腸内細菌の解析といえば、右の図のように、培養すると思うでしょう。それは無理です。族レベルという多くな分類でも200種類以上です。種のレベルになると2000以上と言われています。嫌気状態でしか育ちませんし、もともと培養できる菌は20％以下です。

では、どいうすればいいかというと便の中から細菌の遺伝子をとってくることができるので、遺伝子の配列がわかっている菌であれば、抽出した遺伝子の中にその遺伝子があればその菌が存在することになります。なのでその数を数えればどれくらい存在するかわかります。特に16s  ribosome RNSの領域は細菌の住所のような遺伝子が並んでいますのでその部分を増幅すればいいのです

  では、なぜ腸内細菌を調べなかったのか。おかながかかったからです。20年前には人一人の全ゲノムが200億円かかったものが今では10万円です。これぐらい安くなれば、腸内細菌にも使える値段です。その為爆発的に研究が進んでいます。