Tutorial ABiS 拡散MRI解析支援

拡散MRI研究の裾野を広げていくことを目的に脳MRI解析チュートリアルを開催します。チュートリアルでは十分な解析手法を持たない国内各地の研究者を対象に、実際に脳MRI解析を体験してもらいながら実践的な脳MRI解析手法を実演、説明を行います。

第1回　ABiS脳画像解析チュートリアル

2017年1月21日（土）～22日（日）に、東京大学主催、順天堂大学・生理学研究所・ABiS共催で「第1回ABiS脳画像解析チュートリアル」を開催致しました。チュートリアルは盛況のうちに終了致しました。多数のご参加ありがとうございました。

大学院生、大学教員、研究職・医療職など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
精神医学、放射線医学、神経科学など様々なバックグラウンドの方が受講していました。
半分以上の受講者が画像解析の経験が３年未満でした。
36～80%がちょうど良い難易度と回答しています。
52～97%が満足～やや満足と回答しています。
40～85%がちょうどよい長さと回答しています。

今回のチュートリアルで良かった点をご自由にお書きください。（抜粋）

GLMの講義でGLM、FDR、FSL viewを学べたこと
conn, AFNIなどこれまで馴染みのなかったソフトウェアを使用する経験が得られた点が良かったと思います。
connの解析チュートリアルがあったことです。今後研究で使っていきたいと思いました。
DTIの処理の仕方が分かったこと。Limuxの使い方やLinuxでできることなどが分かったこと。
DTIは初心者でしたが、わかりやすかったです。
DTI解析は全くの未経験だったので、一つずつ丁寧に体験できた点は良かったと思います。
fMRIの撮像条件などの細かな解説があってよかった。
GLMの作り方が勉強になった。
GLMモデルについて、いくつかの具体例があったので、理解しやすく、また解析にすぐに適応できる内容だったので、非常によかったです。
GLMを学べて、解析の幅が広がりました。
LINUXとの距離感がかなり近づいた気がします。実際に講習を受けることで、エラーが起きたときに何が原因かを推定する力が格段につくと思いました。
Linuxの操作は難しいイメージがあって，ずっと避けてきたのですが，先生のわかりやすい解説を聞いて，頑張ってみようと思いました．先生から適宜なタイミングで確認があって，チューターさんの助けを得られたのはとてもよかったです．
restingの解析をしていく上で必要な情報の基本的な部分を教えてもらえたのでよかった
restとtask両方の解析が学べたこと
rs-fMRIの解析を行っているので、役に立ちました。
rsfMRIの標準的な撮像方法とMRIデータの解析の流れを勉強できてよかったです．
Task fMRIの下準備の再確認になり，よかった
いろいろな解析法の勉強になった。
いろんな解析方法を知ることができた
コマンドが実際に何を行っているのか、一つ一つ図を交えながら説明していただいたため、理解が深まりました。
シェルスクリプトは初めて使ったが、わかりやすかった。
スクリプトについて初歩的なところから噛み砕いて教えて頂けた点
スクリプトの解説が初心者向けになされていたと思います。GLMの紹介は今まで聞いていなかったので良かったです。
スクリプト作成入門については初めて知ることができた内容であり、非常に参考になりました。
ステップごとに実際に確認しながら進んだため理解しやすかった。
チューターが多く、サポートが整っていて良かったです。サンプルデータ、配布資料も分かりやすかったです。
チューターの先生が複数いらっしゃったため，解析に詰まった時に聞きやすい体制を作ってくださったこと。事前に資料やデータを配布いただいたので予習復習に役立つといこと。スクリプトのチュートリアルがあったため，今後の応用範囲がとても広くなると感じられたこと。GLMについて，様々な研究デザインの紹介，チュートリアルがあったこと。自己学習では難しいと思っていたところでしたので，非常に有意義なチュートリアルでした。ありがとうございます。
チューターの先生方がサポートして下さる体制だったので、その都度助けていただき何とか授業についていけました。
