ABiS 拡散MRI解析支援拠点

第3回　ABiS脳画像解析チュートリアル

2018年1月20日（土）〜21日（日）に、東京大学主催、順天堂大学・生理学研究所・ABiS共催で「第3回ABiS脳画像解析チュートリアル」を開催致しました。チュートリアルは盛況のうちに終了致しました。多数のご参加ありがとうございました。

   

   

   

   

   

 大学院生、研究職・医療職、大学教員など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
神経科学、精神医学、放射線医学、神経内科学など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
 半分以上の受講者が画像解析の経験が３年未満でした。
 半分以上の受講者が今回が初めての受講でした。
 37〜74%がちょうど良い難易度と回答しています。
 48〜90%が満足〜やや満足と回答しています。
 52〜87%がちょうどよい長さと回答しています。

 今回のチュートリアルで良かった点をご自由にお書きください。（抜粋）

1. 「脳画像解析のためのスクリプト作成入門」は大変素晴らしい講義でした。
2. CONN, FSLともに最初から最後までの一連の解析の流れを学習できたこと。
3. CONNについて実践できたことは非常に勉強になりました。
4. CONNについて優しく解説して頂けてよかったです
5. CONNについて流れが分かったこと
6. CONNのグループ解析について，全体像をつかむことができました．
7. CONNの解析を一通り学ぶことができ、今後の画像解析にすぐに使えそうな内容だったので、ためになった。
8. CONNの解析方法が理解できた。
9. CONNの機能と説明が充実していて大変有用だったと思います。
10. CONNの使い方について理解できてよかった。
11. CONNの使い方を詳しく聴講できて有益だった。
12. CONNの使い方を知れた点
13. DTI解析の基礎から説明してもらえて良かった。
14. FSL、CONNの違いがわかって、よかったです。
15. fsleyes
16. FSLに触れて、どんなものかが分かって非常に良かった。
17. FSLの利点と欠点、spmの利点と欠点、それぞれ説明して頂けた点
18. GLM,スクリプト処理（並列、一般化）の工程を明らかにして頂き、スクリプトに親近感を持てるようになりました。
19. GLM解析のところで繰り返しのあるT検定などの統計解析手法を教えていただき非常にありがたかった
20. Linax初心者でしたが、丁寧に文法の解説をいただき理解が進みました。
21. LINUX OSの使い方から説明していただいたのが良かった。
22. Linuxやスクリプトなどの講義があったことが良かったです。
23. non_fa_tbss
24. resting fMRI の講義は、基本的事項を簡潔明瞭で理解が深まりました。
25. Resting-stateの最近の処理方法がわかったのも良かった。
26. RsfMRI，task fMRIのいずれも大変丁寧な説明で勉強になりました．
27. rsfMRIに関わる重要論文をご紹介いただき、参考になりました。
28. rsfMRIのデータ取得方法について具体的に知ることができました。
29. rsfMRIは扱ったことがなかったので、大変勉強になりました。
30. sed, pasteで文字列を組み合わせてメタプログラミングのような事をやる発想は私には無く、大変勉強になりました。
31. task fMRI の有意差検定の方法が、ある程度、理解できました。
32. TBSSのチュートリアルを久しぶりに受講させて頂いて大変勉強になりました。
33. TBSSの基本についてとてもわかりやすかった。
34. TBSSの使い方が非常によく分かりました。
35. TBSSの実際を、FSL　のmanual に準拠して、これ程までに簡潔、明瞭に提示して頂きまして感謝しています。
36. TBSS解析の具体例を知ることができた
37. ありがとうございました。
38. ありがとうございました。
39. お忙しいところ、準備や当日のレクチャーに時間や労力を割いていただいて、本当にありがとうございます。
40. かなり詳細にわかり実践できそう。
41. コントラスト設定とデザインの確認方法を教えていただき勉強になりました。
42. ご準備くださった先生方に深く感謝申し上げます。
43. サイド画面を別の方が操作しながら進める方法も良かったです．
44. スクリプトのすごさを実感できました。
45. スクリプトの作成は自分で処理する為に大変有難いです。
46. スクリプトの内容が大変役に立ちました。
47. スクリプトは、もう少し速いテンポで深いとうれしいです
48. スクリプトも学べた
