（Ａ）Atg12結合システム。Atg12はAtg7とAtg10の触媒作用によってAtg5の中央のリジンとイソペプチド結合を形成する。この結合体の形成はオートファジーに必須である。Atg12-Atg5結合体はAtg16ホモオリゴマーによって架橋され、Atg12-Atg5･Atg16複合体を形成する。
（Ｂ）Atg8（およびその哺乳類ホモログLC3）システム。Atg8はAtg7（Atg12システムと共通）に活性化された後に特異的E2であるAtg3に転移された後、ホスファチジルエタノールアミン（PE)のアミノ基との間にアミド結合を形成する。
（Ｃ）ユビキチンシステム