とても理解しやすかった
とにかく下地先生の講義がわかりやすくてもっと早くに知っていればよかったということがたくさんありました。
よく理解出来た。
下地先生が、受講者の進行状況（ついていけているかどうか）に常に気を配られ、チューターの方に声をかけていただいて、置いてけぼりが出ないように配慮してくださったところがとても良かったです。
下地先生の説明は、とても丁寧で初心者にも分かりやすかったです。またチューターに質問しやすい雰囲気作りをしていただいて、とてもありがたかったです。
下地先生の説明は非常にわかりやすくてためになりました。
解析に有用なLinuxコマンドについて、一コマンドごとにどうなるからこのワンライナーだとこのような結果になるというように詳しく教えていただいたので、理解しやすかったです。
解析の流れは把握できました。
解析方法が理解しやすかった
解析用症例など準備が整っていた。講師の講義がわかりやすかった。
解説はどれもわかりやすかったです。
基本からツールボックスの詳細な説明まで広く扱っていただき、1から解析をする上で非常に参考になった。
基本から順を追って細かく教えていただき勉強になった。
講義でお聞きする内容は実際に自分一人でも再学習が可能なように細かいところまで行き届いたご配慮がなされていて、ありがたかったです。
講義と演習のバランス、時間の長さ
講師の先生のテンポ、進め方がとてもよかった　内容が入りやすい講義だった
使用するソフトウェア、実際の流れが把握できた
使用経験のないソフトを解説をうけながら使えた
資料も詳細に書いていただいていてとてもありがたかったです（それでも私には難しかったのですが。。）
時間配分や演習と講義のバランス
質問に丁寧に答えていただき、ありがとうございました。
実際に研究に携わられている先生方から、ソフトの使い方（操作法）を含めて教えていただけるところ
実際の流れを体験しながら行うことができたので有意義であった
実習で、実際の体験をさせていただけたことは勉強になりました。
実践的な内容が頭に入ってよかったです。自分のデータを使ってやってみようと思います。
手持ちのデータを解析できるようになった。
初めてfMRIの解析について学んだということが大きいとは思いますが、手を動かしながら話の内容を理解するのが難しかったです。
初心者ですが、スライドがとても分かりやすかったです。また、間違えそうなところを繰り返し説明してくださり、とても良かったです。大まかな実験デザインにつながる解析方法も教えて頂き助かりました。また、チューターの存在をアピールして頂き、心強かったです。
初歩の初歩から丁寧に解説していただいた事です。
盛りだくさんな内容を一日で実習も含めて教えてくださった先生方に感謝しております。
全体的に説明が大変わかりやすかったです。
多分、とても満足いくものだったと思いますが、ついていけませんでした。残念。
大変、丁寧にご教示頂き、ありがとうございました。先生がたのご苦労に感謝申し上げます。
大変分かりやすくご解説いただけたことと、チューターの先生が沢山いらっしゃったので指導を受けやすかったです。
大変満足です。説明がとても丁寧でわかりやすく、とてもよく理解できました。シェルスクリプトについても、これまで我流でやっていたのをさらに改良できそうです。ありがとうございます。
第一人者の方に直接指導していただいた点
通常のSPSSなどの統計ソフトでは不十分であることが分かった
統計解析にも踏み込んだ講義を受けることができて点でよかったです。また、適度に休み時間を入れていただけたので疲労による理解力低下を防げました。
動画で作業を教えていただけたこと
配布資料が非常に分かりやすかったです
八幡先生の講義、実習とも分かりやすくて良かったです。
八幡先生の説明はわかりやすく、処理のプロセスを説明するのに動画を利用していたのも良かった。
非常に丁寧に基本的な事項から説明して頂き、わかりやすかったです。
非常に分かりやすく、時間が配分も良かった
普段なんとなくやっている解析を見直し理解することができた
幅広い解析ソフトに関する講義があり、とても勉強になった。
複数の解析ソフトについて実際にさわりながら学ぶことができた点
優しく説明していただきありがとうございます。
優しく説明して頂いた