49. スクリプトをご用意いただいてコピペする形式だったので、操作の内容を理解しながら進めました
50. スクリプトを配布していただき大変助かりました。
51. スクリプト作成の仕方や見方を丁寧に説明してくださり、勉強になりました。
52. スクリプト作成の方法について詳しく説明してくれたのが良かった。
53. スクリプト作成は難しかったが、スクリプト内容を見本に今後の解析時に使っていきたいと思います。
54. スクリプト作成入門が「入門」レベルならば、応用編はどんな高度なスクリプトを作成するのか見当がつきません。
55. スクリプト初心者でもわかりやすいように非常に丁寧に教えていただきとてもありがたかったです。
56. タスクfMRIの件は、生理研トレーニングコースで行う方がよいと思いました。
57. データ取得からCONNでの解析まで一連の流れ・全体像が把握できて初学者にとっても大変勉強になりました。
58. データ取得方法の講習にもっと時間をとってもよかったと思います。
59. どういうものかわからなかったので知ることが出来て良かった。
60. とても分かりやすかったです。
61. とても勉強になりました。
62. マニュアル配布システムや、アプリインストールの手順など、事前準備の案内が親切丁寧でした。
63. やりかたを丁寧におしえていただけた
64. リナックスが初心者であっても理解できるような工夫がなされていてよかった。
65. 一部だけコピペするなど試行錯誤する時間を持てました。
66. 過去の復習もできながらアップデートの内容もあり、よかったです。
67. 解説も詳しくてわかりやすかった。
68. 感謝しかないです。
69. 基礎からスクリプトの書き方を教えていただけたのは勉強になりました。
70. 基礎から学べた
71. 休憩もはさみながら快適に取り組むことができた。
72. 休憩をところどころ取っていただき，ありがたかったです．
73. 休憩時間にも質問や細かいトラブルシューティングに対応してくださり，助かりました．
74. 講義、操作について詳細に資料をいただき、そちらにメモしながら受講することで後から自前のデータを用いても講義を思い出しながら操作できそうだと感じました。
75. 講義で配布して頂きました資料が秀逸で、これのPDFを配布して頂けましたら、嬉しいです。
76. 今までtaskの研究しかしておらず大変勉強になった。
77. 今回から講師が変更されたとのことでしたが，講義のスピードも程よく，説明も大変丁寧で分かりやすかったです．
78. 最後のスクリプトの作成の講義は、詳細に記載されており大変分かりやすかった。
79. 資料が丁寧。
80. 資料が非常に丁寧で、復習の際にきわめて有用だった。
81. 資料が分かりやすい
82. 事前の質問や希望が反映された広義無い世になっていたこと。
83. 事前準備ができる形になっていたこと。
84. 自分で学習していて気づかなかった知識の穴を、包括的な講義で埋めることができた点。
85. 質問にも丁寧にお答えいただき，誠にありがとうございました．
86. 質問にも丁寧にお答えいただきありがとうございました．
87. 実際に自身で解析する際に有用なスクリプト例をいただき、今後の研究に大いに役立てていけると感じました。
88. 実際に手を動かす機会が多くて良かったです。
89. 実際のレクチャーも100ページ余の内容にも関わらず丁寧に進めて頂き感謝しております。
90. 実際の解析の流れを掴むことが出来たとともに、自身の解析のどこが悪かったのかわかりました
91. 準備や当日の講演に多大な労力と時間を割いていただき、本当にありがとうございます。
92. 初めての経験で勉強になった。実際のテンソル解析に向けて準備をしていきたい。
93. 初学でしが、丁寧に解説をして頂いて基本が理解できました。
94. 初級〜中級まで盛り沢山の内容に感謝しております
95. 初心者にもわかるように説明したいただいたので助かりました。
96. 上田先生の説明は非常に丁寧で非常に分かりやすかったです。ありがとうございました。
97. 多重比較統計解析の手法の説明を受けられたのが良かった。
98. 大変勉強になりました。
99. 丁寧でありわかりやすい
100. 長時間お疲れ様でした．
101. 長時間の講義にもかかわらず，非常にわかりやすかったです
102. 八幡先生の講義では、CONNのUIの使い方だけではなく、行われる処理にどのような意味があるのか、現在の水準ではこのようなところまで求められるという事まで解説していただき、大変勉強になりました。
103. 非常に勉強になりました。
104. 普段使用しないソフトの使い方を学ぶことができた。
105. 平易について行けるように工夫があり理解しやすかった
106. 本当にありがとうございました。
107. 予定通りに進んだのが素晴らしい。
108. 余りにも初歩的な質問にも、親切に対応して頂き感謝しております。

