや難しい、と回答しましたが、講義は大変わかりやすく、理解することができました。
マウス等を使用した、動物の脳MRIのやり方についての会もあるといいかなと思いました。
まずは、どういった作業が必要なのかなど概要だけでも捉えることが出来ました。
意見ではなく感想ですが、食わず嫌いの分野でしたが、参加してみると大変面白かったです。
一般線形モデルやクラスターについて、理解に自信がないため何度も復習して2月についていけるようにがんばりたいです。
引き続き宜しくお願いいたします。
下地先生のスクリプトの授業を一番最初にやっていただき、スクリプトの意味を多少なりともわかった状態で、根本先生の授業を受けた方が、初心者にとっては理解がしやすいのではないかと思いました。
何度も参加させていただいておりますが、毎回新しい発見があってとても楽しいです。
画像系の各種学会などでご紹介していただいていましたでしょうか。
解析を重ねて慣れていけるように努力したいと思います。
拡散画像解析においては、TBSSに加えてGBSSも取り上げて頂けると嬉しいです。
貴重な研修をありがとうございました。このような研修が無料で受講できることをありがたく感じております。
休憩時間を頻回に設けていただいたのは助かります
講義いただいた内容を失敗しても良いので自分の手を動かして実践して見ます！
講義当日のみならず事前の準備等に至るまで、先生方やスタッフの皆様には多大なるご尽力をいただきまして深く感謝申し上げます。
講師の先生方におかれましては資料の準備等本当に大変だとお察しいたします。いつもワクワクする講義をありがとうございます。
高度な内容を優しく丁寧に教えて下さいますことに心より感謝申し上げます。
今回も大変勉強になりました。素晴らしい機会を準備してくださり、ありがとうございました。
今後ともよろしくお願い致します。
今後のチュートリアルも楽しみにしております。どうぞよろしくお願い申し上げます。
今後も過去に複数回受講者についても、受講の継続をお認めくださると幸いです。
根本先生が担当された「一般線形モデルの理解」の講義について、参考にされた書籍等はございますでしょうか。非常にわかりやすかったです。
根本先生のGLM講義は非常に参考になりました。行列の式変形あたりは手書きでやってもらえると授業を受けている感じがして楽しくなると思います。
昨年より理解を深めることができ、２月以降に向けても予習をしてついていけるように頑張りたいと思いました。
参加させていただき有り難うございました。スタッフの方々に感謝いたします。
次回もどうぞよろしくお願い申し上げます．
次回もよろしくお願いいたします。
次回もよろしくお願いします。ありがとうございました。
初めての受講で緊張しましたが、講師の皆さまをはじめチューターの先生方のフォローが手厚く感激しました。
初参加でしたが、来年以降も継続的に参加させていただきたいと感じました。
所属している組織で撮像したMRIデータをどのようにBIDS形式にすればよいか迷っていたので参考になりました。
是非2月、3月も受講させていただきたいと考えております。よろしくお願い申し上げます。
是非アーカイブ化していただきたいです。
積極的に質問などが出来るレベルまでもう少し勉強が必要であると感じました。
先生方お忙しい中素晴しい講義をありがとうございます！大変勉強になりました。
全ての講義を受講できなかったことや、受講できた講義も途中でついて行けなくなってしまったことがあり、後日オンデマンドで配信頂きたく存じます。
全体的に分からなかった所が理解でき、とても良い講義でした。復習をして理解を深めたいと思います。有難うございました。
大変勉強になり、次の研究の意欲もわきました。本当にありがとうございました。次回もよろしくお願いいたします。
大変勉強になりました。
大変勉強になりました。ありがとうございました。
非常に系統立った内容で初心者でも理解しやすく、関係者の方の努力は大変なものだと想像されますが、このような内容が無料で受講できるのは大変ありがたいと感じます。
非常に有意義な時間でした。来月もどうぞよろしくお願いします。
必ず今後の過程において必要な能力となると思います。
本当にありがとうございました。
本当にお疲れ様です。
本当に丁寧に分かりやすく解説していただき有難うございました。Pumbleを通した質疑応答の共有も大変有意義でした。
毎回膨大な準備とご丁寧な講義・サポートをありがとうございます。2月，3月も受講できるのを楽しみにしております
毎年、講習会を開いていただきありがとうございます。大変助かっています。今後ともよろしくお願いします。
無料でこのような格式高いセミナーに参加させて頂き誠に感謝いたします。
無料での研修会とは想像もできない内容で、大変感謝しております。2月の研修会でも何卒よろしくお願いいたします。
来月以降もどうぞよろしくお願いします。
来年は米国から参加させていただけましたらと思います。引き続きご指導のほど何卒よろしくお願い申し上げます。
理解ができなかった箇所もありましたが、そういう時間も、なんだか楽しそうなことが行われているに違いないと思い、復習や自習で理解を深めたいと思いました。ありがとうございました。
10年くらい前にも受講したのですが、その際は何が起こっているのかさっぱりわからずかろうじて作業にはついていっているという状況でした。それが今回は幾分理解できるようになった感があります。先生方が受講環境を整えてくださったことに尽きるのかと思います。大変かつ緻密な作業、本当にありがとうございました。
2月の講義にどう繋がっていくかを楽しみにしております．ありがとうございました．
2日間ありがとうございました。とても実りのある時間でした。
2日間ありがとうございました。勉強になりました。
2日間本当にありがとうございました。毎回、スクリプトに苦労しているのでこのような講習があり大変助かります。

2025年1月ABiS脳画像解析チュートリアル

【日　時】 2025年1月25日（土）、1月26日（日）
【会　場】完全オンライン（Zoom、Pumble）
【参　加】事前登録制（参加費無料、PC環境が準備できない場合は受講できないことがあります）
【概　要】
2025年1月25日（土）：脳画像解析入門
08:30 Zoomオープン
09:00 開会
09:10-10:10 脳画像ビューワー（根本清貴・筑波大学）
10:20-11:20 DICOM画像（根本清貴・筑波大学）
11:30-12:00 統計の基礎（川口淳・佐賀大学）
12:00-13:00 昼食
13:00-13:30 多重比較補正（川口淳・佐賀大学）
13:40-14:40 DICOM画像からNIFTI画像への変換（根本清貴・筑波大学）
14:50-15:50 BIDS（根本清貴・筑波大学）
16:00-17:00 一般線形モデル（根本清貴・筑波大学）

2025年1月26日（日）：脳画像解析のためのスクリプト入門
08:30 Zoomオープン
09:00 開会
09:10-10:10 脳画像解析のためのシェルスクリプト入門（下地啓五・順天堂大学）
10:20-11:20 脳画像解析のためのテキスト操作：解析結果の加工（下地啓五・順天堂大学）
11:30-12:00 クラスター解析（川口淳・佐賀大学）
12:00-13:00 昼食
13:00-13:30 並べ替え検定（川口淳・佐賀大学）
13:40-14:40 脳画像解析のためのテキスト操作：解析結果の出力（下地啓五・順天堂大学）
14:50-15:50 脳画像解析のためのパイプラインを活用したコマンド連携（下地啓五・順天堂大学）
16:00-17:00 条件分岐とループによる脳画像解析のフロー制御（下地啓五・順天堂大学）