今回のチュートリアルで改善してもらいたい点をご自由にお書き下さい。（抜粋）

脳画像解析のためのスクリプト作成入門は自分には難しいと感じましたが、参加者も多様ですので仕方ないと思います。
2日目の時のようにチューターさんに声をかけやすい雰囲気だともっとよかったです。途中で止まってしまうと解説がわかりやすくても演習ができないので。
4sortwareのfmriチュートリアルよりも2つ程度にしてもう少し深く教えていただければと受講してみて少し感じました。
copy&pasteが多く、実際に手を動かすことが少なかったので、今回のデータは解答として、チュートリアル中は実際に入力した方が身につくかと思います。
fMRIは初心者ということもあり、事前準備物などは遅くとも１週間前に頂ければ、マシントラブル無くもしくは少し予習できたと思います。前日はネットが使えない環境だったこともあり、ギリギリで涙ものでした。。とても良い機会をいただけたのに、あまり習得できず残念でした。
FSL Melodicの群間比較の部分も講師によるデモを見るだけではなくて、時間をとって自分のPCで手を動かしで実習形式でやれるとなお良かったように思います。
Linuxの話で、/と￥とが連続して出てくるコードがあり、それについての説明がなかったのでついていけなくなりました。
restingでは例えば仮の仮説などを用意して、それに応じた解析などをやってもらえるとイメージがわきやすい
taskfMRIは、生理研のトレーニングコースを受けた後レベルくらいを対象にして良いように思いました。またはFSLでのtaskfMRIの解析を学ぶ機会は少ないので、SPMとの違いを感じながら学びたいと思います。
お二方のチュートリアルに重複しているものと解説が前後逆転するものがあってわかりにくかったです．例えば，Task fMRI概論に出てきたMatlabとSPMのセットアップの詳しい話を午前から聞きたかったです．
こちらの問題なのですが、後半のスクリプト解説のところについて行けなかったのが残念です。
サンプルデータがもう少し前に配布されて、願わくば、テキストも配布されて、ひととおり予習する時間があれば、もう少し理解がしやすかったかと思いました。
スクリプト作成入門でもう少しじっくり取り組めたら嬉しいです。
スクリプト作成入門はとてもよかったが、少し難しかったので1つのコマンドの実行でどうなっていることが正解かを見ながらやっていけたらよかった
ソフトのダウンロード等の準備の連絡をもっと早くいただきたい。
チューターがもう少しまめに動いていただきたいと思う場面がありました。
チュートリアルは昨年からアップデートされたものもあり毎回参考になります。
できれば予習のため、スライド等の資料をもう少し前に事前配布していただけると、とてもありがたいです。
プロジェクターの文字がほとんど見えなかったので、デスクトップPCがひとり１台用意されているような情報処理教室に、自分のノートPCを持ち込んで受講できるような環境だとありがたいなと思いました。"
もうちょっとゆっくりお話を聞きたかったです．
もう少し時間の余裕があれば、とても良かったと思う。
もう少し実習が入るとうれしいです。
もう少し実習の時間を増やしてほしい
下準備の時間が長くなってしまったせいか，結果に関しての実習・講義が手短になってしまった点を改善していただければと思います．
何度かチュートリアルを受講しているものにとっては、2TBSS入門は少しやさしすぎたかもしれません。
解析だけでなく、その原理の講座を聴いてみたい。
結果がうまく出せたかどうか知るために有意差があると嬉しかった(データ公開するので患者は使えないのでしょうが、健常人でも20代と50代とか)
今回TBSSについて理解が進み、大変有益な情報をありがとうございました。しかしながら、probabilistic tractographyについて資料はありましたが、内容に触れられなかったので、どのような原理で解析が行われ、どのような解析結果が得られるのか拝聴してみたいです。