 次回のチュートリアルに向けて改善できる点がありましたらご自由にお書き下さい。（抜粋）

1. １週間コースなどで、みっちりやるコースがあってもよいと思いました。
2. 2daysにするか(連日でなくてもよい)、レベル毎に講座を分けても良いかもしれません。
3. CONNの説明と実習をもっと時間を割いて教えていただきたかった。
4. fMRIだけで2日掛けられる内容だと思いました。
5. GLMはモデル作成のみで、実際の結果表示が出来なかったのが残念でした。
6. Linax入門の講義を初日のFSL MELODIC講習の前に受けたかったです。
7. MELODICについてはもう少し時間をかけて教えていただけると助かります。
8. MELODICの講義がとても分かりにくかったです。時間も長く集中力が切れてしまいました。
9. task f MRIとSPMに関しては生理研のトレーニングコースと同じだったので個人的にはもう少し違うことを知りたかった。
10. task fMRIの講習は内容に対して時間が足りていなかったようですので、今後は受講者の希望に合わせて内容を絞ったほうがよいと思います。
11. taskについても時間を取って頂きたい
12. TBSSの結果は有意差が出ず表示が試せなかったのが残念でした。
13. tractography と　taskｆMRIの併用による研究方法の講義を期待します。
14. web上サービスを利用して、そこに質問を書かせて他の人にも見えるようにしておいて、演者の先生がその中から選んで回答するのでも良いと思います。
15. ある程度理解したうえで、チュートリアル形式で実践すると理解度が深まるかもしれませんが、しっかり復習していきます。
16. スクリーンが見えづらかった…
17. スクリプトの説明で重複している部分の説明は飛ばしてもよいかと思いました。
18. スクリプト作成入門は事前に上級者向けであることをもう少しアナウンスしても良かった気がします。
19. その日にあった質問と回答をまとめて皆に提示して頂ければ、質問した本人以外も勉強になってありがたいと思いました。
20. タスクグループ解析の時間を多くとっていただければ幸いです。
21. ついて行きやすいようにハンズオンは平易にできるようにして頂ければさらにありがたいです。
22. もっとゆっくりと時間をかけて習いたかった。
23. やらないと結局忘れる。
24. 会議室の柱が邪魔で、先生がお示しになったところがわからず、話についていけなくなった。
25. 解析しながら講義を聴くのは難しかったです。
26. 開催期間を三日間にするなどの方法によって、もう少しゆったりしたスケジュールで学べるとより良いと思います。
27. 概念や解析法の詳細についてtipsが増えればさらにおもしろく聞かせて頂けるかと思います。
28. 概念や解析法の詳細のtipsももう少しあればさらにありがたいです。
29. 各画像処理の原理の説明はとてもわかりやすかったです。
30. 詰め込みすぎて時間が足りないと中途半端になっていた。
31. 結果の解釈の仕方に説明の要点を置いて頂いてもよかったと思う。
32. 結果の見方・解釈の仕方についてももう少し時間を割いてご説明して頂きたかったです。
33. 結果の表示例などについても見せていただけるとより助かると感じました。
34. 講義途中に説明が一段落するたびに、聴講者からの質問時間を3~5分間設けて頂けたら、理解がさらに深まったかもしれません。
35. 講師が一人で大変そうに見えた。
36. 講師の方がお一人で講義をされていて、とても大変そうでした。講義時間も長く、特に午後は辛かったです。
37. 講師やチューターの先生方に質問できるタイミングが限られている
38. 今後、勉強しないといけないのだなとつくづく思わされる経験となりました。
39. 私の不勉強もあり、スクリプトに関しては何をやっているのか理解できなくなりました。
40. 事前演習（自分の環境に戻って組めるように）があるとうれしい
41. 自分でスクリプトを書く演習があると良かったと思いました。
42. 質疑応答の時間を作っていただきたく思いました。
43. 実際に論文にする時にどのデータをどのように記載するのがスタンダードか知りたかった。
44. 集中力が切れないようチュートリアルの時間を少し短くしても良いかもしれません。
45. 盛り込みすぎもしくはPDF上に解説がすくなすぎて講義中周囲でもかなり混乱がおきてたように思います
46. 前半を速めに進めて、より難易度があがる後半でゆっくり進めていただけるとありがたいと感じました。
47. 全体の質問時間があったほうがよかったかもしれません。
48. 他の受講者の方がどのような疑問を持っているかを知りたかったです。
49. 特にFSLを用いた安静時ネットワーク解析では、後半にかけて講義スピードが速く、なかなか追いつけない部分がありました。
50. 内容が盛りだくさんで後半（ICA解析以降）はついていけませんでした。
51. 配布資料が幾つかにわかれていて，どれを参照すればよいのか途中で戸惑う場面がありました，
52. 福永先生のtask fMRIは，時間が少ないなかで最大限分かりやすく説明して頂いたので，もう少し時間があれば良いと感じました．
53. 臨床データも活用したグループ解析
54. 論文に投稿する際の例などをお教え頂けるとありがたいです。

