DLiPとは
DLiP(Database of Chemical Library for Protein-Protein Interaction):タンパク質相互作用のための化学ライブラリーデータベース
DLiPは、PPIを阻害する低分子・中分子化合物を調べるためのデータベースです。PPIをターゲットとする化合物ライブラリー情報と、公共データベースから集積された既知のPPI阻害剤情報が含まれています。したがって、PPIを対象とした様々な創薬研究で候補分子を検索する際に有用です。
主な機能
1)PPIライブラリー検索
ユーザーは、PPIを阻害するように設計された15,000個以上の新しく合成された化合物を検索することができます。キーワードによる検索、構造の類似性、化合物を見つけるための化学描画など、いくつかの検索オプションがあります。PPIライブラリー化合物は、ケモインフォマティクス研究で広く使用されているRDKit、CDK及びMordredなどのいくつかのツールによる記述子計算を行いました。ユーザーは、分子特徴、化学構造、PPI界面(インターフェース)およびターゲット名などから、各化合物の情報を見つけることができます。
PPIライブラリー化合物検索の高度なPPI検索として、
-物理化学的特徴による検索(Physicochemical properties)
-ドラッグライクネス検索(Druglikeness)
2)PPIキュレーション検索
ユーザーは、公共データベースから収集された10,000を超える既知のPPI関連化合物を検索できます。これらの化合物データは、PPIターゲットおよびPPIに対する活性=アクティビティ(活性なしも含む)の情報にリンクされています。キーワード、化学構造、および既知のPPIターゲットのリストから検索する機能があります。
開発者
このデータベースは、慶應義塾大学、ペプチドリーム株式会社、医薬基盤・健康・栄養研究所の共同で開発されました。
謝辞:
この研究プロジェクトは国立研究開発法人 日本医療研究開発機構(Japan Agency for Medical Reserch and Development: AMED)によって支援されました。
最終更新日:2020年3月31日