今回のスクリプトでは渦電流補正にsingle blip のデータを利用できて計算負荷も低いeddy_correct を使用していましたが、dual blip を用いたtopup, eddy による補正を紹介する必要があると思います。
左側に座っていたのですが、柱に隠れてポインタで指されている場所が分かりませんでした。他のスライドでも示される場所が分かると、より理解がしやすいと思いました。
最後のセッションは時間が余ったこと、また内容的に難しいところだったので、たとえばcmdの内容を書き出すなど、ここも実習形式でもよかったのではないか。
資料が１週間程度前に配布されていたら，事前学習が捗ると思いました。お忙しい中の準備ではあると思うのですがご検討どうぞよろしくお願い致します。
資料の背景が黒が多く、印刷するとインクの減りが非常に多かったです。見やすさとのトレードオフかと思いますので、参考意見程度にとどめていただければと思います。
事前に資料を貰えると嬉しいです。印刷の場合には白黒印刷だと見にくいところが多かったので、カラーにするか、白黒印刷を考慮して資料を作っていただけると大変ありがたいです。
事前の宿題を頂戴できれば、少し予習をすることができると思います…私など、実習でついに行くのがやっとで、どこを理解してどこを理解していないのかは自分でも把握できていません。
事前準備、事前課題をもう少し早めに周知してもらえると助かります。事前準備や必要なセットアップの連絡が前日でしたので。
事前準備を少なくともあと1日早くできるようにしてもらいたい。
時間が足らずに省略された箇所もあったので、あと１時間ほど時間が長くても良いかと思いました。
時間の制限もあったのでやや駆け足になってしまい消化不良気味の感が否めませんでした。
時間の制約があるのでしょうがないですが、全くついていけない内容もあった。
時間の配分
実際の詳細な操作などで躓きがちであった。2日目はチューターが入って助かりました。
手順が前後したり、テクニカルタームや重要な部分が早口で十分な説明がないまま進むため、分かりづらかった。
習熟度別にチュートリアルを開催いただけるととてもうれしいです。初心者向けには、内容を絞って、ゆっくり時間をかけて説明いただけると助かります。
十分に理解するには、チュートリアルのペースが早すぎる
初級、中級などに分けるほうがいいのではないでしょうか？特にMELODICとAFNIはコマンド処理が多いので、もっと時間を割いていただきたかった。また内容もおそらく初心者の方には理解が難しいと思います。
先生の指示にもとづいてコマンドを入力したり、ソフトを操作している途中で（先生は操作に慣れていて速いので、）操作や説明を見逃したり、操作についていけないときがけっこうたくさんありました。
前方のスクリーンがやや見づらかったので、スクリーン上で操作されているところが良く見えませんでした。
操作については、ゆっくり、くり返して、説明いただけると助かります。１回見逃してもフォローできるので
大変お忙しいと思いますが、事前資料をもう少し早くいただけると助かります。自施設から参加した初心者の大学院生がやや苦労していたので、予習をさせてあげたいです。贅沢をいってすみませんがよろしくお願いいたします。
途中マシンや設定の不具合等もあり、ついていけない場面が幾度となくありました。お忙しいところとは存じますが、設定等についてのアナウンスをもう少し早めにして頂ければしっかり準備できたかと思います。
特にありません。とてもわかりやすいチュートリアルでした。
脳画像解析のスクリプト入門では事前に学んでおくべき事項が多く、不勉強さを再認識しました。図々しいお願いですが、受講までに習得しておくべきミニマムリクアイアメントを参考図書などとしてご紹介いただけると有難いです。
分析の全体像がわからなかったため、個別の作業内容の意義がよくわかりませんでした。分析の全体像を最初にお話しいただき、それから順番に個別の作業内容について触れていただけると、より理解が進むと思いました"
論文に必要な図の作成