 今回のチュートリアルでとりあげられなかった内容で今後とりあげて欲しい内容はありますか？（抜粋）

1. b0補正のデータの取り込み
2. bashは文法が独特でコンテナ (データ型)の種類も乏しく初学者が学ぶのはむしろ難しいように思います。
3. CONNのグラフ理論の具体的な数値の取り出し方など
4. DICOMタグの匿名化や書き換えかたを教えて欲しい。
5. DKI
6. DTIでのROIやTOI解析の方法
7. DTI解析において個々人のTA値を出す方法が知りたかったです。
8. FAの平均値を図として作成したり相関をみたい場合に個々人FA値が求められたらいいなと思いました。
9. fsleyesビューワーの詳しい活用方を教えて欲しい。
10. fslmeantsの使い方などを具体的にご教示頂けると幸いです
11. FSL以外のソフトでの解析
12. matlabを使用した解析についても取り上げていただけたら幸いです。
13. NODDI
14. probabilistic tractographyについての解析
15. probabilistic tractographyやコネクトーム解析を是非お願いしたいです．
16. PROBTRACKXなどを教えていただけると幸いです。
17. pythonなど他の言語も適応や内容を知りたいです。
18. reviewerにつっこまれやすいことなど。
19. ROI解析の方法を実習しながら受講できればと思いました。
20. Signal changesの表示の仕方
21. task fMRIのevent related designの解析についても解説があるとより助かります。
22. task-related fMRIとrsfMRIのデータを用いた解析方法について教えていただきたいです。
23. taskの種類による統計準備の手法の細かな部分
24. taskを行った時のconnでの解析
25. TSAの解析の仕方
26. TSAの実際のprocedure の講義を期待します。
27. クラスターや各線維のFA値の算出方法
28. グラフ解析のより詳細な解析解説
29. グラフ理論について
30. どうやって論文にしたら良いのかご教授いただけたらありがたい。
31. 課題中に賦活した領域をROIとして、そのROIにおける安静時ネットワークを抽出する方法など
32. 今のところはないです。
33. 今回はrs-fMRIでしたが、taskまたはその他のrs-fMRIなどの解析方法との違いなども知りたかった。
34. 紹介されていたMRITrixについてもう少し知りたいと思いました
35. 前処理は理解している人を対象に、課題の例を挙げて、解析のパターンを実習してみたかった。
36. 統計の再入門
37. 複数のソフトウェアでデータの受け渡しや変換を行う方法も取り上げてほしい。
38. 論文化する際に知っておいた方が良いこと
39. DTI研究における論文作成時に解析や解釈に留意すべき点について
40. fMRIを用いた研究の最近の動向