今回のチュートリアルでとりあげられなかった内容で今後とりあげて欲しい内容はありますか？（抜粋）

3群間の比較や、同一群内の反復測定（3回以上）を取り上げていただけるとありがたいです。
AFNIで，FWEやFDRなどの多重比較を取り上げていただければ嬉しく思います。
ANFIの活用・Pythonによるデータ解析
DKI, NODDI, structual connectivityのチュートリアル
DTIそのものやスクリプトのreferenceなどに関する講義の時間は取れないと思いますので、できれば文献や教科書の紹介をしていただければと思います。
EEGやNIRSのデータから、fMRIのデータを推定（予測）することはどのくらい可能かについて
fMRIとその他手法（EEG、NIRS、その他生体計測）の同時計測研究のやり方、メソッド、解析方法について
FSLでのtaskfMRIの解析。fMRIでの縦断解析。ROI解析実践。
GLMと結果表示の際に、デザインコントラストとデザインマトリクスで、なぜその検定を行う際にそのように設定するのか、意味を詳しく教えていただけると、自分で統計デザインを行う際に考えやすくなるのではないかと思いました。
gPPI DCM GraphTheory Machine learning
graph based functional connectivity
LinuxとMacのスクリプト・コマンドの差異の注意点と流用方法などあれば。
Multivoxel pattern analysisに関連した内容があればよかった。
NODDIについて
PPI/DCM等のネットワーク解析
probabilistic tractographyの解析結果がどのように得られ、またそれをどのように解釈したらよいかを少し取り上げていただけると、研究の視野が広がり助かります。
resting-fMRIの解析だけで２日間など、もっと詳細にしていただけると嬉しいです。
reviewerから指摘を受けやすい点、それに対する対処等
ROIに注目した解析方法も今後取り上げていただければと思います。
task based ASL anslysis
TBSSの結果を踏まえてのROI解析
Tract Graphyについても学びたいと思います。
シェルスクリプトを用いて、さらに細かい解析を行ってみたい。
もう一度、同じ内容で良いので受講したいです。
画像解析もそうですが、実際の撮像においての注意点などの内容もあると嬉しいです。
各種ネットワーク（聴覚、視覚ほか）の解析の具体的方法など
患者の脳の標準化方法
具体的な症例を提示しながらの解説が聞きたいです。
今回の内容でGLM、解析結果の表示の仕方を聞くことが出来ましたのでまたアップデートや新たなTIPSがあればこの部分について教えて頂きたいです。
今回はTBSSに絞っていましたが、FSLを用いたDTIのコースとしてはbedpost, probtrak の解説は必須だと思います。
実際の撮像、データ収集上の注意点などについてのコースがあると嬉しいです。
実際の症例を提示しての解説、ROIの具体的な設定法などの解説がほしい
脳だけでなく、脊髄や脳神経、脊髄神経などのトラクト解析および左右差の比較方法など、教えてもらいたいです。
配布していただいたスクリプトについての説明もありがたかったのですが、何をしようと考えてなぜそのコマンドを選択したのか、制作の際の思考の過程とコマンドの調べ方（インターネット、書籍など）を教えていただけると、スクリプトの改良・新規作成に役立ち、自分でスクリプトを作成しようというモチベーションにもなるのではないかと考えました。
例えばrestingとDTIの組み合わせなど、マルチモーダルな解析の方法
論文での報告の仕方などのTips

その他、ご意見ありましたら自由にご記入下さい。（抜粋）

１日目にいまひとつわからなかったところが２日目のチュートリアルで詳しく説明されていたので、順序が逆でもよかったように思う(GLMでのデザインマトリクス作成保存など)
2日間，とても有意義な時間となりました。今後論文を書いて公表し，チュートリアルに参加させていただいたご恩をお返しできたたと思っております。今後ともどうぞよろしくお願い致します。
2日間でたくさんの事を学ぶことができ、非常に有意義でした。ありがとうございました。1日目は会場が暑すぎで大変でした。実習の時、もう少しチューターの先生方が積極的に動いてくれるとありがたいです。
fMRI、DTI両方についてですが、講義内容を録画・録音していただいて公開いただけるととても助かります
fMRIについての、より基本的、理論的、座学的な講座：開講いただけますと大変うれしく思います
fMRI論文を読むときのポイント（Methodをどう読むの？、解析方法はどうなっているの？被験者数を何名にするかについて（慣習的、理論的な）決まりはあるの？・・・など）
Linuxの仮想環境をWindows、Macで使える方法を学べてとても勉強になりました
Linux入門は、fMRIの講座の前にも欲しかったです
ありがとうございました。
お忙しいところ、たいへん丁寧に解説いただき、感謝しています。ありがとうございました。
ぜひ次回も参加させていただきたいと思います。どうぞ宜しくお願いいたします。
その他、ご意見ありましたら自由にご記入下さい。
たいへん為になる内容ばかりでした。また是非参加させていただきたいです。
チューターの先生方に大変感謝しております。
チュートリアルのご準備、運営、講義…、本当にありがとうございました。
どうも有難うございました。
とても勉強になった
とても勉強になりましたが，まったくの初心者であったため，ついていくのに必死でした．途中でチューターに助けていただきたかったのですが，どのタイミングで手を挙げたらいいかわからなくて，どんどんついていけなくなりました．二日目のチュートリアルみたいに，先生からついてきているかどうかの確認をするべきだと思います．無理なお願いで申し訳ございません．
とにかく勉強になりました．ありがとうございました．できれば，このようなチュートリアルを年に2，3回開催していただきたいです．
また機会があれば参加したいです。
よくある質問とその解決法についてまとめて取り上げてほしい。
下地先生には、休憩時間も割いてたくさん個別に質問にお答えいただいて、本当に勉強になりました。深く感謝しております。運営してくださるスタッフの方々にも感謝申し上げます。ありがとうございました。
会場が暑すぎる。暖房を止めるなど配慮がほしい。
教えて頂きありがとうございました。是非研究に役立てるようにして行きたいと思います。
後ろだったので、プロジェクターが小さすぎて見えず、さらに、右側のみにしか映っておらず、何をしているかわかりませんでした。
資料がわかりやすく、とても勉強になりました
実験を組むときのコツなども知りたいです
習熟度別チュートリアル：本当の初心者向け（ソフトに触れるのもはじめてくらいの人向け）、中級者向けなど開講いただけますと大変うれしく思います
神経科学を念頭におきつつも、より一般的な内容についても学べるLinux入門講座が独立してあるといいなと思いました
全体的にテンポが遅かったように感じる。難しい部分はゆっくりでもいいが、それ以外はペースアップして緩急がほしい
素晴らしい講演でした。お忙しい中、本当に有難うございました。
大変勉強になりました。ありがとうございました。
大変勉強になりました。参加させていただきありがとうございました。
著明な先生方、チューターの先生方が手弁当でお時間を割いてくださっている中、十分内容を吸収できなかった自分自身に忸怩たる思いです。今回の内容をベースに準備と勉強を進め、是非次回以降も参加させていただきたいと思います。本当に有難うございました。
丁寧なチュートリアルで大変勉強になりました。また参加させて頂きたいです。
二日間にわたるチュートリアルの運営をいただきどうもありがとうございました。深く感謝しております。またの機会を楽しみにしております。"
普段あそこまで丁寧に教えて頂ける機会がないため、大変勉強になりました。
普通のLinuxで教えてください　（UBUNTU）、LIN4NEUROにインストールされているツールボックスやソフトウェアのリストも教えてもらいたいです。
風邪ぎみ・咳をしている参加者には事前の案内でマスクの持参・着用を義務付けてほしいです。
文字が小さく見にくかったので、情報処理教室など、ひとり１台デスクトップPCがある環境で先生の手元を見ながら、受講できる環境がより望ましいと思いました
理解できないのは勉強不足の自分が悪いので、講師の先生方にはとても感謝しております。
両日ともに大変充実しており、先生方のバックアップに心から感謝申し上げます。

第1回　ABiS脳画像解析チュートリアル

【日　時】2017年1月21日（土）～22日（日）　両日ともに9:00～17:00
【会　場】東京大学医学部附属病院中央診療棟２・７階会議室
【参　加】事前登録制（参加費無料）
【概　要】
● 2017年1月21日（土）
第１部 Resting-state fMRI概論
09:00-10:30 導入、データの計測、下処理、諸量の計算、実習（放射線医学総合研究所・八幡）
10:30-10:45 - 休　憩 -
10:45-12:00 配布ソフトウェア紹介、FSL Melodicによる解析と実習（八幡）
12:00-13:00 - 昼休み -
13:00-14:00 AFNIによる解析と実習、質疑応答（生理学研究所・福永）
第２部 Task-based fMRI概論
14:15-15:15 Task fMRI概論（福永）
15:15-15:30 - 休　憩 -
15:30-17:00 SPMによる解析と実習、質疑応答（福永）
● 2017年1月22日（日）
09:00～09:50 Linux１：脳画像解析のためのLinux入門（東京都健康長寿医療センター・下地）
09:50～10:00 - 休　憩 -
10:00～12:00 DTI１：拡散テンソル像解析の実際（TBSS）（下地）
12:00～13:00 - 休　憩 -
13:00～15:30 DTI２：General linear model(GLM)と結果表示（下地）
15:30～15:40 - 休　憩 -
15:40～17:10 Linux２：脳画像解析のためのスクリプト作成入門（下地）