 その他、ご意見ありましたら自由にご記入下さい。（抜粋）

1. Mac席で参加しましたが，男性のチューターの方が常に周囲に気を配っておられた様子が印象的でした．
2. 一つの基本的事項でも、今後、当方の作業効率の向上に極めて有益であります。
3. 今後も、初歩的な事を、お尋ねする事があるかと思いますが、その節は宜しくお願いします。
4. 準備も大変だったと思います。
5. 大変お疲れでした。
6. 当日が本当に楽しみでした。
7. 論文として投稿できる解析レベルを教えていただきたいと思いました。

第3回　ABiS脳画像解析チュートリアル

【日　時】2018年1月20日（土）〜21日（日）
【会　場】東京大学医学部附属病院 中央診療棟２・７階 会議室
【参　加】事前登録制（参加費無料）※定員制の為、受講できない可能性もございます。
【概　要】
● 2018年1月20日（土）
第１部 Resting-state fMRI篇
09:00〜09:20　�@ データの取得方法（放射線医学総合研究所・八幡）
09:20〜10:20　�A CONNによるデータ前処理（八幡）
10:20〜10:30　　- 休　憩 -
10:30〜12:00　�B CONNによる機能的結合解析（八幡）
12:00〜13:00　　- 昼休み-
13:00〜13:50（�Bの続き）
13:50〜14:50　�C FSL MELODICによるグループICA解析（生理学研究所・福永）
14:50〜15:00　　- 休　憩 -
第２部 Task fMRI篇
15:00〜16:00　�D Task fMRI概論（福永）
16:00〜17:30　�E SPMによる解析（福永）
●2018年1月21日（日）
09:00〜09:50 Linux１：脳画像解析のためのLinux入門（慶応大学病院/順天堂大学・上田）
09:50〜10:00 - 休　憩 -
10:00〜12:00 DTI１：拡散テンソル像解析の実際（TBSS）（上田）
12:00〜13:00 - 昼休み -
13:00〜15:30 DTI２：General linear model(GLM)と結果表示（上田）
15:30〜15:40 - 休　憩 -
15:40〜17:10 Linux２：脳画像解析のためのスクリプト作成入門（上田）

開催済みの脳画像解析チュートリアル

2017年2月25日〜26日　第2回ABiS脳画像解析チュートリアルを開催致しました。

2017年1月21日〜22日　第1回ABiS脳画像解析チュートリアルを開催致しました。

2016年1月23日 包括脳MRI脳画像解析チュートリアルを開催致しました。

2014年12月13日 包括脳MRI脳画像解析チュートリアルを開催致しました。

2014年1月25日 包括脳MRI脳画像解析チュートリアルを開催致しました。

2013年9月1日 包括脳MRI脳画像解析チュートリアルを開催致しました。

2013年1月26日〜27日 包括脳MRI脳画像解析チュートリアルを開催致しました。